Помпей не ограничился урегулированием положения в Сирии. В это время к югу от нее в Иудее шла борьба между братьями Аристобулом и Гирканом. Гиркан, которому помогал набатейский царь Арета, осадил Иерусалим, в котором заперся Аристобул. Тогда Аристобул обратился за помощью к Скавру, который в то время действовал в Сирии. Он просто подкупил его, и тот потребовал от Ареты очистить Иудею. Арета, уже потеряв Дамаск, не решился спорить с римским командиром и отступил, а Аристобул нагнал его и разбил. Но в дело вмешался Помпей, к тому времени прибывший в Сирию. Оба брата добивались его благосклонности, но Помпей решил встать на сторону Гиркана. Тот и по характеру был гораздо менее энергичным и способным, чем его брат, да к тому же Аристобул слишком уж возвысился после победы над Аретой. Аристобул попытался лично убедить Помпея изменить позицию, но добился только собственного ареста, после чего римская армия подошла к Иерусалиму. Сторонники Гиркана сумели настоять на открытии ему ворот, но их противники укрепились в храме и не собирались сдаваться. Осада храма продолжалась больше двух месяцев. В конце концов римляне ворвались в храм. Многие его защитники пали в бою, причем их убийцами были не только римляне, но и соотечественники — сторонники Гиркана. Помпей торжественно вошел в захваченный храм и вступил в Святое Святых, особое помещение в храме, где, по преданию, обитал сам Бог и куда входить мог только первосвященник, да и то лишь вдень Пасхи. Помпей передал власть Гиркану. При этом у Иудеи были отняты многие города, особенно приморские, и включены в провинцию Сирию. Отныне правитель Иудеи превратился в римскую марионетку и должен был все свои действия согласовывать с наместником Сирии.

Помпей решил добиться подчинения Набатеи. Но в это время он получил известия о событиях на Боспоре. Там против отца восстал сын Митридата Фарнак, поддержанный армией. Попытки подавить мятеж или договориться с Фарнаком не удались, и вскоре Митридат был окружен в собственном дворце на горе в центре Пантикапея, столицы Боспора. Не желая попасть живым в руки мятежного сына, он решил покончить с собой, приняв яд. Но яд не подействовал на крепкий организм царя, и тогда он попросил некоего Битоита, командира галльских наемников, заколоть его. Тот выполнил просьбу Митридата. Узнав обо всем этом, Помпей тотчас покинул Иудею и направился в Малую Азию. Там в Синопе, бывшей столице Понта, он встретился с послами Фарнака, который просил его либо отдать ему все бывшее царство отца, либо по крайней мере Боспорское царство. Помпей согласился на последнее. Самого Митридата Помпей пышно похоронил в царской гробнице.

Со смертью Митридата и подчинением Фарнака миссия, возложенная на Помпея законом Манилия, была выполнена, и он мог спокойно возвращаться в Рим, чем он и занимался торжественно, не торопясь, наслаждаясь отдыхом, почестями и пирами в течение 63–62 гг. до н. э. В Рим он еще в 63 г. до н. э. отправил своего шурина Квинта Цецилия Металла Непота, который был избран народным трибуном на следующий год. Непот по поручению Помпея, который считал Цицерона своим врагом, начал против него пропагандистскую кампанию, обвиняя его в незаконной казни римских граждан. Непот предложил разрешить Помпею заочно баллотироваться в консулы и вызвать его из Азии для войны с Катилиной. Эти предложения из-за решительного противодействия Катона были отвергнуты, да и с Цицероном расправиться не удалось. Правда, сам Цицерон попробовал найти общий язык с Помпеем, предлагая ему дружбу и выражая надежду на возвращение с Помпеем в Рим спокойствия и мира. После неудачи миссии Непота Помпей отправил в Рим письмо с просьбой отложить консульские выборы, чтобы он мог лично поддержать на этих выборах своего легата Марка Пупия Пизона. Против этого опять же решительно выступил Катон, и просьба была отвергнута. Правда, Пизон был все же избран вместе с Марком Валерием Мессалой, но по авторитету Помпея был нанесен сильный удар: ему ясно показали, что сенат не потерпит его возвышения, хотя Помпея и его войска очень боялись. Когда в Рим пришло известие о возвращении Помпея, его соперник Красе предпочел уехать из Италии.

