С самого начала план операции предусматривал продолжение боевых действий ночью. Длинные зимние ночи давали немцам возможность организовать оборону на новом рубеже. В связи с этим командир корпуса приказал командиру 144-й стрелковой дивизии в течение ночи овладеть городом Каттенау, находящимся на господствующей над окружающей местностью высоте. Это создало бы обстановку для ввода в бой следующим утром второго эшелона корпуса. Для овладения Каттенау командир дивизии решил ввести свой второй эшелон – 785-й стрелковый полк. Подготовка к ночной атаке проводилась в спешке, задачи частям и подразделениям ставились в темное время, преимущественно по карте. Взаимодействие пехоты с артиллерией и соседями четко организовано не было. Полк второго эшелона заблаговременно разведку маршрутов выхода в исходный район для атаки не произвел. На исходные позиции подразделения полка вышли с опозданием. Здесь они попали под артиллерийский обстрел врага. Под огнем некоторые командиры, в том числе и командир полка, были ранены и выбыли из строя. В итоге атака 785-го стрелкового полка сорвалась, и полк был отведен в тыл для приведения в порядок. Задачу по овладению Каттенау дивизия не выполнила.

Схожие недостатки были и в других армиях. Командующий 39-й армией Людников в своем приказе отмечал: «Управление боем в соединениях было организовано по шаблону, без учета изменившейся погоды. В условиях тумана органы управления вместо максимального приближения к передовым частям от них оторвались, наблюдения за полем боя не было. Танки и самоходная артиллерия от пехоты отставали и ее не проталкивали. Ротам и батальонам не было придано необходимого количества артиллерии для стрельбы прямой наводкой. В результате мешающие движению огневые точки не подавлялись».

Учитывая все это, командующий войсками фронта потребовал: «К утру 14.1.45 г. наладить четкое управление во всех звеньях и взаимодействие всех родов войск. Командные и наблюдательные пункты командиров дивизий и полков предельно приблизить к боевым порядкам. Максимально усилить роты орудиями сопровождения для стрельбы прямой наводкой. Все саперные средства иметь в боевых порядках пехоты и обеспечить должное руководство ими для быстрого разминирования минных полей».

Капитуляция остатков гарнизона Алленштейна.

С утра 14 января из глубины подтянулся подвижный резерв немецкой 3-й танковой армии – 5-я танковая дивизия. Ее части предприняли ряд сильных контратак. Вследствие этого ударная группировка фронта возобновила наступление лишь в 12.30. Усилившийся огонь противника и частые контратаки задерживали продвижение пехоты, что приводило к отставанию ее от танков и медленным темпам наступления. Поэтому в течение дня 14 января ударная группировка фронта продвинулась всего на 1–2 км.

Медленное продвижение вперед лишило советские войска главного преимущества владеющей инициативой стороны – неопределенность ее планов для обороняющегося. Определив направление главного удара войск 3-го Белорусского фронта, немецкое командование стало снимать свои части с пассивных участков и перебрасывать их к участку прорыва. Так, например, к участку прорыва из района Шилленена были подтянуты части 56-й пехотной дивизии. От нее при подготовке наступления прикрылись частями 152-го УРа. Теперь пассивность УРа позволяла немцам свободно снимать войска с этого участка. Из района Гумбиннена к участку прорыва были подтянуты части 61-й пехотной дивизии. Кроме того, традиционно для немцев перебрасывались бригады штурмовых орудий и противотанковая артиллерия.

Тем не менее превосходство в силах и набранный к 1945 г. опыт и техника ведения боя делали свое дело. Преодолевая сопротивление противника, ударная группировка фронта к исходу 15 января прорвала главную полосу обороны. За три дня наступления войскам 3-го Белорусского фронта удалось лишь прорвать главную полосу обороны противника и продвинуться в глубину от 6 до 10 км. В то же время противник за счет своих резервов и частей, отошедших с главной полосы обороны, успел занять вторую полосу обороны (гумбинненский оборонительный рубеж).

