В декабре в дрезденском театре «Semperoper» состоялась премьера «Саломеи» Штрауса. Слухи об этом сочинении расползлись по всей империи. Следующая ее постановка в Вене обещала стать сверхвостребованной, и многие меломаны следили за афишами Придворного театра в предвкушении услышать нечто новое. Но одноименная скандальная пьеса Оскара Уайльда, легшая в основу оперы, по множеству причин оказалась под запретом, который распространился и на произведение Штрауса. Венский цензор, боявшийся огласки, попросил Малера быть поосторожнее с прессой, и тот, открыто поддерживавший это сочинение, попал в неудобную ситуацию: история с «Саломеей» могла подорвать его авторитет руководителя в глазах тех, кто знал о несостоявшихся планах. Взбешенный Малер пошел на бессмысленный конфликт со своим руководством, дав понять, что не задержится на посту, если его мнением будут пренебрегать. Весной 1906 года в письме Штраусу Густав признавался: «Вы не поверите, насколько эта история мне неприятна и, между нами говоря, какие последствия она может для меня иметь».

Среди причин негласного табу на оперу называли наличие библейских персонажей на сцене, искажение евангельской истории и нарочитую безнравственность Саломеи и Ирода. Официальная формулировка венской цензуры свелась к «религиозным и моральным основаниям». Причина могла крыться и в нежелании императора Франца Иосифа портить отношения с Римской курией, которые он всегда старался поддерживать, несмотря на то, что наложил вето на избрание на папский престол кардинала Рамполлы дель Тиндаро.

Как бы то ни было, 16 мая премьера оперы, обещавшая стать самым громким событием года, состоялась в австрийском Граце. В местных гостиницах практически не оставалось свободных номеров, поскольку в город со всей империи съехались жаждавшие увидеть невероятное действо. Густав и Альма тоже присутствовали на премьере. Примечательно, что среди зрителей находился семнадцатилетний начинающий художник Адольф Гитлер, взявший на поездку в Грац взаймы деньги у родственников.

Альма вспоминала, как в день премьеры Малер и Штраус устроили утренний пикник, отправившись на арендованном автомобиле в горы, потом компания спустилась к местному водопаду и пообедала в таверне. Густав, боявшийся опоздать на спектакль, торопил своего товарища. «Без нас не начнут», — отвечал Штраус. «Если вы не хотите идти, то я поспешу и буду дирижировать вместо вас», — шутил Малер.

Благодаря содействию Штрауса 27 мая в немецком Эссене состоялась премьера Шестой симфонии Густава. После репетиции один из его друзей, шокированный этим произведением, спросил композитора: «Как может человек, добрый как ты, написать симфонию, полную такого мучения?» На что Малер ответил: «Это сумма всех страданий, которые я был вынужден терпеть в течение жизни». Густав сильно взволновался. Альма вспоминала, как после прогона он ходил по артистической комнате взад и вперед, заламывая руки и задыхаясь от рыданий. В этот момент дверь распахнулась, и появившийся Штраус внес своими словами совершеннейший диссонанс в мысли и настроения Густава: «Послушайте, Малер, завтра перед Шестой вам придется продирижировать каким-нибудь траурным маршем или чем-нибудь в этом роде — у них скоропостижно скончался мэр». Штраус выглядел абсолютно спокойным. Одним своим видом он привел Густава в чувство.

Успех симфонии у публики был грандиозный. По окончании концерта композитора вызывали шесть раз, его одарили овациями даже оркестранты. При этом рецензии традиционно оставались в диапазоне от прохладцы до резкого неприятия. Состоявшаяся через полгода венская премьера встретила такую же реакцию: и восторженное одобрение, и громкое выражение неудовольствия. Большинство венских критиков растоптали произведение. В партитуру Малер включил оригинальный инструмент — «коровьи», или «альпийские», колокольчики, чем вызвал насмешки некоторых из них. Этот инструмент представлял собой специально сконструированный набор колокольчиков без язычка, по которым нужно было ударять специальной палочкой. Впоследствии этот набор сопровождал Густава на всех постановках Шестой симфонии, но бывало, композитор брал с собой на постановку первого трубача Венской оперы, чтобы невероятно трудные пассажи прозвучали «с гарантией» — так, как задумывались.

Во время летнего отпуска Малер намеревался восполнить утраченные силы и накопить творческую энергию, столь необходимую для сочинения. Но в первый же день отдыха им овладел дух творчества, который, как писал композитор, «погонял меня в течение следующих восьми недель, пока самое крупное мое произведение не было готово». К августу работа над Восьмой симфонией была завершена, хотя еще не прозвучала Седьмая. Это произведение знаменовало открытие нового периода творчества композитора, который в музыковедении принято относить к позднему. В истории музыки это сочинение получило негласное название «Симфония тысячи» по количеству исполнителей, стоявших на сцене. Малер с восторгом писал Менгельбергу: «Это самое значительное из всего, что я до сих пор написал. Сочинение настолько своеобразно по содержанию и форме, что о нем невозможно даже рассказать в письме. Представьте себе, что вселенная начинает звучать и звенеть. Поют уже не человеческие голоса, а кружащиеся солнца и планеты». Идея произведения, мастерски реализованная в музыке, состоит в искуплении вины силой любви. Малер создал полноценное хоровое симфоническое полотно, соединив жанры симфонии и кантаты. Первая из ее двух частей основана на христианском гимне Пятидесятницы IX века, а вторая — на тексте из заключительной сцены «Фауста» Гёте. Примечательно, что, несмотря на громадный состав исполнителей, композитор редко использует всю мощь звучания, сочетая тембры хора с группами инструментов, благодаря чему образуется особая камерная прозрачность звука.

Малер продолжал покровительствовать Шёнбергу. 5 февраля 1907 года впервые в Вене прозвучал Первый струнный квартет малеровского протеже. На слушателя, пытавшегося освистать сочинение, Густав накинулся так, что дело дошло до рукоприкладства. На следующий день Малер писал Штраусу: «Вчера я слышал новый квартет Шёнберга и нашел его столь глубоким и впечатляющим, что я не могу его описать в письме, самым решительным образом рекомендую его для фестиваля в Дрездене». Днем позже в зале «Musikverein» впервые исполнялась Камерная симфония Шёнберга. На концерте конфликт сторон приобрел еще большие масштабы. В середине исполнения противники новой музыки начали шуметь и двигать стульями. Густав, находившийся в зале, стал кричать на них, дабы не допустить срыв вечера. В конце концов половина публики во главе с Малером рукоплескала сочинению, другая же половина его освистала. Согласно другой версии, при исполнении произведения между его сторонниками и противниками произошла драка, в которой оказался замешан директор Придворной оперы, и только при помощи полиции удалось утихомирить аудиторию.

Примечательно, что, отстаивая сочинения своего друга, Густав, даже не разбираясь в тонкостях, видел в этой музыке будущее искусства. Позднее Альма рассказывала, что по дороге домой после того вечера муж ей признался: «Я не понимаю его музыку, но он молод; возможно, он прав. Я старый, может быть, я больше не имею возможности слышать его музыку».

Из ситуации с противоборством приверженцев современного и традиционного чуть позже был найден оригинальный выход. К 1913 году в Вене построили специальный зал «Konzerthaus», предназначенный в большей степени для нового искусства, а роскошный «Musikverein» оставался верен образцам классической музыки, музыки прошлого.