В 1149 году вазират захватил правитель Александрии курд Ибн ас-Салар, который через четыре года был убит своим пасынком Аббасом, занявшим пост вазира. Сын Аббаса убил халифа аз-Зафира и возвел на престол аль-Фаиза, но и сам был убит в результате заговора других претендентов на пост вазира, а в 1161 году его участь разделил и новый, сменивший его вазир. Такая неустойчивость политической власти сделала падение фатимидского режима неизбежным. В 1163 году правитель Верхнего Египта Шавар прибыл со своими сторонниками в Каир, сверг очередного вазира, но через несколько месяцев и сам был свергнут и бежал в Сирию, чтобы испросить помощи у формально находившегося на службе у Сельджукидов Hyp ад-Дина. Это была уже прямая государственная измена.

Воспользовавшись междоусобицей в Египте, новый иерусалимский король Амальрик I в 1163 году вторгся в страну и подошел к Каиру. Однако защитники города разрушили плотину и затопили значительную часть Нижнего Египта, что вынудило войско франков отступить.

Арабские источники утверждают, что Hyp ад-Дин сперва не собирался вмешиваться в египетские дела. Он воздерживался от каких-либо враждебных действий против франкских королей, придерживался перемирия, заключенного с Балдуином III, и даже продолжал выплачивать королю дань, как это делали его предшественники в Дамаске. Однако вторжение Амальрика в Египет заставило его действовать более активно. Побуждаемый своим честолюбивым вассалом курдом Ширкухом, рассчитывавшим стать правителем завоеванной области, Hyp ад-Дин решил ответить на просьбу Шавара и в 1164 году отправил в Египет отряд во главе с Ширкухом, которого сопровождал его племянник, впоследствии знаменитый Салах ад-Дин аль-Аййуб (в европейской транскрипции Саладин).

Эмир Ширкух изгнал из Египта франков, вступил в Каир и был восторженно встречен жителями города, а Шавар – восстановлен в должности вазира. С франками Ширкух заключил перемирие на условии вывода войск из страны обеими сторонами. Вскоре это перемирие было нарушено Амальриком, и Ширкух оказался вынужденным вновь ввести в Каир свою армию. Опасаясь, что его власть будет ограничена курдским военачальником, и желая избежать уплаты обещанного Нур ад-Дину за помощь налога, Шавар затеял двойную игру, стараясь не терять связи с обеими враждующими сторонами.

Между тем, побуждаемый своим рыцарским окружением, Амальрик в 1167 году снова предпринял поход в Египет, чтобы окончательно овладеть страной. Шавар попытался вступить с франками в переговоры, но последний фатимидский халиф, молодой аль-Адид, настоял на том, чтобы действовать более решительно. Он вновь обратился за помощью к Нур ад-Дину и Ширкуху. В это время вторгнувшаяся в страну армия франков подошла к селению Бильбайс, расположенному в непосредственной близости от Каира, и после трехдневной осады им овладела. Учинив в селении страшный погром, во время которого погибло множество мусульман и христиан-коптов, франки двинулись на Каир. Однако подоспевший с войском Ширкух сумел отбросить потрепанное и обескровленное за время боев войско Амальрика. Аль-Адид, не забывший об изменническом поведении Шавара, воспользовался моментом и приказал схватить его и казнить. Ширкух был назначен вазиром, но уже через несколько недель неожиданно умер, и вазират вкупе с почетными званиями «султан» и «альмалик ан-насир», которые обычно давались фатимидским вазирам, перешел к его племяннику Салах ад-Дину (Саладину).

С прибытием в Египет Ширкуха и Саладина на историческую арену вышла новая курдская династия Аййубидов, которой суждено было сыграть в борьбе с крестоносцами решающую роль. Дед Саладина Шази и его два сына Наджм ад-Дин Аййуб и Асад ад-Дин Ширкух – уроженцы горного района близ Двина в Армении – в свое время перебрались в Ирак, где Шази поступил на службу к местному сельджукскому правителю Бихрузу и был назначен комендантом крепости Тикрит на Тигре. Сын Шази, родоначальник и эпоним династии, Наджм ад-Дин Аййуб унаследовал этот пост, а позднее перешел на службу к правителю Мосула Занги. После победного похода в Египет сын Аййуба Саладин сумел преодолеть конкуренцию других претендовавших на вазират военачальников, с помощью «аскаров» Асада ад-Дина Ширкуха справиться со своими соперниками из тюркской кавалерии, находившейся на службе у сына Занги, Нур ад-Дина ибн Занги, и занять высокий пост при фатимидском султане.

