Вскоре после мятежа на Красной Горке 1919 года шесть матросов с линкора «Андрей Первозванный», призывавшие команду присоединиться к мятежникам Красной Горки, по приказу наркомвоенмора Л. Д. Троцкого были расстреляны с формулировкой «за призыв к дезертирству». Этот вердикт пытался предотвратить тогдашний начальник политотдела Балтийского флота В. М. Орлов (будущий начальник Морских сил РККА в 1931–1937 годах), но он прибыл в Кронштадт уже после приведения приговора в исполнение. В. М. Орлов, якобы «едва сдерживая ярость, заявил председателю трибунала, что ему следует работать не в трибунале, а на скотобойне…».

Мятеж в кронштадтских фортах, который имел изначально все шансы на успех, потерпел полную неудачу. Почему? Прежде всего, восстание не было всеобщим. Восставшие в фортах были изолированы от других фортов. Они не смогли ни согласовать своих действий, ни наладить связь с англичанами. В то же время красное командование правильно оценило опасность, которая угрожала в случае захвата фортов противником, после чего предприняло масштабные и, самое главное, энергичные меры для ликвидации восстания. Уже в день начала восстания отряд кораблей Балтийского флота вышел в море для его подавления, а на следующий день были сформированы сухопутные отряды из краснофлотцев для штурма форта. Следует отметить и личную активность и инициативу И. В. Сталина, взявшего дело подавления мятежа в свои руки и блестяще с ним справившегося.

Что касается англичан, то они стремились уничтожить русские корабли, не делая большой разницы, на чью сторону они встанут: красных или белых. Вопреки ожиданиям мятежников белые тоже не оказали помощь форту. Белое командование проявило явное нежелание иметь своими союзниками революционных матросов. Офицеры еще очень хорошо помнили их кровавые самосуды, происходившие в феврале – марте 1917 года, и не слишком верили в реальность контрреволюционного восстания. Ну, а кроме всего этого, решающее слово сказали матросы мятежных фортов. По-настоящему драться со своими сотоварищами-краснофлотцами они не желали. Поэтому в лучшем случае (как на Красной Горке) они отказались вести огонь по Кронштадту, а затем покинули форт, оставив все в целости и исправности. А в худшем (на Обручеве) вообще посадили под арест заговорщиков, а сами митинговали, пока не капитулировали.

Только после подавления мятежей в фортах командование Петроградского оборонительного района наконец-то обратило на форты серьезное внимание. Гарнизоны фортов были усилены коммунистическим элементом. Поэтому в скором времени все три мятежных форта превратились в настоящие опорные пункты обороны побережья Финского залива, что сыграло свою роль при отражении осеннего наступления Северо-Западной армии на Петроград.

В целом мятеж трех фортов еще раз наглядно продемонстрировал весьма неоднозначное отношение матросской массы к большевикам. Матросы реально участвовали во всех трех мятежах, хотя и с разной активностью. Неожиданно антисоветски проявил себя и линкор «Андрей Первозванный», команда которого была на грани мятежа, а командир носовой башни главного калибра А. С. Соболев (старший брат впоследствии известного писателя-мариниста Леонида Соболева), не желая вести огонь по своим, застрелился прямо на боевом посту.

После мятежа чекисты сразу начали искать масштабный заговор в Кронштадте и «нашли» небольшую группу заговорщиков, в основном военспецов-артиллеристов, причём принимавших участие по эффективному руководству стрельбой по мятежному форту. Особенно настойчиво главой заговора чекисты стремились сделать начальника Кронштадтской артиллерии А. Будкевича. Но факты выводили их на писаря мобилизационной части, бывшего анархиствующего матроса-клешника с линкора «Андрей Первозванный» В. Я. Кулеша. Будучи вынужденными признать это и с трудом обозначив его крайне зыбкие связи с белыми, они в итоге сошлись, что это малозначащая фигура, что заговор имел характер «сороконожки» со множеством очагов. С тем, что сама по себе личность В. Я. Кулеша была малозначащей, согласиться можно, поскольку заговорщики вообще не играли решающей роли. Но в целом вывод о множестве очагов заговора привёл к широкой волне репрессий. При этом надо иметь в виду, что питательной средой репрессивных действий чекистов были настроения среди «революционно-зелёных» обывателей в Кронштадте и других местах, которые до мятежа из-за трудностей Гражданской войны склонны были винить большевистские власти в «предательстве революции», но, не осознавая, что на основе подобных настроений в значительной степени и вырос мятеж, теперь склонны были объяснять его исключительно «предательством» бывшего офицерства, заявляя, что «оно всё таково по своей сущности».

