Российской империи, выдержавшей революционный напор 1904–1905 годов, был брошен опасный вызов общемировым конфликтом, который начался в 1914 году. Империя содрогнулась, и Средняя Азия ощутила это на себе. Сильные волнения потрясли регион. Позднее Лозаннская конференция показала силу национальной концепции в Средней Азии, а также несоответствие между требованиями, заявленными в этом регионе, и требованиями в остальной части Российской империи.

С начала войны мусульмане, эмигрировавшие из России в Стамбул, стремились повлиять на мировое общественное мнение для решения своих проблем. Комитет защиты прав мусульманских народов России обращался за помощью к различным странам. В частности, были установлены контакты с Союзом наций, который во время своего третьего съезда 27–29 июня 1916 года в Лозанне предложил представителям комитета трибуну для публичной огласки своих идей. На съезде, который теоретически был близок к странам Антанты, Россия сидела на скамье обвиняемых перед лицом угнетенных наций империи, представители которых прибыли защищать свои права. У них были различные требования, в общем умеренные и в целом редко выходившие за пределы предоставления автономии в рамках федерации. Двумя исключениями были чагатайский и финский представители, которые требовали полной независимости для своих народов. Таким радикальным требованием чагатайский представитель значительно опережал Ахмада Сафара, который выступал от имени «казахско-киргизского» народа и, подобно представителю татар Юсуфу Акчораеву (1846–1933), высказался за равные права и определенную форму автономии. Представитель юга Средней Азии Бегджан выступал от имени ограниченной группы эмигрантов, его позиция в значительной степени соответствовала сути кризиса и настроениям глубокой враждебности к России, которые вскоре подтвердили события 1916 года.

Крупное восстание, вспыхнувшее в 1916 году, застало российские власти врасплох. Доклады местной администрации, хотя и были пропитаны подозрениями к деятельности образованных азиатов, свидетельствовали о ее неосведомленности относительно мятежных движений дехкан и кочевников до самого последнего момента. В докладе, датированном началом июня, говорилось: «Население Туркестана настроено абсолютно миролюбиво». До лета 1916 года не отмечалось никаких открытых выступлений местной оппозиции, но власти, должно быть, были готовы сами обманываться в отношении растущего социального напряжения.

Непосредственными причинами восстания были определенные меры, принятые российскими властями в 1916 году, но его начало нельзя объяснить без учета старых трений, сделавших неизбежной пробу сил. Во-первых, напряжение вызывала сама колонизация. Конечно, во время войны оно несколько спало, но положение обезземеленных кочевников накануне войны было настолько отчаянным, что даже ограниченная колонизация 1915–1916 годов переполнила чашу терпения коренных жителей региона. «У киргизов не оставалось больше ничего, кроме горных вершин, где не было пастбищ», – говорилось в одной петиции генерал-губернатору. Два других постыдных факта – чрезмерная эксплуатация местного населения посредством налогов, принудительного труда и произвола цен, практикуемого русскими купцами, также имели должный эффект.

Период 1915–1916 годов был отмечен, таким образом, растущим недовольством коренных жителей, осознанием того, что ухудшение их положения связано на самом деле с российским присутствием. В эти годы Средняя Азия превратилась в обширный лагерь для военнопленных – факт, который создал еще больше проблем для региона. Далее, в начале 1916 года в Хивинском ханстве туркменские племена во главе с Мухаммадом Курбаном Джунаид-ханом (1860–1938), безуспешно совершившие налет три года назад на хивинскую столицу, воспользовались отвлечением внимания России на другие территории и вновь вторглись. Русские войска под командованием правителя Сырдарьинской области генерала А. С. Галкина прибыли на помощь хану, отбросили туркменов в пустыню и подвергли их суровым карательным мерам. Но так они лишь усугубили повсеместное недовольство.

Бочку с порохом поджег административный декрет от 25 июня 1916 года, по которому невоеннообязанные жители подлежали мобилизации в рабочие команды. Анализируя последующие события, генерал Куропаткин пришел к выводу, что крайне двусмысленные формулировки текста декрета во многом спровоцировали агрессивный ответ на него. Люди не могли понять, что означало деление их на «категории». Мужчины от 19 до 45 лет не чувствовали себя в безопасности. Бесцеремонная фальсификация и манипулирование списками новобранцев усиливали оппозицию власти.

Первые беспорядки вспыхнули 4 июля 1916 года в узбекской провинции, в Ходженте. Распространившись 13 июля на Джизак, они превратились в настоящее восстание. Были убиты некоторые местные чиновники и русские, других арестовали, средства связи уничтожались. 21 июля военная экспедиция разгромила мятежников. В большинстве городов Туркестанского края также происходили волнения, но они не достигали той степени насилия, которая имела место в Джизаке. И все же погибли люди в Маргилане и Намангане. Чрезвычайно жестокие инциденты происходили в Андижане. Против декрета поднялась Фергана. Мятеж, несмотря на попытки сдержать его, перекинулся за пределы узбекской территории и захватил киргизские и казахские степи.

Киргизы Семиречья пострадали больше всех от экспроприации земли, обогатившей русских и украинских поселенцев. Даже до декрета от 25 июня обстановка в регионе была крайне напряженной, когда же декрет был обнародован, поползли слухи, что поселенцы захватывают последние земли, оставшиеся у киргизских семей. Многочисленная группа дунганов, прибывших в Семиречье в XIX веке, бежала назад в Китай. 6 августа восстали киргизы города Пишпека (Фрунзе), а из него мятеж губительно распространился на весь регион. Напуганные русские поселенцы воспользовались поддержкой армии, чтобы лишить азиатов всех их владений. Там, где армейских подразделений не было или было недостаточно, поселенцы создавали вооруженные отряды, которые терроризировали местное население. Азиаты нанесли ответный удар, и до конца августа регион оставался ареной кровопролитной борьбы. Поселенцы укрылись в Пржевальске, где местный русский военачальник организовал оборону и отбил атаки азиатов. После подавления мятежа воинским подкреплением насчитали погибших 2 тыс. поселенцев, еще большее количество – местных жителей. Были преданы огню целые киргизские деревни, почти треть киргизского населения убежала в Китай. В казахских степях беспорядки, имевшие более локальный характер, приобрели трагические масштабы в Тургайской области. Объединившись вокруг Амангельды Иманова (1873–1919), который позже стал одним из лидеров казахского коммунизма, казахи вступили в настоящие бои с русскими отрядами и затем осадили Тургай. Войска генерала Лазарева выбили их, но Амангельды Иманов не складывал оружия до тех пор, пока Временное правительство не провозгласило всеобщую амнистию.

Беспорядки затронули и Закаспийскую область, правда запоздало. Туркмены отнеслись к мобилизации довольно миролюбиво, особенно потому, что их оставили нести сторожевую службу на месте, в то время как текинцев отправляли на действительную службу. Лишь йомудские туркмены отказались выполнять новые обязанности, и после нескольких столкновений с русскими войсками во время призыва некоторые из них укрылись в Персии и Афганистане. Другие систематически нападали на русские колонии, спасаясь в крепости Ак-Кала. Эти туркмены продолжали борьбу даже после умиротворения всего Туркестанского края. До конца 1916 года существовала серьезная угроза линиям коммуникации и деловым учреждениям. Приведение туркменов к покорности потребовало участия хорошо вооруженных войск под командованием генерала Мадридова. Репрессии сопровождались полным захватом собственности кочевников. В конце 1916 года мятеж, видимо, прекратился, продолжали сопротивление лишь казахи Иманов и Алиби Джангильдин.