Сайго имел все основания быть недовольным кампанией в Уэно. Омура, офицер из Тёсю и по сути всего лишь военный советник, взял на себя командование и разработал стратегию атаки. Его план привел к тяжелым потерям у Сацума, частично вызванным тем, что подкрепления из Тёсю не сумели оказать поддержку силам Сацума в критический момент. Сайго, командовавший своими войсками на месте, видел это с близкого расстояния, в то время как Омура наблюдал за ходом сражения с командной башни, расположенной в нескольких милях от храма Канэйдзи. Но Сайго был слишком наэлектризован энергией битвы, чтобы жаловаться: «Благодаря нашей тщательной подготовке мы быстро покончили с врагом, и это доставило мне величайшее удовольствие». Вместо того чтобы отчитать Омура за то, что он захватил командование, Сайго, судя по всему, был рад возможности затеряться в тумане войны. Несмотря на общую депрессию, Сайго нашел свое мужество в гуще сражения и возобновил былую славу. Придворный аристократ Сандзё Санэтоми в письме Ивакура Томоми написал по этому поводу следующее-. «Что касается ройск Сайго, то яростный бой у Черных ворот (Куромон) был исключительным по своему накалу, и своей отвагой они заслужили всеобщее восхищение». Это Синпэй вторил ему-.. «Я восхищен отвагой Сайго и мастерством военного стратега, которое проявил Омура».

Обеспечив безопасность в Эдо, Сайго переключил свое внимание на разрастающийся конфликт на северо-востоке. Императорское правительство ожидало встретить ожесточенное сопротивление со стороны княжеств Айдзу и Сонай, которые были одними из самых рьяных защитников сёгуната. Однако северо-восток не только оказал сопротивление, но и проявил мощную региональную солидарность. 4д/1864 старейшины из двух крупных северо-восточных княжеств, Сэндай и Ёнэдзава, ходатайствовали о подаче петиции, призывающей к прощению Айдзу и Сонай. Петиция получила поддержку в соседних княжествах, и совместное прошение быстро стало основой для более широкого регионального союза. К 5/1868 императорское правительство уже имело дело с конфедерацией из семнадцати северо-восточных княжеств, которые поклялись совместными усилиями добиться справедливого обращения с Айдзу. Союз северо-восточных княжеств не стремился к военному конфликту с императорским правительством. Напротив, многие члены союза надеялись на то, что они смогут избежать войны, если договорятся о более мягких условиях капитуляции для Айдзу и Сонай. Но тем не менее императорское правитель- ство было испугано этой внезапной угрозой своей верховной власти: конфедерация оспаривала власть нового правительства над северо-восточной частью страны. Словами штабного офицера императорской армии, «вульгарные княжества», входившие в союз, «не воспринимали серьезно императорский двор», и поэтому императорскому правительству не оставалось ничего иного, кроме как «считать своим врагом весь северо-восток».

Сайго вернулся в Кагосима, чтобы собрать дополнительные войска для кампании против северо-восточного союза. Однако вскоре после своего возвращения, 14/6, он почувствовал себя нездоровым и отправился на горячие источники, чтобы подлечиться. Наконец, 6/8 Сайго покинул Кагосима с тремя полками и через четыре дня прибыл с ними в северо-восточный порт Касивадзаки. Участию Сайго в северо-восточной кампании предшествовала личная трагедия. Его брат Китидзиро был тяжело ранен в бою 2/8 и умер 14/8, всего лишь через четыре дня после прибытия Сайго. Сайго считал смерть в бою самой почетной для самурая, но при этом чувствовал, что он, как старший брат, должен был умереть первым. Из-за своей болезни Сайго пропустил значительную часть войны, и ко времени его появления на поле боя ситуация уже начала складываться в пользу императорского правительства. Сайго командовал своими войсками при осаде замка Сонай и зарекомендовал себя способным командиром, но он уже был охвачен глубокой ностальгией. В одном из немногих сохранившихся писем периода северо-восточной кампании он наставляет своего офицера перед битвой следующими словами: «Если ты не проявишь праведного гнева древних времен, то уже никому не сможешь показать свое лицо». Главным достижением Сайго на северо-востоке стало милосердие, проявленное им к побежденному врагу. Поскольку в 1867 году самураи из Сонай подожгли резиденцию Сацума в Эдо, теперь они приготовились к суровому возмездию. Однако Сайго приказал соблюдать порядок при оккупации и отвел свои войска, как только капитуляция призамкового города Сонай была завершена. Этот неожиданный жест доброй воли принес ему громкую славу на северо-востоке. Теперь даже враги прославляли его как символ всех самурайских добродетелей.

К концу 9/1868 северо-восточная кампания была, по сути, окончена, и Сайго отбыл в Эдо, а оттуда домой. Оказавшись в Сацума, он сразу же направился в Хинатаяма, ничем не примечательный, но приятный курортный городок, расположенный в северо-восточном углу залива Кинко. Сайго в Хинатаяма привлекали в основном горячие источники, которые притупляли его хронические боли. Сегодня местные воды рекомендуют для лечения невралгии, мышечных болей, болей в суставах, радикулита, хронического расстройства желудка и общего истощения, но даже те, у кого эффективность Этой жидкой панацеи вызывает сомнения, имеют возможность наслаждаться прекрасными пейзажами, пока они принимают слабощелочные ванны. Хинатаяма также был идеальным местом для двух главных увлечений Сайго — охоты и рыбалки. Река Аморигава, которая протекает через Хинатаяма, славилась тем, что в ней в изобилии водилась аю, деликатесная пресноводная рыба. Окружающие горы идеально подходили для охоты на зайца, оленя и кабана.

Остается неясным, что собирался сделать Сайго — уйти из общественной жизни или просто немного отдохнуть, и похоже, он сам не был уверен в собственных планах. В середине 1/1869 императорское правительство попросило его вернуться в столицу, но он вежливо отказался. Затем, 25/2/1869, Сайго был испуган неожиданным появлением редкого гостя. Дайме Сацума, Симадзу Тадаёси, лично посетил Сайго в Хинатаяма и попросил его вернуться на правительственную службу. Это предложение не вызвало у Сайго особого энтузиазма, но он не мог отказать своему господину. Просьба Тадаёси взывала как к чувству долга Сайго, так и к его гордости. Сайго поддался на уговоры и согласился стать советником (санъё) в правительстве княжества.

Сайго потребовался Тадаёси, чтобы разрядить потенциально взрывоопасную ситуацию, которая возникла при решении запутанного вопроса о проведении реформ в Сацума. Реставрация императорской власти привела к обострению кризиса, давно назревавшего внутри самурайского сословия. Солдаты, которые в конце 1868 года вернулись в Сацума победителями, на протяжении многих лет испытывали на себе традиционные ограничения в ранге и чине. Выбрав победившую сторону в решающей политической схватке, они почувствовали себя вправе потребовать проведения радикальных реформ. Кроме того, вернувшись с полей сражений, они больше не испытывали особого почтения к самурайской элите, которую считали изнеженной, слабовольной и трусливой. Элита княжества, известная как монбацу, напротив, была полностью дискредитирована. Глубоко заинтересованная в сохранении статус-кво, она до последних месяцев сопротивлялась нападению на Токугава. Недовольство простых самураев быстро вылилось в социальный конфликт, и к началу 1/1869 самураи Сацума проводили многолюдные демонстрации с требованием открыть важные правительственные должности для низких по рангу, но способных вассалов.