Родился будущий атаман 10 февраля 1883 года в деревне Мейштах недалеко от Витебска (ныне Белоруссия, а тогда — Новоалександровский уезд Ковенской губернии). Впоследствии Булах-Балахович утверждал, что он происходит из обедневшего белорусско-литовского шляхетского рода «помещика средней руки», хотя в своих воспоминаниях писал, что родился в семье работавших на местного помещика повара и горничной. Согласно же военному послужному списку, Булах-Балахович происходил из крестьян Ковенской губернии. Станислав был старшим сыном в многодетной католической семье, где воспитывался еще один сын и шестеро сестер.

Отец — Никодим-Михаил Сильвестрович Балахович был из мелких (безземельным) польско-белорусским шляхтичем татарского происхождения. Мать — Юзефа Балахович (в девичестве Шафран или Шафранек) — полька по национальности. Отец будущего атамана в 1884–1889 годах стал паном — помещиком в имении Юдуцыны, затем продал поместье и стал арендатором фольварка Стакавиево под Браславом.

В юности Станислав Булах-Балахович учился в Новоалександровской школе (Литва), в частной польской гимназии Св. Станислава в Санкт-Петербурге, затем четыре года — в коммерческо-агрономическом училище в Бельмонтах (ныне — Витебская область Белоруссии). В 1902– 1914 годах он работал по специальности — бухгалтером и управляющим имения Городец-Лужский графа Платер-Зиберга в Виленской губернии, затем — на строительстве железной дороги.

В 1914 году братья Станислав и Юзеф Булах-Балаховичи по мобилизации (согласно автобиографии атамана — добровольцами) ушли на фронт и оказались в кавалерии, во 2-м лейб-уланском Курляндском императора Александра II полку, где обычно служили выходцы из литовских татар. Уже в следующем году корнета Булах-Балаховича «за храбрость» произвели в офицеры. Он был награжден медалью Св. Георгия и Знаком отличия Военного ордена (Георгиевского креста) 4-й степени (по некоторым данным — тремя солдатскими Георгиевскими крестами).

Интересно, что будущий атаман постигал азы партизанской войны в уникальной части российской армии, специализировавшейся на рейдах-вылазках по вражеским тылам, в партизанско-диверсионном особом эскадроне 2-й кавалерийской дивизии при штабе 12-й армии Северного фронта. Получив свой первый офицерский чин, Булах-Балахович стал командиром 2-го эскадрона «особой важности» имени атамана Пунина при главкоме Северного фронта. Этот отряд с начала 1917 года действовал против немецких войск в районе Риги.

Летом 1917 года Булах-Балахович сделал попытку настроить часть нижних чинов против начальника отряда — поручика Александра Пунина, но бунт поначалу окончился неудачей. Однако в августе 1917-го мятежному офицеру удалось осуществить задуманное: интриги против Пунина привели к развалу отряда. В то же время солдатский комитет избрал Балаховича командиром эскадрона. 15 августа отряд покинула большая часть офицеров, а также полностью 3-й эскадрон и часть 1-го, 2-го эскадронов и отрядных команд.

В начале осени 1917 года Булах-Балахович находился в Петрограде на лечении, в том же году оказался далеко в тылу — в Луге, где с частью своих бывших солдат сколотил отряд и взял под контроль ближайшие окрестности.

Станислав Булах-Балахович узнал о формировании польского уланского дивизиона, в котором командиром 1-го эскадрона был назначен его брат Юзеф. Станислав решил перейти в этот отряд, но в ноябре большевики разоружили эту польскую воинскую часть, расстреляв «попутно» ее командира. К декабрю 1917-го после самовольной демобилизации от диверсионного отряда Пунина осталась только конная сотня под командой ротмистра Балаховича, хотя официально отряд продолжал существовать вплоть до начала 1918 года.

