Благодаря возобновленной переписке с Гизе Ретик узнал, что Дантиск умер, уступив место епископа Вармийского своему старому сопернику. Однако Гизе занимал этот высокий пост всего лишь год, пока сам не умер в октябре 1550 года в возрасте семидесяти лет. Его сменил Станислав Гозий (выдвиженец Дантиска), который так рьяно боролся с лютеранской ересью (и даже обратил нескольких важных людей обратно в католицизм), что его сделали кардиналом.

В начале 1551 года Ретик выбрал латинское слово canon (напоминавшее о Копернике, но также означавшее свод законов) для названия своей брошюры Canon doctrinae triangulorum («Таблицы науки о треугольниках»), В ней содержались лучшие на тот момент тригонометрические таблицы, очень помогавшие вычислениям астрономов. Чтобы никто не забыл о связи этой тоненькой книжки с Коперником, Ретик скрепил ее шутливым вступительным диалогом между Philomathes — «любителем математики» и Hospes — его посетителем (hospes по-латыни означает «чужестранец, гость», но также и «несведущий»). Когда Гость спрашивает: «Что за человек этот Ретик?», Филомат отвечает: «Он тот, кто сейчас несет нам плоды из дивных садов Коперника. После своего недавнего возвращения из Италии он решил свободно делиться со студентами математики всем, что узнал от этого высокочтимого старца, а также всем, чему он научился благодаря собственным стараниям, упорству и преданности».

Вопрос «Что за человек этот Ретик?» снова встал весной 1551 года, когда отец одного лейпцигского студента заявил, что профессор совершил «неожиданное, возмутительное и неподобающее христианину» действие против его сына. Искушая этого мальчика, «малое дитя» в глазах его отца, Ретик якобы «поил его крепким напитком, пока тот не опьянел, и затем с помощью силы принудил его к постыдному и ужасному греху содомии».

Закон карал преступников-содомитов «казнью огнем». Был ли Ретик виновен или нет, но он бежал в апреле, до окончания зимней сессии и начала суда над ним. Если верить слухам, он оказался в Праге. Многочисленные письма, вызывавшие его в суд, действительно нашли его там, но Ретик так и не вернулся в Лейпциг. После нескольких месяцев бесплодных маневров университет заочно приговорил его к ссылке на 101 год. Однако в знак признания его талантов и ради сохранения приличий подробности обвинения и судебного решения держались в тайне.

Ретик провел первый (а также, вероятно, и следующий) год в Праге, изучая медицину в Карловом университете. Затем, в 1554 году, он продолжал свое медицинское образование в Силезии. Похоже, он считал медицину идеальным средством обеспечения дохода в отсутствие преподавательской должности и поддержки покровителя. Его отец был врачом, как, впрочем, и Коперник.

«Доктор» Ретик переехал в Краков весной 1554 года. Он выбрал этот город за его географическое положение в трехстах милях прямо к югу от Фрауэнбурга, так что с Коперником его соединял меридиан картографа. Он оставался здесь почти два десятилетия (дольше, чем где бы то ни было еще), занимаясь одновременно старой и новой карьерой. 20 июля он написал бывшему студенту: «Я установил пятнадцатиметровый обелиск в совершенно ровном поле, которое предоставил мне для этой цели чудесный господин Иоганн Бонер. Таким образом, с Божьей милостью, я заново опишу всю сферу неподвижных звезд». При расчете новых, более точных таблиц, которые он собирался опубликовать, требовалось работать с десятимиллиардными долями углов, для чего пришлось нанять пятерых помощников. Заняв себя этими делами в Кракове, Ретик однажды осознал, что ему исполнилось сорок лет и что он, вероятно, ошибся, предсказав свою раннюю кончину. Привычка жить выработалась у него так давно, что в итоге он поверил в возможность достичь старости. Через десять лет, в 1563 году, он «снова взялся за работу Коперника» (имея в виду книгу, а не идейное наследие своего учителя), которую он собирался «пояснить комментарием».

Генрих Петри из Базеля (дальний родственник Иоганна Петриуса) выпустил второе издание «О вращениях» в 1566 году. Вместо разъясняющего комментария Ретика оно включало его оригинальное резюме под названием «Первое повествование». Если Ретик когда-либо чувствовал обиду за отсутствие признания его заслуг в первом издании «О вращениях», то теперь его роль сделалась очевидной.

Однако лица Ретика в книге не появилось, не обнаружено его изображение даже сейчас. Не сохранилось ни одного портрета, эскиза или карикатуры. Несмотря на многочисленные публикации и знакомства, университетские связи, несколько профессий и природное любопытство, приводившее его к столь многим дверям, представления о его физическом облике у нас нет.

В 1572 году Ретик переехал в последний раз — на юг от Кракова в венгерский город Кошице, где его готов был поддержать новый меценат. Ретик упорно продолжал свой великий опус о науке треугольников, но его отвлекали врачебные заботы, тормозили потерянные при различных переездах важные бумаги и устрашали горы вычислений, с которыми еще предстояло совладать. Однажды с ним произошло то, чего он никак не ожидал. Весенним днем 1574 года он открыл дверь нежданному гостю из Виттенберга, который прочел брошюру Ретика о треугольниках («Таблицы») и услышал о его намерении завершить более крупную работу.

«Мы едва успели обменяться парой фраз, — вспоминал позже молодой Валентин Отто, — когда выяснилась причина моего визита, и у него вырвались такие слова: «Ты приехал ко мне в том же возрасте, когда я сам посетил Коперника. Если бы не мое путешествие, его труд никогда не увидел бы свет»».

На этом сходство историй заканчивается. Хотя Отто оказался чрезвычайно преданным учеником, он работал рядом со своим учителем совсем недолго. Через несколько месяцев Ретик отправил Отто в Краков за оставленными там записями. Вернувшись 28 ноября из утомительного путешествия под дождем, преодолевая разливы рек («Дважды за день я чуть не утонул»), Отто застал Ретика тяжелобольным. Он ухаживал за своим наставником на протяжении нескольких дней, за время которых Ретик официально передал ему право (и обязанность) завершить «Науку о треугольниках». Отто поклялся это сделать, и Ретик умер у него на руках субботним утром 4 декабря 1574 года в возрасте 60 лет.

Подталкиваемый большой любовью к Ретику, Отто работал следующие двадцать лет не покладая рук, чтобы завершить доставшееся ему в наследство начинание. Почти сразу же, как только этот том в полторы тысячи страниц появился в 1596 году, обнаружились многочисленные ошибки и упущения. Однако Отто к тому времени уже был стар и не мог исправить текст, даже когда ему указывали на недочеты. Позже появился более достойный продолжатель работы в лице Бартоломео Питиска — придворного капеллана при курфюрсте Фридрихе IV в Гейдельберге. После смерти Отто в 1602 году Питиск тщательно изучил скопившиеся у того беспорядочные записи. «Я откапывал их, заброшенные, грязные, почти сгнившие, страница за страницей», — рассказывал он. В результате этой «нудной» работы он «собрал по крупицам многое, что чудесным образом восхитило меня». Питиск дождался публикации окончательного варианта этого вклада Ретика в теорию Коперника в 1613 году во Франкфурте. Он озаглавил книгу «Математическая сокровищница, или Таблицы синусов для радиуса из 10 000 000 000 000 единиц… ранее вычисленные ценой невероятных усилий и расходов Георгом Иоахимом Ретиком».