Тишендорф решил последовать за настоятелем в Каир, взяв с собой письма от Кирилла и эконома, в которых они горячо поддерживали его план. В Каире он поспешил в Синайский монастырь, где собрался синод настоятелей, и к вечеру разрешение на доставку манускрипта в Каир было получено. За рукописью в Синай был отправлен бедуинский шейх. Через десять дней манускрипт с «дромадерским экспрессом», скорости которому значительно прибавили щедрые посулы Тишендорфа, прибыл в Каир. Договорились, что Тишендорф будет брать для копирования каждый раз по одному «кватерниону», то есть по восемь страниц. Ему предстояла необъятная работа, которую, кстати, дальнейшее развитие событий лишило всякого смысла. Два месяца проработал Тишендорф в своей комнатке в «Отель де пирамид», не дающей никакого спасения от нескончаемого шума и гама каирской улицы.

Чтобы ускорить дело, он нанял двух живущих здесь немцев, получивших некоторое классическое образование, — врача и аптекаря. Под его наблюдением они приступили к работе. Но с каждым шагом трудность стоящей перед ними задачи становилась все очевиднее. Помимо того что многие места в рукописи совершенно выцвели, в ней была еще тьма поправок — около четырнадцати тысяч, — внесенных целым рядом «редакторов» уже после того, как текст был полностью записан. Некоторые страницы содержали более сотни таких исправлений. К тому же сам текст был написан несколькими почерками, и каждому были присущи своя манера, свои особенности. Над рукописью поработало по меньшей мере шесть «редакторов», и большинство из них, по-видимому, сделали это не менее тысячи лет назад.

Когда была скопирована почти половина тома, Тишендорф, к своему ужасу, узнал, что из-за неосторожной фразы, сказанной им представителю германского консульства, тайна стала известной только что прибывшему английскому ученому. Более того, англичанин получил доступ в монастырь, где хранился кодекс, и, не тратя времени даром, стал предлагать монахам деньги. Тишендорф, прибывший в монастырь вскоре после англичанина, на какое-то время совершенно потерял самообладание. Однако настоятель успокоил его, сказав: «Мы скорее преподнесем рукопись императору Александру в качестве подарка, чем продадим ее за английское золото».

Столь благородная идея, разумеется, тотчас нашла отклик в душе хитрого Тишендорфа, который, как он сам сознавался, «был в восторге от такого проявления веры и рассчитывал воспользоваться им в будущем». С особой настойчивостью принимается он теперь убеждать синайских монахов в величии этого шага, который отразил бы их преклонение перед царем как заступником православной веры. Раздражение, которое он испытал из-за появления соперника-англичанина и из-за разглашения его тайны, побудило его публично объявить о своих новых открытиях. Как победоносный генерал, он составил коммюнике о своем триумфе, отослал его министру народного просвещения Саксонии, а в середине апреля 1859 г. опубликовал в научном приложении к «Лейгашгер Цайтунг».

Мысль о том, что манускрипт следует преподнести царю, очевидно, показалась синайской братии весьма соблазнительной. Но тут возникли неожиданные осложнения. На преподнесение столь ценного подарка, как библейский кодекс, требовалось разрешение каирского архиепископа, однако митрополит Греческой православной церкви в Иерусалиме был настроен против вновь избранного архиепископа и отказывался посвящать его в сан. Вдобавок к этому избрание должно было быть утверждено турецким правительством и египетским вице-королем. Обе инстанции затягивали решение дела. Следовательно, назначение архиепископа пока не могло рассматриваться как вполне законное, в связи с чем он отказывался взять на себя ответственность за решение судьбы кодекса. Однако он намекнул, что в случае, если его высокие полномочия будут подтверждены, он не будет возражать против передачи кодекса царю.

Тишендорф сумел ловко вмешаться в конфликт по поводу избрания нового архиепископа. Он выступал уже не как простой проситель. На этот раз он дал понять монахам, что, будучи посланником царя, он постарается употребить все свое влияние, чтобы склонить дело в их пользу. Монахи были весьма обеспокоены затянувшимся епископальным междуцарствием, которое внесло в их общину апатию и беспорядок. Когда Тишендорф услышал о прибытии в Иерусалим великого князя Константина, он прервал работу и нанял судно, которое доставило его и еще троих человек в Яффу. С этого момента он стал постоянным компаньоном брата царя во время его пребывания в Святой земле. Позже он отправился в Смирну и на Патмос и по дороге туда приобрел несколько ценных рукописей, которые отправил в качестве подарка царю Александру.

Вернувшись в Каир, Тишендорф узнал, что избрание нового архиепископа так и не было подтверждено из-за упрямого нежелания иерусалимского митрополита. В конце концов все еще не вступивший в должность архиепископ сам пришел просить Тишендорфа, авторитет которого значительно возрос благодаря его отношениям с великим князем, использовать все его возможности в защиту интересов общины. Тишендорф с радостью согласился выполнить возлагаемую на него миссию, учитывая, как он без обиняков отметил, «тесную связь между их и моими собственными интересами». Впрочем, во время пребывания в Константинополе его интересы сразу вышли на первый план.

В лице русского посла в Высокой Порте князя Лобанова Тишендорф нашел преданного союзника, который радушно приютил его в своем загородном доме на берегу Босфора. И здесь Тишендорф стал проявлять все больше беспокойства по поводу своих дел: «Ожидать месяц за месяцем конца монастырской свары — это никоим образом меня не устраивало». И он нашел решение. Он составил искусный документ и убедил русского посла подписать его. В этом документе русское правительство предлагало, учитывая тот факт, что формальное облечение властью архиепископа все еще ожидало подтверждения, отправить библейский кодекс в Санкт-Петербург во временное пользование. Он будет считаться собственностью монастыря вплоть до того момента, когда его официально преподнесут царю. Если в силу каких-либо непредвиденных обстоятельств акт дарения не состоится, манускрипт, безусловно, будет возвращен монастырю. С таким документом на руках Тишендорф вновь отправился морем в Египет. По его возвращении монахи горячо благодарили его за те усилия, которые он предпринял, чтобы решить дело в их пользу, и подписали документ, разрешающий ему забрать кодекс во временное пользование в Санкт-Петербург, «чтобы скопировать там насколько возможно точно».

Наконец он получил возможность вернуться в Европу со своим драгоценным грузом — «богатой коллекцией древних греческих, сирийских, коптских, арабских и других манускриптов, среди которых, как алмаз в короне, сверкала „Синайская Библия“». По пути Тишендорф, который обожал монархов любой национальности, выкроил время, чтобы продемонстрировать свои трофеи императору Францу Иосифу в Вене, а несколькими днями позже и своему собственному повелителю, саксонскому королю Иоганну. Затем он продолжил свой путь и прибыл в Царское Село, царскую резиденцию близ Санкт-Петербурга, где преподнес рукопись Их Величествам. Тишендорф использовал предоставившуюся возможность для того, чтобы внушить императору мысль о необходимости «издания этой Библии, которое было бы достойно как самой книги, так и императора и явилось бы одним из величайших предприятий в области критики и исследования Библии». Кто именно должен стать во главе предприятия, подразумевалось само собой. Тишендорф получил приглашение остаться в Санкт-Петербурге для выполнения этой работы, но он отклонил приглашение, мотивируя отказ личными обстоятельствами, а также тем, что в Лейпциге он будет располагать гораздо большими полиграфическими возможностями.