Непосредственно после мятежа Красной Горки 20 июня ВЦИК принял декрет, предоставлявший вновь ВЧК и ее местным органам широкие полномочия и «право непосредственной расправы (вплоть до расстрела)» в местностях, объявленных на военном положении. Результат деятельности чекистов в Кронштадте на середину июля обывателю (в лице Г. А. Князева) представлялся следующим образом: «Все произошедшее там после Красной Горки превзошло всё, что было до сих пор самое страшное. Там расстреляно и растерзано до 500 человек… В Москве и Петрограде массовые расстрелы». На самом деле историкам известна цифра 90 – расстрелянных по делу о мятеже на Красной Горке. Из Петрограда по результатам обысков было арестовано и выслано в глубь страны около 1000 человек. Но и эти цифры, и преувеличенные слухи о них сильным образом влияли на кровопролитие в Гражданской войне. В дальнейшем раскрывались и другие подпольные белогвардейские организации, которым удобно «привешивалась» и Красная Горка с военными моряками.

В июле произошло новое наступление белых на Петроград. В связи с ним имели место и новые волнения в частях Красной армии. На флоте они были заметны в форту Красноармейский (бывший форт Обручев). Под влиянием «призрака» Красной Горки прибывший туда 13 июля отряд во главе с кронштадтским комиссаром Н. М. Разиным расстрелял в форту каждого пятого (всего 55 человек), предложив остальным… записываться в партию большевиков (что, разумеется, многие тут же и сделали). Подобная непримиримость была следствием переживаемого в этот период пика Гражданской войны и соответствующего ему белого террора. Мятежники Красной Горки захватили и расстреляли около 300 коммунистов и чекистов. К тому же 18 июня английским торпедным катером безнаказанно был потоплен крейсер «Олег». Из его спасшейся в основном команды (погибло менее 10 человек) был организован отряд мстителей. При втором наступлении войск Н. Н. Юденича ночью 21 октября погибло сразу три эсминца. Причем спаслось всего несколько десятков человек. Однако реакция матросов на эту трагедию была в виде усиления ненависти к белым, а не в стремлении выявить внутренних врагов, хотя просчёты красного командования на флоте были налицо. Матросы тонули с возгласами: «Да здравствует революция!» На высокий моральный дух матросов влиял и достигнутый накануне перелом в отражении второго наступления Н. Н. Юденича, и осмысление опыта мятежа Красной Горки, показавшего, что антибольшевистские выступления в период обострения Гражданской войны прямо играют на руку белым, не оставляют «третьего пути» в революции.

Опыт Красной Горки учитывали и белые, но с крайне отрицательными для себя результатами. Н. Н. Юденич на этот раз уделил внимание настроениям матросов и обратился к ним с воззванием: «Матросы! Час падения Петрограда настал. Наши войска стоят на ближайших подступах к городу. Расплата за ваши кровавые подвиги, ужаснувшие весь мир, близится. Вы можете спасти свою жизнь только лишь переходом на нашу сторону…» Но ведущими мотивами у матросов в период Красной Горки и прежних «кровавых подвигов» были не низменные интересы, а высокие идеалы революции. Поэтому трудно было найти какие-либо другие слова, которые могли вызвать большую озлобленность матросов и решимость их выступить против белых, хотя бы уже из чувства раскаяния за прежние слабости.