Несмотря на то что Марианские острова были открыты ещё Магелланом в 1521 году, испанские галеоны заходили сюда лишь эпизодически. Гибель нескольких кораблей заставила власти задуматься об организации здесь постоянной промежуточной стоянки для пополнения запасов провизии и питьевой воды. С конца XVII столетия все галеоны задерживались здесь примерно на 1—2 дня.

В последующие годы погибло около сорока галеонов. Четыре раза английским пиратам и каперам удавалось захватить манильский галеон в 1587, 1709, 1743 и 1762 годах.

Руководил флотом, который пересекал океан, генерал-капитан, назначаемый самим королём. Как правило, это был очень знатный человек, приближенный к королевской семье. Ему подчинялся второй флагман в звании адмирала и все офицеры флота.

Команда каждого судна была разделена в соответствии с корабельной иерархией. Вся власть на корабле принадлежала офицерам: капитану, его помощникам, штурману (он же лоцман) и боцману. В ранге офицеров на судне также находились старший плотник, старший рулевой, старший цирюльник, священник и доктор. В случае, если на борту находился военный отряд для охраны, к ним присоединялся ещё и руководивший им офицер. Все они были испанцами, за исключением лоцмана, зачастую португальца или итальянца.

Отдельную группу на судне составляли мастера: кузнец, скульптор, занимавшийся резьбой по дереву, маляр, мастер по насосам, бондарь, баталер, парусный мастер, плотники, такелажники и мастер по блокам. На крупных галеонах за приготовление пищи отвечал шеф-повар и несколько коков, а также личный повар адмирала или капитана, и «засольщик», в введении которого находилась солонина и сухари — основная пища моряков.

Низшую ступень в иерархии экипажа занимали палубные матросы. Среди них испанцы составляли не более 20%, остальные были выходцами из других европейских стран. На борту судна могли быть представители сразу всех национальностей, поэтому драки не считались редкостью. Матрос тех времён, вне зависимости от того, каким образом он попал на борт судна, добровольно или был принудительно законтрактован, был личностью непрезентабельной. Он не имел форменной одежды, поэтому одевался в то, что считал удобным. Ужасный внешний облик, как правило, дополняла и неблаговидная биография. Нередко матросы были самыми ужасными преступниками. Достаточно вспомнить, что на борту корабля Христофора Колумба было два преступника-рецидивиста — англичанин и голландец. Чаще всего у таких людей было два выбора — море или виселица, и первое они выбирали чаще.

Поскольку на лояльность команды полагаться было невозможно, а в Карибском море и у берегов Европы хозяйничали пираты, капитаны галеонов для охраны ценного груза брали на борт отряд солдат. Эта мера должна была обеспечивать безопасность судна в течение всего плавания. Но, как показывала морская практика, даже самый сильный отряд на борту галеона был беспомощен против пиратских нападений, особенно учитывая, что матросы не проявляли энтузиазма при защите своего судна, зная о возможных последствиях. Более того, при необходимости матросы с галеонов пополняли пиратские экипажи, с лёгкостью меняя жизнь в подчинении на пиратскую вольницу.

С того момента, как человек поднимался на борт галеона, начинались его испытание на прочность, смелость и выносливость.

Жизнь на борту была чрезвычайно тяжёлой. Больше сотни людей, на ограниченном пространстве в 40 метров длиной и 12—14 метров шириной, толпились и мешали команде при работе на палубе. Только в случае непогоды пассажиры перебирались вниз. Случалось, что пассажирам в течение всего рейса не удавалось подняться наверх, и они оставались в зловонии корабельного трюма без нормального освещения и воздуха.

Плавание продолжалось несколько месяцев. Те, кто уже имел опыт пересечения океана, знали, что продовольствие и питьевая вода — это самая большая ценность на хрупком судне среди океана. Никаких продовольственных припасов для нелегальных пассажиров не предусматривалось, поэтому очень скоро из-за этого вспыхивали ссоры, которые могли перерасти в мятеж. Любой матрос или пассажир чётко знал, что главное — зорко следить за своими вещами и припасами, поскольку кралей и азартные игры были излюбленным занятием на борту судна во время перехода. Самой же большой напастью были различные паразиты — клопы, вши, черви, тараканы, долгоносики и крысы.

Жизнь под палубой требовала и от матросов и от пассажиров большого терпения. Любой деревянный корабль пропускал воду, особенно в период непогоды. Команде каждый день приходилось откачивать её, и, тем не менее, в глубине трюма она продолжала скапливаться, что приводило и к гниению, и к отвратительному зловонию. Не меньший смрад источали разогревавшиеся на солнце пропитанные смолой и дёгтем палубы и борта корабля.

Немало хлопот доставляли и крысы, которые были постоянными «пассажирами» любого судна тех лет. Эти создания, идеально приспособившиеся к жизни в трюмах, поглощали запасы провизии и воды, служили возбудителями болезней. Даже массовые облавы на крыс не позволяли полностью избавиться от этой напасти.

Более или менее сносное существование могли себе позволить лишь привилегированные слои общества, располагавшиеся на корме судна. Именно здесь располагались каюты капитана и офицеров судна, а также наиболее именитых пассажиров из числа аристократии и священнослужителей. Остальная часть команды, менее значимые пассажиры и солдаты вынуждены были довольствоваться помещениями на носу судна или просто в трюме и на палубе.

Вне зависимости от того, где располагались люди на корме или на носу судна, их одинаково преследовали всевозможные испытания: болезни, грязь, полная антисанитария, невозможность уединиться. Для всех пассажиров был единственный гальюн (на одно очко), вынесенный на передний край судна.

Пассажиры, солдаты и моряки спали на палубе вперемешку, прямо на досках, ничем не защищенные от непогоды. В большинстве случаев люди не переодевались и не мылись в течение всего плавания, что не могло не сказаться на их внешнем облике.

Обычный день во время океанского перехода начинался с коллективной молитвы, где все места были расписаны в соответствии с положением человека в обществе. Дальнейшее времяпрепровождение зависело от материального положения человека. Самым обычным развлечением, несмотря на всю его греховность, были кости и петушиные бои. При этом зрители бились об заклад и делали самые невероятные ставки.

Большой проблемой для капитана судна были женщины на борту. По правилам, их требовалось изолировать от команды и пассажиров, но долгое путешествие приводило к тому, что главными нарушителями этого правила были сами офицеры судна, которые устраивали настоящие оргии. Нередко они заканчивались трагедиями.

Но опасение умереть на дуэли было не самым страшным. В условиях тропической жары запасы провианта, принимавшегося на борт, очень быстро портились, вода протухала в деревянных бочках. Абсолютная антисанитария, отсутствие свежих продуктов и скученность людей усугубляли дело. Это немедленно вызывало различные болезни, начиная от цинги и дизентерии и заканчивая оспой и чумой. Неудивительно, что из эскадры испанского адмирала Пизарро, отправившейся в Америку в 1740 году в составе пяти линейных кораблей, назад вернулось только одно судно с командой в 100 человек; 2500 моряков стали жертвами болезней, голода и кораблекрушений.