Чтобы легализовать свою маленькую «армию», Балахович пошел на мировую с большевиками, которые назначили его командиром Лужского партизанского (1-го конного) полка. В январе–феврале 1918 года он уже как красный командир партизанского отряда в 150–200 бойцов сдерживал наступление немецких войск в Эстонии и под Псковом.

В марте–апреле 1918 года Балахович, стремясь сделать успешную карьеру при новой власти, обивал пороги Смольного, пытаясь получить у большевиков под свое начало бригаду или даже дивизию. Есть свидетельства, что тогда он приятельствовал с влиятельным чекистом Петерсом. В это время он мечтал о создании красной конной бригады, которую можно будет использовать для партизанской борьбы — рейдов против немецких оккупантов в Белоруссии. Но большевики, опасаясь «подозрительности» немцев, тогда не нуждались в сильных армейских частях в районе Петрограда и, конечно же, пока не строили планов освобождения Белоруссии.

Только в конце мая 1918 года Булах-Балахович получил возможность сформировать красный Лужский конный партизанский полк численностью около 700 человек (из которых только половина бойцов составляла конницу) при 12 пулеметах и двух орудиях. Этот полк входил в состав 4-й Петроградской дивизии Красной армии. По приказу Троцкого полк, как партизанский, «не подлежал контролю военного комиссара», на основании чего Балахович не допускал в распоряжение своей части политработников Красной армии.

Чекисты отмечали, что Лужский полк отличался особой «нездоровой обстановкой», «бесчинством личного состава», «мародерством», и советовали сменило командный состав. Сам «красный атаман» прославился казнокрадством и приписками: при реальной численности своего отряда 500–700 человек он получал довольствие на 1200 бойцов. Но у командования были другие заботы, и оно закрывало глаза на своеобразную «независимость» Балаховича, считая его идеальным исполнителем карательных акций на «внутреннем фронте». В июле–сентябре 1918-го Лужский полк принимал «деятельное и активное участие» в подавлении антибольшевистских крестьянских восстаний в районе Луга–Новоселье–Струги Белые, причем делал это с исключительной жестокостью. «Партизаны» атамана Балаховича с большим энтузиазмом проводили порки восставших крестьян и конфискацию их имущества. В то время батька сформировал ядро своего будущего воинства из особо преданных лично ему подчиненных.

Кроме фотографий Булаха-Балаховича остались воспоминания современников об этой противоречивой личности. Его называли «павлином среди воронов», описывая как «убежденного бабника» и «жгучего брюнета, с несколько хищным выражением лица». Балахович был трижды женат. В 1905 году он взял в жены дочь местного доктора — еврейку Генриетту Гарбель, от которой у него была дочь Аддона и два сына — Юлиуш и Генрик. В 1913 году Станислав бросил жену, которая умерла через пять лет. Вскоре после ее смерти Балахович женился на остзейской баронессе Герде фон Герхард, в браке с которой у него было две дочери — Софья и Мария. После окончания советско-польской войны 1919–1921 годов Станислав сочетается третьим браком с полячкой Яной Коречко, родившей ему дочерей Дануту и Барбару.

Современникам запомнился большой лоб атамана, правильной формы нос, серые холодные глаза, он был «сухой и жилистый, с военной выправкой спортсмена или казачьего джигита», «среднего роста, стройный, лицо незначительное, широкие скулы, руки грязные. Говорит с польским акцентом, житейски умен, крайне осторожен, говорит без конца о себе в приемлемо-хвастливом тоне. Болтает, перескакивая с темы на тему, пьет мало». О Булах-Балаховиче вспоминали, что, «несмотря на отсутствие военной школы, он показал себя талантливым офицером, свободно управляющим сотней людей в любой обстановке с редким хладнокровием, глазомером и быстротой оценки обстановки». Одевался атаман в «красочную» форму терского казачьего войска, его запомнили в «казацком кафтане, с желтыми отворотами, в большой папахе с желтой же опушкой», он любил оружие и был вооружен «старинной серебряной саблей» (очевидно, саблей в серебряных ножнах).