В декабре 62 г. до н. э. Помпей высадился в Брундизии. И тут он совершил поступок, который поразил и современников, и потомков и о котором до сих пор спорят историки. Как только Помпей вступил на италийскую землю, он тотчас распустил свою армию, сложил с себя все полномочия и частным человеком вступил в Рим. Вообще-то это полностью соответствовало римским законам, но дело в том, что эти законы уже никто не выполнял. Не выполнил их и сам Помпей и после разгрома Лепида, и после победы в Испании. Так что никакой надежды на их выполнение Помпеем сейчас, разумеется, не было. Но Помпей это сделал. Своим поступком он продемонстрировал не только свое безусловное подчинение праву, но и отказ от насильственного захвата власти. Это не означает, что Помпей не был честолюбивым и властолюбивым. Многие историки думают, что дело объясняется чрезмерной чувствительностью Помпея к правовым нормам. Но, как и многие другие деятели этого бурного времени, он в такой особой чувствительности замечен не был. Другие полагают, что Помпей вообще всегда поступал «как должно». Но так ли это? Вероятнее всего, дело объясняется самоуверенностью Помпея, проявлявшейся и в других случаях. Он был уверен, что завоеванный им авторитет столь высок, что он сможет добиться своих целей, не прибегая к насильственным действиям.

Однако Помпей ошибся. Чем больше сенаторы трепетали перед возможностью новой гражданской войны, которая могла быть развязана Помпеем, тем с большим пренебрежением они стали теперь относиться к уже бывшему военачальнику. Помпей требовал двух вещей: утверждения всех своих распоряжений на Востоке и наделения землей его ветеранов. И все это вызывало ожесточенное сопротивление в сенате. Сенаторы искали любые предлоги, чтобы оттянуть рассмотрение требований Помпея. Сначала таким предлогом стало дело Клодия, о котором уже упоминалось. А потом подошли консульские выборы. Авторитет Помпея в народе был, действительно, довольно высок, так что кандидат в консулы его старый соратник Люций Афраний был без труда избран (правда, дело не обошлось без подкупа). Однако вторым консулом стал Квинт Цецилий Метелл Целер, недавний родственник Помпея. Но как раз незадолго до выборов Помпей развелся с Муцией, единоутробной сестрой Метеллов Целера и Непота, обвиненной в супружеской неверности. И хотя многие в Риме одобряли поступок Помпея, Метеллы сочли этот развод оскорблением всего рода Цецилиев Метеллов, так что в новом консуле Помпей получил смертельного врага. Что же касается Афрания, то этот опытный военный командир совершенно не имел опыта политической деятельности и в гражданской жизни больше увлекался танцами, чем государственными делами, и поэтому надежной опорой Помпею быть не мог. Цицерон даже заявлял, что поведение Афрания как консула является пощечиной Помпею.

В сентябре 61 г. до н. э. Помпей отпраздновал пышный двухдневный триумф. В голове шествия несли таблички с перечислением огромного количества завоеванных стран, племен и городов, уничтоженных пиратских шаек. Упоминалось о взятии большого числа кораблей и крепостей, об огромных доходах, принесенных Помпеем государству. Среди пленников вели жену, дочь и сына армянского царя Тиграна, иудейского царя Аристобула, сестру Митридата, кавказских и малоазийских заложников. Это был третий триумф Помпея, и в Риме говорили, что количество триумфов соответствует числу частей света: первый триумф он отпраздновал за победу в Африке, второй — в Европе, третий — в Азии. Казалось, что Помпей покорил весь обитаемый мир.