Едва надобность в моряках исчезла, как 22 декабря 1920 года Л. Д. Троцкий издал приказ о сокращении беспокойной флотилии до канонерской лодки, пять сторожевых судов и пять катеров. Одновременно началась и массовая демобилизация матросов. Это сразу накалило обстановку, так как привыкшие к разгульной жизни военморы не горели желанием возвращаться в свои голодные деревни. Кроме этого, матросы, как и большинство населения России, были недовольны чрезвычайными мерами «военного коммунизма». Именно тогда в Гомеле и была создана тайная матросская организация. Среди матросов Днепровской флотилии, как и среди многих красноармейцев, в те дни были широко распространены ожидания того, что после окончания Гражданской войны, когда минует угроза реставрации, правящая партия коммунистов-большевиков немедленно пойдет на отмену продразверстки, восстановление свободы выборов и полновластия Советов, легализацию социалистических партий и организаций и т. д. Пока же шла борьба с силами социальной реакции, необходимо было сохранять во что бы то ни стало единый революционный фронт. По мере того как Гражданская война близилась к победному завершению, брожение в Красной армии и в особенности среди всегда более радикально настроенных революционных матросов по поводу перегибов коммунистической власти усиливалось. 8 декабря 1920 года, выступая на заседании Гомельского губкома РКП(б), его секретарь сообщил об усилившейся в губернии агитации критиков большевизма «слева». Один из участников заседания, Романовский, возмущался, упрекая губчека в том, что губком сообщает раньше ЧК о нахождении анархистов среди матросов-днепровцев.

Вскоре и чекистам стало известно о матросском заговоре и о том, что мятеж намечен на самое ближайшее время. Из Киева в Гомель на гоночном автомобиле срочно выехал начальник Особого отдела флотилии Г. Хоменок и член Особого отдела и Следственной комиссии Т. Стасюк с группой чекистов контрразведчики. Чтобы избежать нападения банд, которыми кишели окрестные леса, автомобиль мчался на максимальной скорости.

Сразу же по приезде чекистов ночью в Гомеле начались молниеносные аресты матросов Днепровской флотилии и «видных лиц местного гарнизона». В последующих отчетах гомельских чекистов подпольная организация матросов-днепровцев и красноармейцев Гомельского гарнизона получила название «Черная маска». Панику чекистов понять было можно, так как именно в это время начался куда более масштабный и страшный для советской власти мятеж балтийских матросов в Кронштадте. Матросов хватали спящими, по спискам, и отправляли в местную тюрьму. К утру все участники заговора были арестованы. В конце марта – начале апреля 1921 года Днепровская военная флотилия была окончательно расформирована. Судьба мятежников Днепровской флотилии неизвестна. Вряд ли с ними поступили столь же лояльно, как поступали прежде. В 1921 году времена изменились. Не осталось без внимания чекистов, что матросы Днепровской флотилии были связаны с матросами мятежного Кронштадта. Все они были хорошо знакомы между собой, да и политические мотивы были весьма схожи. Поэтому в целом чекисты воспринимать мятежных днепровцев должны были так же, как и кронштадтцев. С той лишь разницей, что в Гомеле обошлось без жертв и мятеж был ликвидирован еще в стадии подготовки. Да и масштаб был несоизмерим. Поэтому вполне возможно, что в данном случае обошлось без массовых расстрелов. Возможно, что несколько зачинщиков были расстреляны. Остальные же получили какие-то тюремные сроки или вообще были демобилизованы.

О трагедии Морской дивизии в военно-исторической литературе говорится немного. Долгие годы эта тема вообще находилась под негласным табу, и не зря… К лету 1920 года положение с матросской вольницей уже стало вызывающе нетерпимым. И в хозяйственной сфере, и в военной к этому времени партизанщина уже уходила в прошлое. И только матросы, как и прежде, оставались неуправляемыми и своевольными, но и в определенной мере оппозиционными советской власти. С этим положением дел надо было кончать и чем скорее, тем лучше. Тогда-то, видимо, и созрел в голове Л. Д. Троцкого план кардинального решения этого вопроса.

Официально формируемая матросская дивизия предназначалась для обороны побережья Азовского моря от возможных десантов Врангеля и ответных тактических десантов. Но существовал еще и секретный план. Согласно этому плану, требовалось собрать со всей страны основную массу анархиствующих матросов, а затем бросить их скопом на белогвардейские пулеметы. Таким образом решались бы сразу две задачи. Во-первых, была бы уничтожена наиболее активная часть анархиствующей братвы, а, во-вторых, у оставшихся в живых это вызвало бы еще большую ненависть к белогвардейцам. Таким образом, Троцкий с присущим ему цинизмом и хитростью хотел уничтожить «альбатросов революции» руками врага. Вопрос был только в том, где и под чьими знаменами собрать со всей России воинствующую братву.

