В 1583 году церковной комиссии были предоставлены новые полномочия, превратившие религиозное перемирие в церковный деспотизм. Из временного учреждения, представлявшего верховенство короля в церковных делах, комиссия превратилась теперь в постоянное и стала пользоваться почти безграничными полномочиями короны. Ведению ее подлежали все мнения и действия, противные законам о верховенстве и единообразии. Духовенство было подчинено ей правом смещения. Она имела право менять или исправлять уставы колледжей и школ. К ведению церковной комиссии относились не только ересь, раскол и уклонение от церкви, но также и кровосмешение и тяжелые случаи прелюбодеяния; способы ее исследования не были ограничены, и она могла по произволу налагать штрафы или заключать в тюрьмы. Одно установление такого судилища разрушало дело Реформации. Правда, большое число светских членов, казалось, представляло некоторое ручательство против крайностей церковного деспотизма; но в действительности из 44 членов комиссии немногие принимали какое либо участие в ее делах, и ее полномочия сосредоточивались в руках сменявших друг друга примасов.

Со времени Августина ни один Кентерберийский архиепископ не пользовался такой обширной и неограниченной властью, как Уитгифт, Бэнкрофт, Эббот или Лод. Самой ужасной чертой их церковной тирании был чисто личный ее характер. Старые ограничения власти исчезли, а создать новые для защиты духовенства юристы еще не успели. Вследствие этого на заседаниях комиссии в Ламбете примасы сами создавали обязательные нормы учения, не обращая никакого внимания на указания закона. В одном случае Паркер отнял у священника при ход за отрицание буквальной боговдохновенности Библии. Сменявшие друг друга архиепископы не особенно беспокоились, если нормы оказывались различными или противоречивыми.

Уитгифт в своих «Ламбетских статьях» старался навязать церкви учение Кальвина о первородном грехе. Следовавший за ним Бэнкрофт так же усердно навязывал антикальвинистское учение об установлении епископата Богом. Эббот не давал пощады арминианам, а Лод — их противникам. Неудивительно, что руководимая такими людьми церковная комиссия скоро возбудила ненависть к себе в английском духовенстве. Ее учреждение указывало на переход короны к более решительной политике. Усилия комиссии поддерживались строгими репрессивными мерами: всякие проповедь или чтение в частных домах были запрещены, и от всех членов духовенства требовалось подчинение «трем статьям», хотя парламент и отказался придать этому требованию силу закона.

В первое время эти меры увенчались успехом. Пресвитерианское движение было остановлено, сам Картрайт лишился профессуры, и под настойчивым давлением комиссии в богослужении устанавливалось все больше внешнего однообразия. Прежняя свобода, допускавшаяся в Лондоне и других протестантских областях королевства, перестала существовать. Раньше на уклонение пуританского духовенства смотрели сквозь пальцы; теперь его принудили надевать стихари, совершать крестное знамение при крещении. Представления поместного дворянства оказались столь же бесплодными, что и протест самого лорда Берли; двести лучших священников были лишены приходов за отказ от подписи «трех статей». Но преследование только придало новую силу и популярность тем учениям, которые стремились подавить, и связало два движения, сами по себе совершенно различные. До того пресвитерианская система церковного правления признавалась только духовными особами, да и то немногими. С другой стороны, желание пуритан преобразовать литургию, их недовольство «суеверными обрядами», ношением стихаря, совершением при крещении крестного знамения, надеванием кольца при венчании, принятием причастия на коленях разделялись большим числом как духовных особ, так и мирян.

В начале царствования Елизаветы против этих обрядов высказывались почти все прелаты, кроме Паркера, и предложение об их отмене было отклонено в конвокации только одним голосом. На отношение к этому вопросу поместного дворянства указывает настроение парламента; в то же время было хорошо известно, что разумнейшие из советников королевы, Берли, Уолсингем и Ноллис, стояли в этом случае заодно с джентри. Общее преследование если и не привело к полному слиянию этих двух рукавов религиозного движения, то, во всяком случае, обеспечило пресвитерианам общее сочувствие пуритан, а это из кучки церковников превратило их во всенародную партию. Результаты преследования не ограничивались усилием пресвитерианства. В это время от присутствия при общественном богослужении начали уклоняться «отщепенцы» на том основании, что само существование национальной церкви противоречит слову Божию, и скоро число их с нескольких отдельных ревнителей возросло до 20 тысяч. Пресвитериане и пуритане, как и Елизавета, питали отвращение к «браунистам», прозванным по имени основателя их учения Роберта Брауна.

Несмотря на свое пуританство, в 1593 году парламент издал против них закон. Сам Браун был вынужден бежать в Нидерланды, а многие из его последователей подверглись изгнанию. Одну из этих общин ожидало такое великое будущее, что мы должны бросить взгляд на «бедный народ» в Линкольншире и по соседству: «Просвещенные словом Божьим и принуждаемые к подчинению», они должны были «искать себе другого места». Они отвергали обряды как остатки идолослужения, епископальный строй — как несогласный со Священным Писанием и, «как свободный народ Господа», составили «церковь, основанную на Евангелии». Они стремились к великому началу свободы совести и доказывали, что как христиане они имеют право «идти по всем путям, которые им указал или укажет Господь». Их собрания («Conventicles») скоро навлекли на себя преследования властей, и маленькая община решилась искать себе убежища в других странах.

Первая их попытка бежать была расстроена, а когда они повторили ее, их жены и дети были захвачены в самую минуту вступления на корабль. Наконец власти пренебрежительно дали согласие на их план, «довольные тем, что избавляются от них какой бы то ни было ценой». Беглецы нашли себе приют в Амстердаме; затем некоторые из них избрали себе в священники Джона Робинсона и в 1609 году удалились в Лейден. «Они считали себя на земле странниками, не особенно беспокоились о земном, а обращали свои взоры к небу как к дорогой родине и сохраняли спокойствие духа». Среди этой небольшой кучки изгнанников были люди, которым суждено было впоследствии прославиться в качестве «отцов-пилигримов» «Майского цветка».

Избавиться от браунистов было легко; но появление духа энергичного сопротивления, неслыханного еще при Тюдорах, указало на опасность политики, усвоенной короной. Рост силы общественного мнения блестяще сказался в борьбе, известной под именем «спора Мартина Марпрелэта». В своих памфлетах пуритане с самого начала апеллировали от короны к народу, а усилия Уитгифта обуздать печать служили доказательством их влияния на страну. Постановления «Звездной палаты» по этому поводу (1585 г.) замечательны как первый шаг правительства в долгой борьбе со свободой печати. Теперь была окончательно организована давно существовавшая беспорядочно цензура. Печатание допускалось только в Лондоне и при двух университетах, число печатников ограничивалось, лица, просившие разрешения печатать, ставились под надзор общества книгопродавцев. Притом всякое издание, крупное или мелкое, должно было получить одобрение примаса или епископа Лондонского.

Первым следствием этой ограничительной системы было появление в самый