В сентябре 1918 года командование немецких оккупационных войск, понимая, что дни германской интервенции на северо-западе России сочтены, приняло решение о создании русских добровольческих частей в Пскове под условным названием «Северная армия». Узнав о формировании этой армии, Булах-Балахович переходит на сторону Отдельного псковского добровольческого корпуса «Северной армии» (к этому моменту в его корпусе насчитывалось всего 2,5 тысячи бойцов). Что подтолкнуло Балаховича к резкой смене окраса — личные амбиции и конфликты с властью? Продразверстка? Переход к регулярности в Красной армии и отказ от партизанщины? Скорее всего, он чувствовал, что начавшийся в сентябре 1918-го красный террор коснется и его особы. Да и положение большевиков казалось шатким: обыватели со дня на день ждали падения власти Ленина.

16 октября 1918 года на тайном совещании в Елизаровском монастыре Балахович и его единомышленники, а также начальник большевистской Чудской озерной флотилии Нелидов решили перейти на сторону белых. Однако Булах-Балахович пошел на такой опасный шаг только 6 ноября 1918-го, когда в Петрограде готовились к празднованию первой годовщины Октября. Часть полка Балаховича в 420 сабель в полном вооружении перешла к белым в районе Пскова. Командование «Северной армии» сохранило целостность отряда, его автономность как партизанского соединения, оставило батьку на должности командира, вернув ему звание ротмистра. Красноармейцев полка амнистировали, а офицерам сохранили их прежние чины. Полк Балаховича поначалу разместили в тылу корпуса — в Пскове.

За несколько дней до окончательного перехода к белым Балахович еще надеялся на успешную карьеру самостоятельного атамана восставших крестьян — на роль нового Стеньки Разина. Он думал поднять местное крестьянство, захватить Лугу и Гдов и провозгласить свою «республику», но его самостоятельное атаманство закончилось скромным разоружением роты красноармейцев. В момент, когда Балахович уже поднял восстание своего полка против красных, но еще не привел его в стан белых, он издал воззвание «Братья крестьяне!», в котором были такие строки: «По вашему призыву я, батька Балахович, встал во главе крестьянских отрядов. Я, находясь в среде большевиков, служил родине, а не жидовской своре, против которой я создал мощный боевой отряд. Нет сил смотреть на то, что творится кругом: крестьянство разоряется, церкви, святыни поруганы, вместо мира и хлеба кругом царит братоубийственная война, дикий произвол и голод...»

Балахович вещал: «Целые области освобождены уже от своры международных военных преступников. Все страны мира идут против них. Братья, я слышу ваши желания и иду на помощь вам, обездоленным, разоренным Объявляю беспощадную партизанскую войну насильникам. Смерть всем, посягнувшим на веру и церковь православную, смерть комиссарам-красноармейцам, поднявшим руку против своих же русских людей. Никто не спасется. С белым знаменем впереди, с верой в Бога и в свое правое дело я иду со своими орлами-партизанами и зову к себе всех, кто знает и помнит батьку Балаховича и верит ему. Тысячи ваших крестьян идут со мной, нет силы, которая может сломить эту великую крестьянскую армию».

Необходимо отметить, что находясь в рядах белогвардейских войск, Булах-Балахович всегда подчеркивал свою независимость «народного атамана-батьки», который вынужденно сохраняет военный союз с «генералами». Он стремился превратить свой полк в ядро новой «Народной армии», однако количество добровольцев в его полку исчислялось единицами. Его отряд был провозглашен «Конным полком имени батьки Булах-Балаховича», хотя сам он называл себя «атаманом крестьянских и партизанских отрядов». Но командование белой армией было недовольно Балаховичем, который «не подчинялся и ни перед кем не отвечал».

Белогвардейские источники, сообщающие о деятельности батьки, полны домыслов, сплетен и слухов. Первый этап пребывания полка Балаховича в Пскове запомнился местным жителям кутежами балаховских офицеров в ресторанах — «...над Псковом стоял дым коромыслом». Полк Балаховича, по мнению современников, хотя и состоял из авантюристов, но «хорошо одетых и снаряженных людей, прекрасных лошадей».

Однако вскоре Красная армия захватила Псков, и Псковский белый корпус ушел в независимую Эстонию, под протекторат Антанты. Балахович мечтал стать командующим Северного корпуса, он активно «поспособствовал» уходу генерал-майора Вандама с должности командира этого корпуса, обвинив его в недостатке решительности. Но на должности комкора оказался полковник Неф, а Балахович довольствовался чином подполковника. В феврале–марте 1919 года полк Балаховича держал оборону вместе с эстонской армией на берегу Чудского озера, между Мехикорма и островом Перрисар.

В определенный момент Балахович предложил командующему Южной группы Северного корпуса генералу Родзянко (в состав которой и входил полк Балаховича) произвести рейд в тылы красных, на базу Чудской флотилии. Полк Балаховича без потерь занял базу флотилии — Раскопель, и вывез оттуда три пулемета, три автомобиля, радиостанцию, значительные денежные суммы. Новый рейд Балаховича имел целью городок Гдов, где были «добыты» 10 миллионов рублей, пять пулеметов, военное снаряжение. За эти победы он был произведен в полковники и назначен инспектором кавалерии корпуса. 13 мая 1919 года началось общее наступление белого Северного корпуса на Петроград, в котором отрядом Балаховича (три полка) был вновь захвачен Гдов. 25 мая войска 2-й эстонской дивизии, наступая совместно с белогвардейцами, захватили Псков. 29 мая «атаман крестьянских и партизанских отрядов» Балахович торжественно вступил в Псков, где его встречало духовенство. Балаховичу была передана должность диктатора Пскова — «Главноначальствующего городом» и командира гарнизона. С июня 1919-го остатки Псковского корпуса получили название Отдельного корпуса Северной армии, восточным отрядом которого командовал Булах-Балахович.

В отличие от программы «добровольцев», Балахович провозгласил свою более «левую» программу, в которой призывал признать передел помещичьих земель крестьянами, независимость народов Российской империи, законную власть Учредительного собрания. В своих воззваниях он беззастенчиво лгал: «За эти два месяца ко мне перешли десятки тысяч красных солдат и офицеров... Англия, Франция и Америка только что в изобилии прислали мне сюда на наш фронт пушки, пулеметы, автоматические винтовки и патроны, а также и непобедимые чудовище-танки, перед которыми не устояли даже железные армии Вильгельма. Со мной все великие и меньшие наши союзники. Со мной эстонцы, шведы, датчане, поляки и латыши, со мной все русское крестьянство, вся зеленая и в большей части и сама Красная армия». Конечно, ни Англия, ни Франция не посылали Балаховичу танков и пушек, не переходили к нему в больших количествах красноармейцы. Но его лозунги были популярны у части населения, в войсках батьку считали «другом простых солдат» и даже колдуном. К Балаховичу как к «народному атаману» переходили отдельные части красных и группы «зеленых». В его соединениях появились антантовские мотоциклы и автомобили.

Вскоре, находясь в составе белогвардейских частей, Булах-Балахович стал называть себя «Зеленым атаманом за демократическую народную крестьянскую трудовую Россию» и призывал всех недовольных властью большевиков «идти на Москву!» Но частям Балаховича на пути в столицу удалось занять только поселок Струги Белые и выдвинуться в направлении к городкам Порхову и Острову. Летом 1919 года Балахович был произведен в генерал-майоры. Основанием для этого послужил переход его частей в контрнаступление, захват батареи красных и семи пулеметов.