Сначала казалось, что Саладин не сумеет удерживать вазират в своих руках сколько-нибудь продолжительное время. Его положение при Фатимидах было весьма двусмысленным. Он командовал вторгнувшимися в страну экспедиционными силами и формально находился на службе у Hyp ад-Дина. К тому же подобно своему господину он был суннитом, получившим законную власть по воле аббасидского халифа. В то же самое время он получил пост вазира, то есть гражданскую и военную власть в стране, из рук исмаилитского фатимидского халифа аль-Адида. При этом Саладин не располагал реальным войском, поскольку фатимидские вооруженные силы, состоявшие из 40 тысяч всадников и 30 тысяч чернокожих солдат суданской пехоты, ему не подчинялись, и он мог рассчитывать лишь на небольшой сирийский отряд, состоявший из двух тысяч солдат «нурия» (то есть аскаров Hyp ад-Дина), шести тысяч солдат начальника кавалерии аль-Йаруки, который не очень-то был склонен ему подчиняться, и небольшого отряда «асадия», принадлежавшего прежде Ширкуху. Часть тюркских войск ушла обратно в Сирию, а некоторые тюркские военачальники открыто выказывали Саладину неповиновение.

Чтобы как-то скомпенсировать утрату части армии, Саладин стал создавать отряды собственных аскаров под именем «салахия» (по его имени Салах ад-Дин), для содержания которых вынужден был конфисковать угодья египетских эмиров и раздать их в качестве икта своим военачальникам. Это вызвало недовольство главарей чернокожего войска. В 1169 году их отряды взбунтовались, но бунт был жестоко подавлен Саладином, а оставшаяся часть войска ушла в Верхний Египет.

Между тем Hyp ад-Дин со страхом наблюдал за возвышением Саладина. Поддерживаемый своими братьями, среди которых главной фигурой был Шамс ад-Дин Туран-Шах, Саладин явно стремился превратить Египет в семейную вотчину. Hyp ад-Дин рано распознал амбициозные планы своего вассала и не доверял ему. Чтобы ослабить позиции Саладина в Египте, он отозвал в Сирию свою гвардию «нурия», принимавшую участие в походе Ширкуха, а также конфисковал сирийские икта Ширкуха и Саладина, чем лишил последнего средств, необходимых для содержания отрядов «асадия» и «салахия». А чтобы вести наблюдение над своим вассалом, Hyp ад-Дин отправил в Египет отца Саладина, главу всего рода Аййубидов, преданного ему Наджм ад-Дина Аййуба, который выдвинулся на службе у Нур ад-Дина и испытывал к своему сюзерену особое уважение. Наджм ад-Дин сумел предотвратить окончательный разрыв между Нур ад-Дином и его бывшим подчиненным, но процесс постепенного превращения Египта в вотчину Аййубидов продолжался. Саладин пожаловал отцу в качестве икта доходы с больших портов Александрия и Дамиетта, а также провинции Бухайра к западу от Дельты, а своему брату Шамс ад-Дину Туран-Шаху – неспокойный район Верхнего Египта.

С уничтожением чернокожего войска Фатимиды утратили свою главную военную опору, и конец власти их династии был предрешен. Выразилось это еще и в том, что под давлением Нур ад-Дина поминание в хутбе имени фатимидского халифа было заменено поминанием имени очередного халифа Аббасидов. Осенью 1171 года умер последний фатимидский халиф аль-Адид, и в хутбе прозвучало имя аббасидского халифа аль-Мустади (1170 –1180). Ранее утративший роль религиозного исмаилитского центра, с этого времени Фатимидский халифат прекратил свое существование и в качестве политической силы. Египет возвратился в лоно традиционного суннизма, и в стране установилась власть новой династии – Аййубидов (1169 –1252).