Однако Кэйки ловко устранил себя со сцены. 11/2 он добровольно сел под домашний арест и назначил Кацу Кайсю командующим вооруженными силами Токугава. Кацу был неожиданным, но хорошо продуманным выбором. В 1864 году Кацу подорвал авторитет сёгуната, выступив против атаки на Тёсю, но его оппозиция была принципиальной: сёгунат руководствовался стремлением к личной мести, а не общенациональными интересами. Те же самые стандарты теперь побудили Кацу встать на защиту сёгуната. Бессмысленная война против сёгуната, считал он, была такой же плохой и бесполезной, как и война против Тёсю. Кацу был высокомерным и эгоистичным, но у него существовали свои принципы. 6/3 Кацу связался с Сайго в Сунпу через посредника, Ямаока Тэссю. Кацу был не настолько прост, чтобы напрямую взывать к «милосердию» или «мягкости». В конце концов, Сайго ненавидел Кэйки отчасти и за его циничный подход к «мягкости» в отношении Тёсю. Вместо этого Кацу воззвал к представлению Сайго о лояльности. Лояльность к императору, напомнил он Сайго, является всеобщей, и она не может быть основой для мелкой вражды. Япония стоит перед лицом как внутренних, так и внешних угроз: «Текущая ситуация в нашей стране отличается от прошлого в том, что хотя и раньше бывало так, что брат подкапывался под брата, они в то же время знали, когда прекратить подобное бесчестье». Далее Кацу обратился к чувству чести Сайго: «Истощать свои силы, подавляя мелких вассалов, — это не достойный путь (мити), а всего лишь решение принять бессмысленную, злую смерть под градом пуль».

Как и в 1864 году, Сайго убедили аргументы Кацу, и он согласился встретиться с ним, чтобы обсудить более мягкие условия капитуляции. 13/3 и 14/3 они встретились в Эдо, и Кацу снова заговорил об общих интересах противоборствующих сторон. Кэйки, утверждал он, является послушным слугой императора; именно поэтому он отступил из Кинаи и ушел с поста сёгуна. Кэйки заявил о своей готовности отдать значительную часть своих владений, а также город Эдо, и он не заинтересован в продолжении боевых действий. «Мой господин не из тех, кто, горюя о судьбе собственного дома, отправляется на войну и убивает своих соотечественников (коку-мин)>>. Кацу зловеще предупреждал, что гражданская война приведет к общественным беспорядкам, с широкомасштабными волнениями среди самураев и простолюдинов. Неужели Сайго из мелкой мстительности откажет Кэйки в разумной части его наследственных владений, рискуя внутренним хаосом? И, напротив, если Сайго согласится на более мягкие условия, то тогда «не будет бесчестья под небесами и авторитет двора повысится. Убедившись в благодатной справедливости императорского правления, вся страна немедленно откликнется на это. А когда об этом услышат чужеземцы, их вера в нашу страну восстановится, и гармоничные связи будут укреплены». Аргументы Кацу совпали со стремлением Сайго к великой цели и его давно сложившимися представлениями о чести. Они также разбудили в нем мысли о трансцендентных актах добродетели. Справедливое обращение с Токугава, утверждал Кацу, распространит добродетель по всей стране. Для Сайго это был веский аргумент. Он пообещал отложить запланированную атаку и представить аргументы Кацу высшему командованию. Сайго настоял на том, что он не имеет права говорить за все правительство без предварительной консультации, но Кацу не сомневался в том, что голос Сайго будет иметь решающее значение. Сайго изложил условия Кацу принцу Арисугаваномия, а затем отправился в Киото, чтобы получить одобрение императорского правительства.

