Вооружая против себя многочисленную партию в духовенстве и народе, патриарх скоро возбудил к себе вражду и в боярском сословии. Он слишком неумеренно пользовался влиянием на царя и хотел обратить в свое неотъемлемое право то государственное значение, которым был обязан только личному расположению Алексея Михайловича; он стремился, по-видимому, самую светскую власть поставить в зависимость от духовной. Но такое стремление не могло иметь успеха в Московском государстве — при полном развитии царского самодержавия. Раздраженные высокомерным обращением и требованием совершенной покорности, многие бояре возненавидели Никона и старались ослабить расположение к нему царя. Усилия бояр увенчались успехом тем скорее, что Никон пренебрегал их мелкими интригами, а, главное, царь сам начал уже тяготиться своею зависимостью от неуступчивого патриарха. В отношениях Алексея Михайловича к Никону не замедлило обнаружиться охлаждение; за ним последовал открытый разрыв, вследствие которого патриарх самовольно оставил свою паству.

Однажды при дворе угощали грузинского царя Таймураса и против обыкновения не пригласили Никона (1658). Последний послал разведать о причине; боярин Хитрово прогнал посланного, причем ударил его палкой. Раздраженный патриарх сначала потребовал удовлетворения письменно, но не мог добиться никакого положительного ответа. Он хотел лично объясниться с царем во время выхода к обедне, но пришел боярин Ромодановский и объявил, что государь не будет; при этом случае патриарх побранился с. боярином, который упрекнул его в гордости. Тогда Никон дал полную волю своему гневу. После обедни он громко объявил народу, что больше не патриарх московский, поставил свой посох к Владимирской иконе Богоматери, надел простое монашеское платье и тут же, в ризнице, написал к царю письмо, в котором просил назначить ему келью для жительства. В ожидании ответа он сел на ступени амвона. Два раза приходил от царя боярин Трубецкой увещевать патриарха, но напрасно; боярин пришел в третий раз и объявил Никону, что государь предоставляет на его собственную волю избрать себе место для жительства. Никон, по-видимому, надеялся, что Алексей Михайлович сам придет уговаривать своего друга, и никак не ожидал подобного ответа. В сопровождении большой толпы народа он отправился пешком из собора на Воскресенское подворье, а оттуда уехал немедленно в свой любимый Воскресенский монастырь, известный более под именем Нового Иерусалима.

Государь, однако, не скоро решился покончить со своим бывшим другом, и несколько лет еще продолжалась их распря, которую бояре усердно старались поддерживать, а Никон им помогал своим упрямством. Наконец состоялся Духовный Собор под председательством двух восточных патриархов (александрийского и антиохийского); Никон был осужден, его лишили сана и сослали в заточение в Белозерский Ферапонтов монастырь (в конце 1666 года). После своего падения он, однако, не смирился духом и до самой смерти оставался верен своему неукротимому характеру.

Книги, исправленные Никоном, одобрены на том же соборе (1666–1667), который низложит его с патриаршего престола. Собор этот изрек проклятие тем, которые не захотят покориться его решению насчет книг и обрядов (т. е. осужденных им двуперстия, сугубой аллилуйи и пр.). Тем не менее во многих местах священники и монахи не хотели принимать исправленных книг, а в Соловецком монастыре дело дошло до явного возмущения. Против мятежных монахов отправлен был отряд стрельцов; но правительство, занятое в то время на юге борьбою с Разиным, не могло употребить большие силы на севере; благодаря своим крепким стенам раскольники целые восемь лет выдерживали осаду. Только в 1676 году воевода Мещеринов взял монастырь приступом и перевешал глазных мятежников.

В первые годы царствования Алексея Михайловича произошло новое и самое знаменитое восстание украинских казаков против польской аристократии, которое окончилось отложением Малой России от Польши и присоединением к Москве. Вождем этого восстания явился Богдан Хмельницкий, вызванный на отчаянную борьбу с поляками жаждою личной мести.

Зиновий Хмельницкий (известный более под именем Богдана) был сын казацкого сотника, получил хорошее по тому времени образование и рано начал выдвигаться из среды товарищей, городовых или реестровых казаков; своею храбростью и даровитостью он отличался в битвах с татарами, турками, москвитянами и занял место войскового писаря. Хотя Хмельницкий по наружности оказывал полную преданность Речи Посполитой, однако некоторые из панов, угнетавших Украину, наученные опытами прежних казацких мятежей, стали подозрительно смотреть на умного писаря; особенно возненавидел его Чигиринский под-староста Чаплинский. Недалеко от Чигирина у Хмельницкого был хутор Субботово, на который подстароста объявил свои притязания. Однажды Чаплинский с толпою слуг капал на хутор, поджег на гумне хлеб и завладел женою (или невестою) Богдана. Хмельницкий принужден был спасаться бегством. Он обратился с жалобою к Чигиринскому старосте (Конецпольскому) и, не получив от него никакой защиты, поехал в Варшаву искать правосудия у польского сената, но судьи в тяжбе шляхтича с казаком по обыкновению приняли сторону первого. Хмельницкий обратился к королю, который лично знал Богдана и покровительствовал ему. Сознавая свое бессилие перед сеймом, Владислав отказался от участия в этом деле (а на жалобы казаков против утеснения Украины, как говорят, заметил, что у них есть сабли). Тогда Хмельницкий ушел на Запорожье, подготовил там восстание и получил помощь от крымского хана. Казацкая рада выбрала Хмельницкого гетманом и решила объявить войну полякам. По всей Украине началось сильное волнение народа, который ждал только удобного случая, чтобы снова поднять оружие против своих притеснителей.

Первые битвы Хмельницкого с польскими войсками (при Желтых Водах и при Корсуне, 1648 год) окончились полным поражением поляков. Этот успех поднял всю Украину; холопьи составив множество гайдамацких отрядов («загонов»), бросились грабить и разрушать господские земли, жечь католические церкви и предавать мучительной смерти жидов-арендаторов. Паны принуждены были бегством спасаться от ярости черни. В это время скончался король Владислав, и наступившее бескоролевье еще более способствовало успехам восстания. Когда же на престол был избран брат покойного короля Ян Казимир, он лично принял начальство над войском, но под Зборовом (в Галиции) поляки со всех сторон были окружены казаками и татарами; тогда король согласился на мир, по которому возвращались казакам их старые права и дарованы некоторые новые привилегии.

Непрочность Зборовского трактата скоро обнаружилась. По трактату число реестровых казаков огракичено в 40 000, все же остальные холопы, приставшие к войску, должны были воротиться в крепостное состояние и опять работать на тех самых панов, которых они только что прогнали из своей земли. Когда гетман попытался строгими мерами привести в исполнение эту статью, на Украине обнаружилось против него сильное неудовольствие черни, и он принужден был отказаться от своей попытки. С другой стороны, и поляки не исполнили некоторых условий договора: так, например, они не дали киевскому митрополиту место в сенате. Хмельницкий опять призвал на помощь крымского хана и начал новую войну; на этот раз она была для него неудачна. Ян Казимир собрал поголовное шляхетское ополчение («посполитое рушенье»); в сражении под Берестечком хан внезапно покинул казаков, и они потерпели совершенное пораженке. При Белой Церкви заключен был новый мир, по которому число реестровых казаков уменьшено до 20 009. Положение Малой России опять сделалось почти такое же, какое было до восстания. Казаки и в особенности крестьяне целыми толпами устремились в соседнюю Московскую Украину, где пустынные дотоле пространства в скором времени заселены были малороссийскими колониями и слободами, каковы Ахтырка, Сумы, Изюм, Харьков и др. (Слободская Украина).