Жителей больше волновала участь мусульманских организаций, в которых они видели залог своей будущей судьбы. В марте 1917 года образованные азиаты, боровшиеся за реформы, собрались в Мусульманском совете (Шура-йе Ислам). В это время консерваторы произвели перегруппировку своей организации, возглавляемой муллой Шерали Лапиным, в которой доминировало духовенство. С 16 по 23 апреля эти организации собрали первый региональный Мусульманский съезд в Ташкенте. 450 делегатам съезда, включая 93 русских, следовало обсудить будущее Средней Азии в составе нового Российского государства.

Выводам съезда недоставало определенности. Хотя съезд ожидал от Временного правительства создания нового государства на демократических и федеративных основаниях, он не пояснил, примут ли делегаты съезда участие в формулировании принципов этого федеративного государства или нет? Будет Средняя Азия автономным или условно независимым образованием? Единственный пункт, по которому мусульманские делегаты съезда заняли определенную позицию, состоял в том, что их судьбу Россия не должна решать в одностороннем порядке. Съезд принял резолюции с требованием прекращения русской колонизации и возвращения конфискованных земель местным жителям. В частности, было решено создать в Туркестане Центральный совет мусульман, который получил известность под названием Национальный центр (Милли марказ).

Впервые с тех пор, как Средняя Азия вовлеклась в националистическое движение, местные граждане взяли судьбу региона в свои руки. Лидировали в этом процессе казах Мустафа Чокаев (1890–1941), который представлял Степной край в Четвертой Думе, а также Махмуд Ходжа Бехбуди, Убайдулла Ходжа, Асадулла Ходжаев, Абиджан Махмуд и несколько других менее известных представителей среднего класса. Руководители Мусульманского центра, как и те, кто представлял их на местах, такие как Насир Хан-торе в Фергане, Танышбаев в Семиречье, туркмен Ораз Сердар в Ашхабаде и другие, являлись либералами, мечтавшими о возрождении. Вплоть до Октябрьской революции Национальный центр отстаивал интересы местного населения, он также участвовал в работе съездов, собиравших всех мусульман России.

Национальный центр от имени Средней Азии участвовал в таких мероприятиях, как Общероссийский съезд мусульман. Он проходил в Москве с 1 по 11 мая 1917 года. На нем присутствовало более 800 делегатов, включая 300 представителей духовенства. Съезд, принявший несколько важных решений, сохранял различия в подходе к вопросу об отношениях между мусульманами и Российским государством.

Фракция «унитаристов», состоявшая главным образом из татар и возглавляемая лезгином Цаликовым, отстаивала идею национальной (экстерриториальной) культурной автономии (Милли Мадани Мухтарият) в унитарной республике. Сторонники предложения Цаликова усматривали в федеративном государстве тормоз экономического и социального прогресса мусульман. Хотя «унитаристы» соглашались, что Средняя Азия и Кавказ могли бы пользоваться определенной автономией, даже в рамках единого государства, представители Средней Азии горячо поддерживали идею федерализма, предложенную азербайджанцем Мехметом Эмином Расул-заде. Он провозгласил необходимость территориальной автономии в федеральном государстве. Эту позицию поддержали 460 делегатов при 271 – против. Представителям Средней Азии территориальная автономия казалась должным ответом на колонизацию и иностранное присутствие на их земле. В ней содержалась идея возрождения региона, которая увлекала реформаторов гораздо больше, чем пантюркизм и панисламизм.

В Национальном центральном совете (Милли Маркази Шура), созданном на заключительной стадии съезда, чтобы «направлять деятельность мусульман России до созыва Учредительного собрания», Среднюю Азию представляла треть делегатов. Но за первым всеобщим мусульманским съездом не последовало сколько-нибудь серьезного продолжения. Представители Средней Азии даже не смогли принять участие во II съезде, который проходил в том же июле в Казани, частично потому, что наступление генерала Корнилова воспрепятствовало поездкам за пределы региона, а также ввиду их занятости на местах. Уже на апрельском съезде в Ташкенте представители Средней Азии согласились с тем, что исполком Временного правительства должен предоставить больше свобод местным жителям. Они получили от русского делегата Никора заявление, которое полностью соответствовало политике, проводимой тогда Россией: «Революция осуществляется русскими, вот почему власть в Средней Азии в наших руках».

В период ослабления российской власти местные лидеры придерживались в течение нескольких лет сдержанного курса. Реформисты из Национального центра не смели отклоняться от примирительной позиции в отношении русских, если хотели сохранить воображаемую поддержку русских либералов против тех русских, которые выступали за полный захват местной власти и против мусульманских консерваторов, объединившихся в Обществе улемов (Улема джамияти). Точно так же консерваторы избегали лобовых столкновений с русскими из опасения, что те поддержат реформистов. Разногласия, которые разделяли консерваторов и реформистов до революции, сохранялись и при Временном правительстве, серьезно осложняя положение. Выборы в городской совет Ташкента в августе 1917 года обнажили многие противоречия. Улемы в это время поддерживали правых русских кандидатов и выиграли 60 % голосов, оставив кандидатов мусульманского совета на третьем месте с 10 % голосов позади эсеров, получивших 25 % голосов. В качестве кандидата в мэры по спискам улемов и русских консерваторов выступал бывший русский губернатор Н. С. Лукошин, ответственный за репрессии в Фергане в 1916 году. Этот альянс обеспечил либералам народную поддержку.

Летом 1917 года в Самарканде социалистическая партия Союз мусульманских рабочих (Иттифак) составила список № 4 кандидатов в городской совет. В беспорядках во время выборов консерваторы убили некоторых кандидатов в Коканде и других местах, но сама организация стала для мусульманских рабочих революционным символом. Летом 1917 года раскол между русскими и мусульманами обозначился более определенно, и доверие местных жителей к режиму рухнуло. Безразличие к революции, на что лидеры Средней Азии возлагали так много надежд, берет начало в этом периоде. Стало очевидно, что население не поддержит режим, когда тот подвергнется нападению.

Летом 1917 года экономическое положение стало воистину катастрофичным. Со времени завоевания сельское хозяйство направлялось в русло интенсивного хлопководства, в результате чего сокращались земельные площади, предназначенные для выращивания зерна, а регион становился зависимым от поставок продовольствия из России. В 1917 году Россия не могла снабжать Среднюю Азию зерном, и деревню поразил голод. Закупки хлопка тоже прекратились, с сокращением ресурсов дехкан их гнев возрастал. Дехкане конфликтовали с русскими поселенцами, которые враждебно встречали любые посягательства на свою землю. В начале лета распространившиеся в Семиречье слухи о возвращении дунганов из Китая вызвали всеобщее возбуждение среди поселенцев, которые были вооружены против киргизов. «Наша газета» сообщала о резне 2 июля. Политические организации вышли на демонстрацию в Ташкенте 18 августа 1917 года с целью привлечь внимание властей к явлению, которое расценивалось как геноцид. Члены правительственного комитета, как и Советы, не обратили на это внимания.