После нескольких недель переговоров 4/4 окончательные условия капитуляции были объявлены в замке Эдо официальным посольством императора, куда входили двое высокопоставленных придворных, представители высшего военного командования (включая и Сайго) и еще около шестидесяти сопровождающих лиц. Кэйки избежал смерти, и ему было позволено удалиться в княжество Мито, несмотря на то что он «обманывал Императорский двор» и совершал преступления, караемые смертной казнью. Позднее он получил полное прощение и тихо умер В 1913 году, пережив почти всех своих врагов. Защитникам Кэйки, несмотря на их «тяжкие преступления», было даровано императорское помилование и позволено удалиться из общественной жизни. Замок Эдо был сдан правителю Овари из побочной ветви дома Токугава. Токугава вменялось в обязанность сдать все военное имущество, но императорское правительство при этом обещало позднее вернуть его «соответствующую часть». Эти условия стали переговорным триумфом для Кацу и явным отступлением от изначального требования Сайго, который настаивал на том, чтобы Кэйки совершил ритуальное самоубийство. Враждебное отношение Сайго к Токугава было развеяно аргументами Кацу, и, кроме того, он был тронут «величайшей покорностью» чиновников Токугава. В письме Окубо, написанном на следующий день, Сайго даже нашел несколько добрых слов для Окубо Итио, чиновника Токугава, который помогал вести переговоры об условиях капитуляции. В то же время Сайго был поражен своей новой властью, и ему казалось забавным, что он может, имея при себе меч, свободно разгуливать по внутренним покоям замка Эдо.

Сдача замка Эдо завершила первую фазу того, что японские историки называют «войной Босин»: бо (земля) и син (дракон) были китайскими зодиакальными знаками для 1868 года. Формальная церемония капитуляции прошла гладко, и 11 /4 княжество Овари, выступая в роли представителя императорского правительства, вступило во владение замком Эдо. Однако простые вассалы Токугава, в отличие от своих лидеров, не торопились складывать оружие, и последующие стадии капитуляции были связаны со значительными осложнениями. Княжество Кумамото, действуя как представитель императора, должно было взять под арест более 2000 солдат Токугава и все их оружие. Но на деле княжество получило 722 винтовки японского производства и горстку людей. Лучшее оружие и войска исчезли. К середине 4/1868 непокорные солдаты Токугава сформировали в Канто партизанские отряды, которые начали нападать на императорскую армию. Кацу делал все возможное, чтобы добиться соблюдения условий, капитуляции, но он не мог успокоить недовольство, широко распространившееся среди союзников Токугава. В Эдо, как и на всем северо-востоке, шли разговоры о необходимости продолжить войну против «вероломных предателей».

Сайго лично столкнулся с признаками этого надвигающегося кризиса в Эдо. Город патрулировали члены «Сёгатай», или «Лиги демонстрации справедливости» — вновь сформированной бригады из бывших солдат сёгуната. Эти войска помогали поддерживать мир и порядок в период капитуляции замка Эдо, но теперь они испытывали раздражение при мысли о сдаче столицы сёгуната силам Сацума. Из своей базы, расположенной в храме Канэйдзи на горе Уэно, они дразнили императорские войска, а к началу апреля 1868 года начали атаковать императорские патрули. Кацу пытался их удержать, но безуспешно. Хотя эти факты вызывали у Сайго серьезное беспокойство, он не хотел усиливать конфронтацию. При таком большом количестве императорских войск на северо-востоке страны в Эдо силы императора находились в численном меньшинстве. На совещании командования 1/5 Сайго выступил против атаки до прибытия подкрепления, но командующий силами Тёсю, Омура Масудзиро, не согласился с ним. Императорское правительство собиралось сделать Эдо своей новой столицей, и поэтому силы сёгуната необходимо уничтожить. Сайго все еще испытывал сомнения, но когда «Сёгатай» возобновили свои атаки на силы Сацума, он сдался. Финальный штурм был назначен на 15/5. На заре этого дня императорские войска атаковали «Сёгатай». Силы Сацума бросились на штурм главных ворот Канэйдзи и встретили ожесточенное сопротивление. Части из Тёсю с большим запозданием атаковали тыльную часть территории храма, но уже после того, как силы Сацума понесли тяжелые потери. Однако, несмотря на плохую координацию и численное превосходство противника, к вечеру «Сёгатай» были разбиты. Столица сёгуната теперь стала императорской столицей. Через два месяца город был переименован в Токио, что означает «Восточная столица».