Выбор Л. Д. Троцкого пал на 1-ю Морскую экспедиционную дивизию (официально дивизия именовалась 1-я Морская экспедиционная стрелковая дивизия), которая только что вернулась в Мариуполь с Кубани, где она в августе участвовала в ликвидации улагаевского десанта.

Продолжая начатое 14 сентября наступление вдоль северного побережья Азовского моря, врангелевцы приближались к главной базе Азовской флотилии – Мариуполю. Для обороны базы на фронт была направлена Морская экспедиционная дивизия, а в период с 21 по 25 сентября из Ейска в район боевых действий на судах Азовской флотилии перебрасывается 2-я Донская дивизия в составе 8800 человек, 1123 лошадей, 16 орудий и 166 повозок. Однако отстоять Мариуполь не удалось, 28 сентября он был захвачен белыми. Азовская флотилия перебазировалась в Таганрог и Ростов-на-Дону.

На другой день после сдачи Мариуполя коморси А. В. Немитц, считая, что оставление главной базы равносильно потере флота, обязал А. М. Домбровского разоружить Азовскую флотилию и эвакуировать ее боевые средства и технические запасы в Царицын. Однако после переговоров с командующим Южным фронтом М. В. Фрунзе он дал указание, в случае стабилизации фронта на таганрогском направлении, приостановить ранее данную им директиву и использовать корабли для поддержки войск Кавказского фронта против Мариупольской группировки врангелевцев.

Телеграмма от А. В. Немитца от 23 августа 1920 года: «Сложившаяся обстановка на Южном фронте требует немедленного сформирования второй морской экспедиционной дивизии и доведения начатой формированием первой до 5 тыс. штыков. Начморэксдивом 2-й назначен Кожанов. Которому всем учреждениям моркома надлежит оказывать самое широкое содействие при выполнении им данного ему поручения; для выполнения изложенного предписываю немедленно ликвидировать в недельный срок речной отряд Северо-Двинской флотилии, сократив все береговые учреждения до минимума, в общей сложности должно быть доведено (до) 1500 человек, которые должны быть сведены в один полк в 1000 штыков, 200 сабель, 4 полевые пушки. По сформировании его, полк в полном составе срочными оперативными эшелонами направить в Таганрог в распоряжение начдива т. Кожанова. Для той же цели Балтфлот согласно ранее отданного приказания Главкома выделяет 2 тыс. человек за счет сокращения до крайних пределов береговых частей и учреждений в Петрограде, отнюдь не трогая действующий отряд. Выделяемые батальоны, 2 тыс. человек, должны быть сведены в два полка в Петрограде и отправлены по окончании сформирования таким же порядком в Таганрог. Спросите разрешения Главкома расформировать Западно-Двинскую флотилию. По получении разрешения немедленно предпишите комфлоту Тырышкину погрузить все годные для плавания (в) Азовском море плавучие средства на платформы, весь наличный состав флотилии должен сформировать полк и во главе с комфлота отдельным эшелоном прибыть в Таганрог. Днепровскую флотилию доведите до состава трех канлодок, сократив все береговые учреждения до возможного предела, освободившийся личный состав, не менее 1500 человек, с полным снабжением, отдельными эшелонами отправьте (в) Мариуполь в распоряжение начдива Смирнова. Из числа имеющихся в Каспфлотилии пайков, до 6 тыс., все остальные, но не менее 5 тыс. человек должны быть выделены в распоряжение начдива Кожанова для сформирования на месте первой бригады его дивизии. Добейтесь подтверждения Главкомом приказа РВСР об извлечении всех военморов из тыловых учреждений и Кавфронта; они все должны поступить в распоряжение Кожанова. Из Москвы, Нижнего должны быть отправлены все военморы, кроме количества, необходимого для несения караульной службы. Уничтожение Западно-Двинской флотилии и дальнейшее уменьшение Днепровской в докладе Главкому мотивируйте необходимостью дальнейшего развертывания Азфлотилии и укомплектования батарей на побережье Черного и Азовского морей. Вместе с тем ходатайствуйте (насчет) приказания Главкома ЦУСу об отпуске всего необходимого снаряжения и снабжения отдельных частей дивизии Кожанова. Необходимо предписание центра волжскому окрвоенкому оказать содействие при укомплектовании дивизии конским составом, формирование дивизии Кожанова произвести: первой бригады в Баку, второй – в Астрахани, третьей – в Таганроге. Заданный срок формирования – три недели. Кожанов с соответствующими полномочиями командируется мною в Баку, Астрахань и Поволжье. Коморси Республики Немитц. Комиссар Гайлис».