Помпей не стал преследовать Митридата, он считал, что для этого у него слишком небезопасен тыл. К тому же в это время возникла возможность вмешаться в армянские дела. Сын Тиграна и Клеопатры, тоже Тигран, выступил против отца. Потерпев поражение, он бежал к парфянскому царю Фраату. Тот решил использовать этот момент и под предлогом помощи царевичу вторгся в Армению и дошел до Арташаты. Но, понимая, что его укрепление в Армении вызовет столкновение с Римом, он отступил. Не получив от парфянского царя желанной помощи, Тигран младший уехал к Помпею, призвал его вторгнуться в Армению и обещал в обмен на трон подчинение Риму. Помпей принял это предложение. Хотя Тигран старший, как уже было сказано, отказал Митридату в приюте и помощи, а с Лукуллом сравнительно недавно заключил мир, Помпей обвинил его в том, что он в свое время помогал Митридату, и объявил ему войну.

В том же 66 г. до н. э. Помпей во главе своей армии вторгся в Армению. Практически не встречая никакого сопротивления, римляне брали один город за другим. Видя неминуемое поражение, Тигран сдался без боя и впустил Помпея в Арташату. Однако надеждам его сына не суждено было сбыться. Помпей решил, что Риму полезнее сохранить на армянском троне старого царя, уже испытавшего силу римского оружия, чем посадить на этот престол горячего юношу. И Помпей заключил с Тиграном старшим договор, по которому оставлял ему все владения, кроме тех, которые уже были отняты у него Лукуллом, т. е. те владения, которые Тигран в свое время завоевал вне Великой Армении. Его царство теперь было сведено к этой, правда довольно обширной, области. Когда Тигран младший пытался возмутиться таким поворотом дела, Помпей, не долго думая, приказал его арестовать и заключить в оковы, а позже его провели в триумфе Помпея.

Теперь, обеспечив свой тыл от возможного нападения армянского царя, Помпей решил преследовать Митридата. Из Армении он двинулся на север в долину реки Кирн (Кура). Там ему оказали упорное сопротивление албаны, населявшие восточную часть Закавказья. На берегу Аракса Помпей разбил албанов. После этого он выступил против иберов, предков нынешних грузин, и также одержал победу, хотя она далась ему нелегко. Оттуда он проследовал еще дальше на север, вероятно до Дарьяльского ущелья, но перейти через него не смог или не решился, а вернулся на юго-запад в Колхиду, где в устье Фасиса (Риони) его ожидал флот, охранявший Понт Эвксинский (Черное море). Помпей, видимо, предполагал на этих кораблях переправиться на Боспор. Но против него вновь выступили албаны. Помпей не решился оставить их в своем тылу и двинулся против них. На берегу Абанта (Алазань) он встретил огромное албанское войско и разбил его. Далее Помпей собирался дойти до Каспийского моря, надеясь оттуда добраться до Индии, повторив тем самым подвиги Александра Македонского. Но трудные природные условия Восточного Закавказья заставили его вернуться, хотя не исключено, что до моря он все-таки добрался.

Вновь вернувшись в Понт, Помпей не стал подготавливать экспедицию против Митридата, а занялся административными делами. Надо было сделать политические выводы из завоеваний Лукулла и своих собственных. Он реорганизовал Понтийское царство. Его западная часть была соединена с Вифинией и образовала одну провинцию Вифинию-Понт, а восточной части он оставил призрачную независимость. Вдоль торгового пути из Вифинии в Армению Помпей основал ряд городов — Помпейополь, Магнополь, Диосполь (Город Зевса), Никополь (Город победы). Вне новых римских границ он разделял территорию Малой Азии между местными царьками, ставшими фактически клиентами Рима. Доказавший свою верность Риму каппадокийский царь Ариобарзан увеличил владения, превратившись в главного стража римских интересов во внутренней части полуострова и обеспечивая сообщение между римскими провинциями в западной и северной частях Малой Азии с Киликией, расположенной в ее юго-восточной части. Под власть Ариобарзана была отдана и Софена, область, пограничная с Арменией, которая раньше была обещана Тиграну младшему, но затем у него отнята. В центре Малой Азии жили галаты, разделенные на четыре племени, которыми управляли так называемые тетрархи (четвертовластники). Теперь число этих областей было сокращено до трех, а правитель наиболее значительного племени Дейотар был сделан царем, и его территория тоже была расширена. Были сделаны и некоторые другие территориальные изменения в этой части мира.

