В 1705 году Филофей послал на Камчатку архимандрита Мартиниана, но тот почти ничего не добился: камчадалы жестоко враждовали с русскими казаками, а казачьи атаманы боролись за верховенство. Лишь в 1711 году Мартиниан основал близ Нижнекамчатска маленькую Успенскую пустынь.

Столь же печально дела обстояли и в Иркутске. Филофей учредил там викариатство, а викарием назначил епископа Варлаама (Коссовского). Но викарию Сибирь оказалась не по плечу, он выдержал в Иркутске только три года и в 1710 году сбежал в Москву без оглядки. Отдельная Иркутская епархия, которую задумал Филофей, будет образована лишь в 1727 году.

Петровский указ обнадёжил Филофея. В 1707 году владыка отправил миссию к берёзовским остякам (хантам). Тамошние инородцы уже привыкли к монастырским крестам, что высоко вздымались над низкорослым северным лесом. Близ Берёзова можно было ждать помощи от местного воеводы.

Берёзовский острог стольник Никифор Траханиотов построил в 1591 году. Острог встал на берегу реки Северной Сосьвы недалеко от её впадения в Малую Обь. Служилые люди жили здесь в окружении лесов и болот, священных деревьев и древних капищ. Господь не забывал этот городок, иногда напоминая о себе чудом: в 1623 году на крепостной Спасской башне «просияла» икона Смоленской Божией Матери. К концу XVII века в Берёзове худо-бедно действовал Воскресенский монастырь (монахов не хватало, и обитель то и дело закрывалась) и стояли четыре храма, в одном из которых хранилось легендарное знамя Ермака – хоругвь с Георгием Победоносцем.

Под защитой Берёзова миссионеры рассчитывали на успех. Обычно крестители действовали так: являлись в селение (в «юрты»), оглашали указ о крещении и – если их не прогоняли стрелами – кратко разъясняли суть христианства. После этого сокрушали идолов, проводили обряд и раздавали подарки новокрещенам. Но в 1707 году остяки приняли посланцев Филофея с ожесточением, креститься согласились немногие. Эта миссия взбудоражила инородцев, и вскоре в низовьях Оби забунтовали обдорские самоеды. В 1708 году берёзовскому воеводе Хрущёву донесли, что самоеды замыслили сжечь Берёзов; они даже позволили шаману принести в жертву идолам женщину.

Первый опыт миссионерства дался очень нелегко. В селениях навстречу крестителям летели стрелы; никто не хотел принимать от пришельцев ни их подарков, ни их веры. На капищах надменно вздымались идолы, а шаманы призывали своих демонов сокрушить чужаков молниями, сожрать мошкой, утопить в болотах, насмерть закружить в тайге. Но митрополит Филофей получил от государя карт-бланш и маленькую армию крестоносцев.

Хотя указ о создании губерний был издан Петром в декабре 1708 года, тобольского воеводу князя Михаила Черкасского отозвали только 4 апреля 1710 года. Новым руководителем края Пётр назначил князя Матвея Гагарина. Однако пришлось ждать, пока сановники царя юридически оформят систему губерний и разработают должностные инструкции для губернаторов. Без Черкасского и Гагарина Сибирью командовал воевода Иван Бибиков. 6 марта 1711 года звание губернатора было присвоено Гагарину официально. Как глава Сибирского приказа, он оказался сам себе начальником. Но он всё никак не мог вырваться в Сибирь: в декабре 1711 года царь сдёрнул его с дороги на ремонт Вышневолоцкого канала, а в мае 1712 года опять сгорела треть Москвы.

Наконец Гагарин махнул рукой на канал и Сибирский приказ, на Москву и Петербург, на царя и Сенат, и рванулся в Тобольск.

Князь Матвей Петрович ехал вместе с огромной толпой слуг и дьяков, будущих чиновников (Сенат разрешил ему взять с собой в Сибирь 48 человек из «шляхтичей»). Слава опережала губернатора. В городах губернии князю устраивали пышные встречи. Гагарин щедро раздавал деньги и обещания. От Верхотурья вниз по Туре его караван плыл на судах, по преданию, изнутри обитых красным атласом. В Тобольск князь Гагарин прибыл 9 октября 1712 года. На пристани губернатора встречали восторженный народ и каролины. Гагарин раздал шведам 142 риксдалера.

В Тобольске князь обустроился как вельможа, как не ограниченный ничем и никем правитель. Сибирь не видала такой роскоши. По преданию, Гагарин завёл себе в Тобольске карету, сбитую серебряными гвоздями, а его лошади были подкованы золотыми подковами (дошлые кучера потихоньку поменяли золотые подковы и серебряные гвозди на железные).

Сразу по прибытии Гагарин повелел разобрать терем воевод Черкасских и начал возводить огромный деревянный дворец с подворьем в квартал. Руководил строительством мастер Патрикей Артёмов. Работали 60 русских плотников и артель шведов – 90 человек (артельный – Иоганн Лейм). Гагарин пожелал оформить дом по-современному: фронтоны, балюстрады, колонны, вазоны, лепнина и сад с цветником. Декором занимались каролины.

Гагарин поставил себя в Тобольске как щедрый и снисходительный хозяин. Он старался судить справедливо, помогал, кому мог, убогим раздавал милостыню, ходил в церковь и запросто разговаривал с простым народом. Он носил русскую одежду, а по праздникам приглашал тобольскую «элиту» на застолья (правда, гости должны были подарить ему полтину или рубль). В общем, Гагарин для народа был милостивым барином и добрым господином.

Костяная икона князя Гагарина в музее Тобольска

Он рьяно взялся за дела губернии и проявил себя очень деятельным руководителем. Сохранилось множество его распоряжений и повелений, испещрённых дополнениями. На следствии он говорил: «Подписывал я на всякий день челобитен и указов ста по полтораста и по двести».

Он занимался всем: обустройством дорог и ямских станций, основанием слобод, улучшением сбора ясака, каменным строительством в Тобольске и Сибири, разведкой новых земель, развитием судоходства, дипломатическими отношениями с Китаем и Джунгарией, совершенствованием сбора налогов, христианизацией, развитием промыслов и ремёсел, Ирбитской ярмаркой, местным самоуправлением и бюрократическим аппаратом, земледелием и колонизацией, поиском руд и возведением горных заводов, – и так далее.

Деятельность Гагарина протекала в русле петровских преобразований. Пример тому – реформа тобольского драгунского полка. В 1713 году Гагарин отменил драгунам жалованье, драгуны отказались служить, и тогда Гагарин распустил их. В драгуны уже просились крестьяне из слобод по Тоболу (в «драгунстве» их освобождали от значительной части податей). За взятку в 1500 рублей Гагарин зачислил в драгуны 500 крестьянских семей. Полк был переведён из Тобольска в Царёво Городище, Иковскую и Утяцкую слободы. При воеводах драгуны были кем-то вроде наёмников, а сейчас стали кем-то вроде казаков; тем не менее, они умело отражали набеги степняков. Правда, лихие драгунские полковники сразу принялись «смучивать» со своих драгун взятки деньгами и скотом, так что лихоимство в армии никуда не делось, но с былыми вольностями сословия служилых людей Гагарин покончил.