Сотни людей погибли в бурных водах залива. По крайней мере, половина из трёх сотен человек, находившихся на борту погибших судов, смогли выбраться на берег. Приблизительно 30 человек, включая монаха, который оставил свои записи об этом путешествии, смогли добраться до испанского поселения в Тампе, остальные были убиты индейцами.

О том, сколько ценностей оказалось на дне у острова Падре, можно судить хотя бы по тому факту, что общая стоимость грузов, перевозившихся этими кораблями, составляла более двух миллионов серебряных песо, что составляет более чем 9,8 миллиона долларов (по состоянию на 1975 год).

Столь масштабные потери не могли не вызвать желания поднять хотя бы часть затонувшего груза, и уже в июле того же года на месте крушения оказалась испанская спасательная экспедиция. Именно испанцы первые приблизительно определили место крушения в районе 26° 30´ с.ш., хотя фактически место крушения находится на 26° 45´ с.ш.

Ныряльщики-рабы смоги поднять приблизительно 35 801 фунт серебра, оказавшегося на дне. Оставшиеся сокровища продолжали будоражить умы кладоискателей вплоть до второй половины XX века.

В 40-е годы XX века при расширении порта Мэнсфилд со дна моря были подняты первые обломки неизвестного судна. Предположительно это была «Санта Мария де Икиар». Землечерпалки подняли со дна целые груды серебряных монет XVI века. Однако в те времена это мало заинтересовало кладоискателей.

Очередной виток интереса к пропавшему флоту произошёл в 1967 году, когда компания «Платоро Лимитед» объявила, что нашла остатки «Эспириту Санто» в трёх милях от порта Мэнсфилда. Власти штата Техас наложили запрет на исследование затонувшего судна и подъём ценностей. Права на любые исследования «Эспириту Санто» были переданы в Техасскую археологическую научно-исследовательскую лабораторию.

Среди поднятых с места крушения «Эспириту Санто» предметов были совершенно уникальные вещи, которые не имели аналогов на антикварном рынке. Среди них было маленькое золотое распятие, золотой слиток, несколько серебряных дисков, бронзовые орудия, арбалеты и три астролябии. Последние считаются самыми ценными среди поднятых предметов, поскольку использовались в навигации ещё в XVI веке и чрезвычайно редки сегодня.

В 1972—1973 годах Комитет старины штата Техас провел исследования места крушения, уточнив местонахождение «Сан Эстебана» в пяти милях от Мэнсфилда.

При подготовке к исследованиям учёными было изучено более тысячи страниц подлинных документов из испанских архивов. Изучение «Сан Эстебана» стало настоящей полевой археологической лабораторией. Помимо подводных исследований были проведены раскопки на берегу, чтобы обнаружить лагерь выживших после катастрофы и спасательной экспедиции.

В течение сезона 1973 года были проведены основные подводные изыскания. На поверхность было поднято более чем 12 тысяч кг различных бытовых предметов. Самой массивной и ценной находкой стала часть кормы с килем. Они позволили оценить размеры судна и более тщательно его идентифицировать. В соответствии с полученными данными оно имело длину примерно 21—30 м и водоизмещение в 170—286 тонн. Так же был поднят якорь судна, оружие, инструменты, различные металлические изделия, серебряная монета и слиток. Среди интересных и ценных находок оказалось зеркало, сделанное из полированного пирита, и лезвия из обсидиана.

Таким образом, были обнаружены все три судна, входившие в злополучный Серебряный флот 1554 года.

Однако история на этом не заканчивается, поскольку большая часть серебра и по сей день находится на дне моря.

Безопасное использование тихоокеанских прибрежных маршрутов имело большое значение для Испании. Огромные богатства, добывавшиеся на копях в Перу, отправлялись затем в порты Арики и Кальяо. Оттуда сокровища перевозились морским путём в Панаму, через которую эти ценности и попадали в Карибское море. В дальнейшем хорошо вооружённый Флот Материка должен был доставлять их в Гавану и далее в Кадис.

В отличие от Карибского моря, где галеоны были хорошо вооружены и следовали крупными караванами для защиты от пиратов, испанские корабли в Тихом океане были практически беззащитны и потому не раз становились жертвами морских разбойников.

Не меньшую опасность представляли и подводные рифы и мели на побережье Чили, Перу, Эквадора и Колумбии. Одной из таких жертв стал галеон «Санта Мария де лос Ремедиос». Он отплыл в 1590 году из Кальяо в сторону Панамы в качестве капитаны эскадры из 4-х кораблей. На борту этих кораблей располагался один из самых ценных грузов, когда-либо перевозившихся из Нового Света

В грузовом манифесте значилось 12 тонн золота и 174 тонны серебра, 176 сундуков серебряной посуды и 7 сундуков золотой церковной посуды, 313 «коробок подарков», содержание которых остаётся тайной. В качестве пассажиров на борту располагались 46 торговцев, которые, по предположениям, везли не менее миллиона дукатов, поскольку направлялись на ежегодную ярмарку и планировали сделать большие закупки. Учитывая контрабанду, которая составляла до 50% от официальной части груза, можно с уверенностью сказать, что это судно несло груз стоимостью около 1 миллиарда долларов в современном эквиваленте.

Согласно архивным данным, армада покинула Перу в середине апреля и в начале мая остановилась в порту в заливе Манта, чтобы пополнить свои запасы и переждать вероятную опасность со стороны пиратов, появление которых испанцы опасались гораздо больше, чем штормов. Капитана, как наиболее ценный корабль, стояла ближе всего к берегу, что самым роковым образом сказалось на её судьбе.

4 мая сильнейший шторм пронёсся над заливом. Три корабля сопровождения успели сняться с якоря и выйти в море, чтобы продолжить свой путь, и ожидали только появления «Санта Марии». Однако, оказавшись в самой глубине бухты, галеон был отрезан от остальной эскадры. Испанцы не успели сняться с якоря, а сильнейший встречный ветер и штормовые волны сделали это совершенно невозможным. Единственным выходом было остаться в бухте и постараться удержаться на якорях.

Якорные канаты не смогли удержать тяжелогружёный галеон. Сорвавшись с якорей, «Санта Мария» напоролась на скалы у самого берега. На палубе началась паника. Моряки и пассажиры начали прыгать в самую большую из шлюпок и вскоре настолько перегрузили её, что она пошла на дно. Две другие шлюпки, спущенные на воду, были немедленно перевёрнуты волнами. В результате только 23 человека смогли спасти свои жизни и выбраться на берег.

Остальные корабли эскадры, не подозревая о катастрофе, отплыли далее в сторону Панамы, полагая, что капитана догонит их в пути. Только через три месяца после прибытия в порт власти узнали о трагической судьбе флагмана. Они немедленно попытались организовать спасательную операцию, однако сильные ветры и течения не позволили достичь залива Манта до сентября. За это время «Санта Мария» была окончательно разбита волнами. Индейцы-ныряльщики смогли извлечь не более 1% от затонувших сокровищ.

Спустя три года король послал другую экспедицию, поскольку груз галеона был слишком ценным, чтобы о нём можно было просто забыть, но она обнаружила ещё меньше, поскольку к тому времени пески окончательно занесли остатки судна на дне.