С августа 1989 г. председатель КГБ Азербайджанской ССР – Азербайджанской Республики. В сентябре 1991 г. был снят с занимаемой должности и отправлен в отставку (на пенсию)[97]. 30 октября 1992 г. арестован в г. Баку по обвинению «…в причастности к организации январских событий в Баку в 1990 г., а также к противозаконному вводу войск СССР в столицу республики, в результате которых пролилась кровь невинных людей». Одновременно обвинялся в том, что в январе 1990 г. «…через сотрудников группы «Альфа» КГБ СССР с целью ослабления Азербайджанского государства и лишения населения правдивой информации о происходящих событиях, организовал взрыв энергоблока на Азербайджанском центре телевидения и радиовещания». С ноября 1992 г. содержался в Баиловском следственном изоляторе МНБ. 18 июля 1993 г. был освобожден в связи с прекращением уголовного дела за отсутствием состава преступления. В дальнейшем проживал в г. Баку, 9 января 1994 г. из-за опасности повторного ареста выехал в Россию, где в 1995 г. принял российское гражданство[98].