В 11.40 16 января войска фронта возобновили наступление, но и на этот раз противник продолжал оказывать упорное сопротивление. Наступление развивалось крайне медленно. Ожесточенные бои завязывались за каждый дом, за каждый участок траншеи и опорный пункт. Только к 13.00 войска 5-й армии овладели первой траншеей гумбинненского оборонительного рубежа, но вновь встретили упорное сопротивление противника перед второй траншеей. Советская пехота и танки, понеся большие потери в предыдущих боях и отражая контратаки, почти не продвигались вперед. Создалась явная угроза, что наступление может остановиться, несмотря на то что оборона противника была уже основательно потрясена. Требовался новый сильный толчок, который обеспечил бы прорыв ослабленной, но еще сохранившей способность к сопротивлению обороны и позволил бы ввести в сражение второй эшелон (11-ю гвардейскую армию и 1-й танковый корпус). Черняховский решил использовать для этого 2-й гвардейский Тацинский танковый корпус генерала А.С. Бурдейного. Это было сильное соединение с крепкими традициями, ветеран Сталинграда, Курска и «Багратиона». Генерал Бурдейный получил приказ нанести удар в полосе 5-й армии. Однако наступавшие танки встретили сильное огневое сопротивление противника и завязали с ним затяжные бои, неся при этом большие потери. К исходу дня танковые бригады корпуса продвинулись вперед лишь на 1–1,5 км.

За четыре дня советского наступления, хотя тактическая зона обороны противника и не была прорвана, обороняющиеся понесли значительные потери и исчерпали резервы. Это обстоятельство вынудило немецкое командование принять решение на отвод левого крыла XXVI армейского корпуса, оборонявшего рубеж южнее р. Неман. Тем самым сокращалась протяженность обороняемого рубежа, и высвобождались пехотные части. Их предполагалось использовать против ударной группировки 3-го Белорусского фронта. К тому же этот участок немецкой обороны был глубоко обойден с фланга вклинением войск советской 39-й армии.

Отвод войск с насиженного рубежа обороны – это сложный и требующий большой организационной работы маневр. Заметив отход противника, 39-я армия сразу же перешла к преследованию. Также было сменено направление ввода в бой еще одного резерва Черняховского – 1-го танкового корпуса генерала В.В. Буткова. Поначалу его планировали бросить против того же рубежа, что и корпус Бурдейного, т. е. в полосе 5-й армии. Скорее всего, это привело бы к бессмысленным потерям. Несмотря на часто возникающее желание командиров и командующих ввести в бой «еще один батальон», после удара которого оборона противника должна рухнуть, чаще всего эти вводы напоминали вбрасывание свежих дров в печку. Вместо этого танки Буткова были утром 18 января введены во фланг и тыл отходящего XXVI корпуса немцев в полосе 39-й армии. Наступление развивалось успешно. Через несколько часов танки форсировали реку Инстер и перерезали железную дорогу Тильзит-Инстербург. В ночь на 19 января на это же направление был развернут 2-й гвардейский танковый корпус.

39-я армия, используя успех 1-го танкового корпуса, 18 января ускорила свое продвижение. Пройдя с боями до 20 км, она также вышла главными силами к р. Инстер. Войска 5-й и 28-й армий в этот день продвинулись на глубину от 3 до 8 км. Свою роль в расшатывании обороны противника сыграла авиация. С 16 января погода значительно улучшилась. Это позволило активно использовать авиацию 1-й воздушной армии генерал-полковника авиации Т.Т. Хрюкина, которая за 16 и 17 января произвела 3468 самолето-вылетов. Раус с досадой отмечал: «Угроза стала еще более серьезной, так как появились русские самолеты, причем сразу в больших количествах. Они бомбили города, дороги, командные пункты, артиллерийские позиции – вообще все, что только двигалось».