Помпей отменил все распоряжения Лукулла и всячески подчеркивал, что никаких следов от управления Лукулла не должно остаться. Это касалось и сирийских дел. Положение в Сирии было довольно сложным. Последние годы существования династии Селевкидов были отмечены постоянной борьбой между различными представителями этого царского дома. Один сменял другого с пугающей быстротой, и часто свергнутый снова приходил к власти. На границы Сирии нападали арабские племена, набатейский царь Арета захватил Дамаск. Приморские города фактически стали независимыми. В этих условиях сирийцы обратились за помощью к Тиграну, приглашая его на трон. Тот, естественно, с удовольствием откликнулся на этот призыв. Но далеко не вся бывшая держава Селевкидов (точнее, то, что от нее осталось) подчинилась армянскому царю. Сопротивлялись ему финикийские города, а в Птолемаиде на палестинском побережье заперлась бывшая царица Клеопатра Селена. По условиям мира, заключенного Тиграном с Лукуллом, первый очищал Сирию, и Лукулл восстановил на троне сына Клеопатры Селены Антиоха XIII. Но против него выступил его родственник Филипп II. Два арабских шейха вмешались в эту борьбу, каждый на стороне одного из Селевкидов. Но затем они договорились вообще разделить Сирию между собой. Антиох был захвачен в плен царьком Эмесы Сапсикерамом, а Филиппу удалось ускользнуть и обосноваться в сирийской столице Антиохии. Но ненадолго. Вскоре там поднялся мятеж, и этим воспользовался Сапсикерам, который захватил столицу и усадил на трон своего пленника Антиоха. Все это означало агонию Селевкидов, что угрожало римским владениям и римскому влиянию в Малой Азии. И Помпей решил вмешаться.

Еще в 65 г. до н. э. легат Помпея Люций Афраний, который прославился во время войны с Серторием, вторгся в Северную Сирию и усмирил царька Таркомдимота, утвердившегося в горах Аман на северо-западе страны. Затем Помпей направил в Сирию своего квестора Марка Эмилия Скавра. Там уже находились Лоллий и Метелл Непот, которые были легатами Помпея во время войны с пиратами. Теперь они перешли под командование Скавра. Скавр двинулся на Дамаск и отнял его у набатейского царя. Этими действиями были подготовлены условия для прихода в Сирию самого Помпея. И в 64 г. до н. э. Помпей с армией пришел в эту страну. Антиох XIII попытался получить у Помпея подтверждение своего царского достоинства, но Помпей счел его креатурой Лукулла и отказал ему. Не видя никакой возможности сопротивления, Антиох бежал все к тому же Сапсикераму. Однако тому он уже не был нужен, и его убили. С Антиохом XIII сошел со сцены последний представитель династии Селевкидов. Теперь у Помпея были окончательно развязаны руки, и он объявил Сирию римской провинцией.

Но объявить Сирию провинцией еще не означало урегулировать положение в этой стране. В течение 64–63 гг. до н. э. Помпей и занимался ее преобразованием. Большая часть Сирии действительно стала провинцией. Приобретенная при последних Селевкидах независимость приморских городов была ликвидирована, их подчинили римской власти. Некоторые мелкие государства были уничтожены, другие Помпей решил сохранить, но взять под жесткий римский контроль. Так, было сохранено государство Таркондимота в северной части сирийского побережья и прибрежных горах. На юге, в горах Ливана, была сохранена якобы независимая Итурея. Но независимость всех этих царств, как и в Малой Азии, была призрачной.