Чтобы найти книги, пригодные для обучения в обновленных медресе, местные интеллектуалы создали ассоциацию под названием Союз Священной Бухары (Ширкат-и Бухара-и тариф), предвестницу грядущих организаций джадидов. Состоящие в ассоциации Усман Ходжаев, Ахмаджан Махдум, мирза Абдул Вахид Мунзим (1877–1934), Хаджи Рафик и Садриддин Мурад Ходжа-заде Айни (1878–1954) вместе с миллионерами мирзой Мухитдином Мансуровым и Фазлиддином Мазумом заложили основы будущей Младобухарской партии. Вначале они занялись печатанием текстов в Оренбурге, а также отправляли своих коллег в Бахчисарай и Туркестанский край для изучения методов обучения и достижений реформистского движения в Татарстане.

Джадидизм в Бухаре поддерживал благополучный средний класс, стремящийся к переменам. Он делал свои первые шаги и вдохновлялся идеями обновлявшейся Турции. Хотя «культурным» языком Бухары в то время был таджикский, все джадиды юга Средней Азии взяли за образец к 1909 году турецкую модель, и выбор этой модели определял направление их деятельности.

В 1910 году в Бухаре произошло столкновение между двумя самыми большими религиозными общинами эмирата – суннитами и шиитами. В январе 1910 года студенты устроили демонстрацию, сорвав праздничную церемонию шиитов в Кагане. В ответ шииты убили одного из демонстрантов и нескольких ранили. Это спровоцировало резню шиитов в столице и во всех районах, где сунниты составляли большинство. Новый конфликт между общинами, которые до недавнего времени мирно уживались друг с другом, выявил множество негативных аспектов бухарского режима, таких как халатность властей, сомнительные методы управления и жестокие репрессии.

Жертвами репрессий стали и джадиды, поскольку новый кушбеги (первый сановник страны и заместитель эмира) мирза Насрулла, наследовавший Астанкул-бию, когда тот впал в немилость, опирался на консервативное духовенство. Рассчитавшись с враждебными шиитами, духовенство принялось за уничтожение джадидов – другого своего противника. Джадидов осудили, признав их ответственными, хотя и косвенно, за религиозную рознь. Им ничего не оставалось, как уйти в подполье или бежать в Турцию. Так поступил Абдулрауф Фитрат (1886–1938). Оставшихся сплотили опасность и необходимость соблюдать правила конспирации.

Религиозная бойня 1910 года повлияла также на государственные приоритеты. Российские власти вернулись к рассмотрению плана аннексии Бухары. П. А. Столыпин, председатель кабинета министров, был активным сторонником этой идеи. В то время как проблемы международной политики на короткое время отвлекли Россию от этого проекта, эмир Алим-хан, взошедший на весьма шаткий трон, пытался сохранить свою власть и независимость страны обещаниями реформ. Он провозгласил конец прежнего порядка и готовность взяться за решение одной из основных проблем Бухары – административной. Он обещал упорядочить финансирование администрации, покончить с коррупцией и поборами. Откликаясь на обращения учащихся медресе, Алим-хан пообещал даже реформу религиозных школ. Он поручил осуществление проекта кази-калону, архиконсерватору. Тот передал его духовным властям, обрекшим проект на забвение. Затем под влиянием мулл стали происходить волнения дехкан, и эмир, увидев, что угроза русской аннексии отступает, принялся за умиротворение духовенства.

В подходе к реформам эмир черпал примеры в русской политике в Туркестанском крае, где с конца 1910 года готовились меры по ограничению обновленного преподавания. В 1911 году генерал-губернатор А. В. Самсонов заявил, что учителя должны принадлежать той же этнической группе, что и их ученики. Учитывая число татарских учителей в обновленных учреждениях, это могло лишь парализовать их функционирование.

В Бухаре кушбеги воспользовался сложившимися обстоятельствами и распорядился перенести татарские школы в русскую часть города. Позднее он попросил генерал-губернатора Туркестанского края запретить в любой форме обновленное преподавание татарами, которые были русскими подданными, поселившимися в эмирате. Всего через несколько месяцев после провозглашения Алим-ханом обещаний либерализации снова восторжествовала реакция. Административную реформу забросили, преподавание в медресе отдали ультраконсерваторам, закрыли единственную легальную реформистскую школу.

2 декабря 1910 года в Бухаре сформировалось тайное Общество образования молодежи (Джамият-и тарбия-и атфаль). Во главе его встал руководитель Союза священной Бухары. Едва возникнув, Общество образования молодежи объединило под своей эгидой все существовавшие мелкие группы, придав мощь их разрозненной деятельности. Эмигрировавший в Стамбул Абдурауф Фитрат годом раньше основал Общество по распространению знаний среди населения, целью которого стала отправка на обучение студентов в Турцию. Оно тоже слилось с тайной организацией, которая разделилась на две ветви.

Одна из них, Ма'рифат, перешла под руководство Абдурауфа Фитрата и Усмана Ходжаева, которые пытались внедрить дух реформ в простонародье, распространяя книги и газеты, а также организуя дискуссионные политические кружки. Второе общество, Баракат, действовавшее под видом иностранной компании, добывало за рубежом популярные педагогические и пропагандистские материалы, необходимые для деятельности джадидов. Финансирование организации осуществлялось несколькими богатыми купцами эмирата. Нередко их, особенно Мансурова, обвиняли в том, что они проявляют горячее усердие не из убеждений, а из коммерческих соображений.

Тайные организации Бухары были вынуждены придерживаться строгих правил конспирации. Кандидаты в членство подвергались сложной проверке. Им приходилось откровенно рассказывать о своем прошлом, образе жизни и брать на себя твердые обязательства. Лишь после длительной проверки и многочисленных собеседований кандидату разрешалось вступать в общество, «братом» которого он становился в ходе особой церемонии со сложным ритуалом. Предполагалось (возможно, ошибочно), что этот ритуал заимствовали у французских масонов.

Общество не было многочисленным, перед Первой мировой войной оно насчитывало до двадцати последователей. Активно действовало в провинции; в 1915 году за пределами столицы имелось десять тайных ячеек. Влияние общества распространилось на широкие слои населения и на обновляющиеся политические, административные и финансовые структуры. Оно сплачивало население, прекращая религиозное, а на самом деле этническое размежевание.

У этого тайного общества имелась определенная социальная опора. Кандидаты в члены общества рекрутировались в городской среде. Большинство его членов вышло из мелкобуржуазных слоев города, имевших скромный материальный достаток, часто весьма нуждающихся. Однако в интеллектуальном отношении мелкая буржуазия являлась богатейшей частью населения эмирата. Это были учащиеся медресе, мелкие торговцы, стремящиеся к знаниям из карьерных соображений, мелкие служащие.

Общество способствовало появлению людей нового типа, потребность в которых рождалась в ходе эволюции общества, определялась новыми экономическими тенденциями. До самой революции нигде в Средней Азии не существовало реформистской организационной структуры, за исключением Бухары и Хивы, причем хивинская организация была менее значительна и менее эффективна.