Стрельба из танков окончательно сломила обороняющихся. По некоторым данным, защитники Белого дома попытались послать наружу человека с белым флагом, но он почти сразу погиб. Тогда парламентаристы связались с внешним миром по радио и сумели договориться о выводе из здания сначала журналистов, женщин и детей. Эвакуация проходила в нервной обстановке, началась спонтанная перестрелка из стрелкового оружия, но в итоге вскоре после полудня около двухсот человек покинули Белый дом под прикрытием подошедших к зданию бронетранспортеров. В здание начали проникать, но еще не заняли его целиком, солдаты.

Около трех часов дня к Белому дому подошли офицеры группы «Альфа». Альфовцы остались лояльны правительству, но антитеррористический спецназ пользовался всеобщим авторитетом, так что его офицеры оказались самыми подходящими переговорщиками. Но переговорам предшествовал трагический инцидент, оставшийся очередным грязным секретом событий октября 1993 года. Неизвестный стрелок убил младшего лейтенанта группы «А» Геннадия Сергеева. Сергеев той осенью находился в отпуске, но с началом противостояния сам вернулся в подразделение. Кто стрелял, так и осталось неизвестным, но сослуживцы погибшего, в частности командир группы Геннадий Зайцев, были абсолютно уверены, что огонь велся не со стороны Белого дома. Возможно, свою роль сыграла необычная униформа и экипировка офицеров спецподразделения, возможно, что кто-то стремился спровоцировать альфовцев на неадекватную реакцию. Однако, несмотря на весь накал эмоций, альфовцы продолжили делать то, для чего пришли. Они вышли к зданию, назвались и попросили кого-нибудь выйти из Белого дома для переговоров.

В этот момент вновь вспыхивает стрельба со стороны правительственных войск. Геннадий Зайцев, командир «Альфы», выходит в радиоэфир и громовым голосом объявляет, что если кто-нибудь продолжит стрелять, он использует силы, имеющиеся в его распоряжении. Это подействовало: выяснять на личном опыте, насколько хорошо стреляют спецназовцы, никто не захотел.

Подполковник группы «А» Владимир Келехсаев выступил перед депутатами и обрисовал ситуацию. Перед «Альфой» поставлена задача занять Белый дом, и отдельно велено вести огонь на поражение. Расстреливать безоружных офицеры не намерены, но приказ будет выполнен в любом случае, вне зависимости от участия «Альфы» в штурме. Поэтому единственный выход для защитников Белого дома — это капитуляция.

Альфовцы гарантировали капитулирующим жизнь и вывод за пределы опасной зоны. Подполковнику задали вопрос о гарантиях. Ответ «слово офицера» встретили истерическим смехом. Депутатов тут извиняет разве что общая нервозная обстановка. Келехсаев честно сообщил им, что альфовцы передадут сдавшихся властям в целости и сохранности, но их дальнейшую судьбу может определить только суд. Еще около двадцати минут офицеры разговаривали с Руцким тет-а-тет, и в конце концов около четырех часов пополудни дело решилось. Белый дом сдался. Альфовцы удалились.

Мучения на этом не кончились: Грачев для острастки уже после принятого решения о капитуляции распорядился сделать несколько выстрелов из танков. К счастью, на сей раз стрельба продолжалась недолго. В 16:50 «Альфа» вернулась с колонной автобусов. Начался вывоз людей. Особняком от всех держались баркашовцы: только часть членов РНЕ организованно покинула Белый дом. Эти люди быстро побросали оружие, сорвали с себя шевроны и смешались с основной массой защитников Белого дома. Другая группа еще раньше выбралась наружу через подземные коммуникации.

«Альфа» оказалась едва ли не единственной организованной силой, последовательно и успешно уменьшавшей масштаб кровопролития 3–4 октября. Офицеры спецназа оказались мудрее и выдержаннее, чем абсолютное большинство политиков. Даже дикая и нелепая гибель товарища не заставила офицеров контртеррористического подразделения дать волю эмоциям и начать стрельбу. Вероятнее всего, если бы не выдержка группы «А», жертв в тот день могло быть намного больше. По итогам противостояния погибшему альфовцу Геннадию Сергееву было присвоено звание Героя России. Живых награждать не стали.

Гораздо менее корректно, чем офицеры спецназа, вели себя части МВД. Люди, сдавшиеся им, оказались серьезно избиты. Один из задержанных вспоминал:

Зачистка внутри здания шла до позднего вечера, причем по мере того, как сгущались сумерки, в окрестностях Белого дома и в самом здании стали появляться мародеры. Преступников интересовали любые ценности, особенно оружие и боеприпасы. 5–6 октября милиция задержала около двухсот бандитов, поправивших свои дела на трагедии.

Перестрелки, однако, продолжались всю ночь. В больницы с огнестрельными ранениями обратились 107 пострадавших. По городу, кроме военных и остатков парламентаристов, бродили и простые уголовники, в том числе имевшие при себе автоматическое оружие. Усугубляла ситуацию обычная проблема: водка. Некоторые стражи порядка и военные после окончания основных боев перепились и теперь палили со страху в ответ на любое шевеление. Повсюду искали «снайперов», периодически возникали перестрелки между своими. Но, как бы то ни было, в несколько дней бои завершились. Маленькая гражданская война в Москве закончилась.

12 декабря 1993 года прошли выборы в новое Федеральное собрание. Движения, участвовавшие в восстании, не были допущены к ним. Законодательная власть начала свой долгий путь деградации от одной из ключевых политических сил страны к позднейшему «бешеному принтеру».

В феврале 1994 года участники событий, задержанные и пошедшие под суд, были амнистированы по инициативе Государственной думы, в которой по-прежнему преобладали оппозиционные политики. В сентябре 1995 года следствие по поводу событий осени 1993 было прекращено.