Дальнейшая служба протекает гладко и обыкновенно для эпохи отсутствия войн при императоре Александре III Миротворце. В 1882 г. Эверт по 1-му разряду окончил Николаевскую академию Генерального штаба, после чего был произведен в штабс-капитаны. Капитан Генерального штаба А.Е. Эверт состоял при штабе Московского военного округа, а затем служил старшим адъютантом 3-й пехотной дивизии. На этом посту Эверт получает очередную награду — орден Св. Анны 3-й степени. Окончание Академии внушило Эверту благоговение перед аксельбантом генштабиста. Современники вспоминали, что в годы Первой мировой войны командарм–4, а затем главкозап А.Е. Эверт при комплектовании штата своих сотрудников всегда отдавал предпочтение офицерам Генерального штаба, в обход армейского офицерства.

В 1886 г. капитан Эверт состоял для поручений при штабе Варшавского военного округа, приобщившись тем самым к театру будущей войны против Германии, расхождения с которой у России стали уже отчетливо обозначаться, несмотря на внешне отлакированные отношения. Затем, будучи произведен в подполковники, служит старшим адъютантом штаба Варшавского военного округа. В данной должности награждается орденом Св. Станислава 2-й степени.

Необходимое для повышения по служебной лестнице цензовое командование батальоном подполковник Эверт проходил в 1889 — 1890 гг. в 40-м пехотном Колыванском полку. В 1888–1893 гг. А.Е. Эверт является штаб-офицером для особых поручений при командующем войсками Варшавского военного округа. Здесь же в 1891 г., производится в полковники и в 1893 г. занимает должность начальника штаба 10-й пехотной дивизии. Награжден орденами Св. Анны 2-й степени и Св. Владимира 4-й степени. Немногим более года, в 1899–1900 гг., полковник Эверт командует 130-м пехотным Херсонским полком. В 1900 г. А.Е. Эверт производится в генерал-майоры, после чего получает должность начальника штаба 11-го армейского корпуса. Как видим, большую часть своей военной карьеры, вплоть до производства в генералы, Эверт провел на разнообразных штабных должностях. Эта традиция продолжилась и в новом столетии. С апреля 1901 г. вплоть до Русско-японской войны Эверт является начальником штаба 14-го, а затем 5-го армейского корпуса. В 1903 г. был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени.

В 1890 г. А.Е. Эверт женился на дочери генерал-майора отдельного корпуса жандармов И.М. Познанского — Н.И. Познанской, от брака с которой родилось шестеро детей: сыновья Игнатий, Борис, Владимир и дочери — Софья, Валентина, Вера.

Русско-японская война 1904 — 1905 гг. стала новым этапом в военной карьере ген. А.Е. Эверта, позволив ему набраться опыта современного вооруженного противоборства. Правда, к сожалению, не только позитивного, но и негативного опыта. В том числе негативного опыта руководства войсками на театре военных действий. Как и М.В. Алексеев и Н.В. Рузский, А.Е. Эверт потребовался на Дальнем Востоке лишь со сменой главнокомандования. Развертывание трех Маньчжурских армий из одной потребовало присылки из России большого числа офицерских кадров высшего звена. Но в отличие от Алексеева и Рузского, отправленных в штабы 2-й и 3-й армий, Эверта ждало куда более высокое назначение. В октябре 1904 г. генерал-майор А.Е. Эверт был назначен на должность генерал-квартирмейстера полевого штаба главнокомандующего сухопутными и морскими силами, действующими против Японии. Главнокомандующий А.Н. Куропаткин поменял своего прежнего помощника В.И. Харкевича, взяв на его место А.Е. Эверта. Граф А.А. Игнатьев пишет: «Преемник Харкевича — Алексей Ермолаевич Эверт, будущий главнокомандующий Западным фронтом в мировую войну, был в ту пору еще совсем молодым генералом. Высокий стройный брюнет с тщательно подстриженной бородкой, в широких шароварах с красными лампасами, в мягких сапогах с большими шпорами, он в церкви истово крестился, перед обедом выпивал рюмку водки и ни на минуту не терял подобающего генералу величия»{193}. Генерал Харкевич при этом был повышен в должности, заняв пост начальника штаба 1-й Маньчжурской армии ген. Н.П. Линевича.

Генерал-майор Эверт столь «пришелся ко двору» Куропаткину, что после своего смещения с поста главнокомандующего после проигранного Мукденского сражения Куропаткин взял к себе в начальники штаба 1-й Маньчжурской армии именно Эверта. Казалось бы, что А.Е. Эверт должен был приобрести громаднейший опыт руководства целой армией, а то и группой армий в войне. Так оно и было. Но помимо самого бесценного опыта генерал Эверт всецело поддался влиянию своего патрона — А.Н. Куропаткина. В ходе Первой мировой войны это скажется самым неприятным образом: вверенные Эверту войска (сначала армия, а потом фронт) умели прекрасно обороняться, но почти не умели наступать.

К. А. Залесский справедливо пишет, что А.Е. Эверт «получил свое боевое воспитание в школе ген. Куропаткина и оставался его прилежным учеником до конца». Эверту были присущи все недостатки куропаткинской школы. Это и тщательная подготовка сражения (операции) при нехватке волевого фактора для проведения составленных планов в жизнь. Это и мелочное вмешательство в действия подчиненных командиров. Это и «заваливание» низших штабов массами разнообразных инструкций, наставлений, записок и проч. Вся эта документация, по идее, должна была служить укреплению боевой мощи войск. На деле же не хватало одного — методов и приемов проведения в жизнь тех постулатов, что провозглашались в этой бумажной кипе: «Характерной особенностью этой школы стало вообще свойственное генштабистам чрезвычайно тщательное взвешивание всех обстоятельств до принятия решения, что приводило к затяжке времени и даже к нерешительности в действиях войск»{194}.

Поэтому, читая документы той эпохи, можно получить впечатление, что А.Е. Эверт являлся одним из лучших полководцев русской армии периода Первой мировой войны. К сожалению, большая часть этих наставлений была неисполнимой и потому ненужной, а то и вредной. Часто вместо того, чтобы руководить боем, штабы оказывались под прессом канцелярской работы, а страдало дело, за что солдаты и офицеры расплачивались своей кровью. Такая составляющая куропаткинской школы была замечена в Европе, готовившейся к Большой войне, которой суждено будет стать Первой мировой. Еще перед войной германский военный теоретик ген. Ф. фон Фрейтаг-Лорингофен писал, что «недостаток русского управления: в момент, когда надо делать дело, принимать решение и отдавать приказания — у русских возникают чисто принципиальные, академического порядка, пререкания об обстановке»{195}.

В то же время нельзя не сказать, что Эверт был свободен от тех крайностей в командовании, что были присущи Куропаткину. Мелочность, канцеляризм, достаточно сильная нерешительность — все это у генерала Эверта проявилось куда слабее. Поэтому вверенные Эверту войска отлично оборонялись, неплохо контратаковали и в целом выглядели не хуже своих соседей. Но вот в наступлении эвертовские соединения отставали от многих других военачальников. Принцип «лучше не допустить поражения, нежели рисковать победой» стал путеводной звездой генерала Эверта. Между тем военачальник должен уметь рисковать, опираясь на свои ум и волю и возможности войск. А.Е. Эверт же явно предпочитал синицу в руках журавлю в небе, без чего не может быть настоящего большого полководца. М.И. Драгомиров верно писал: «Нужно твердо помнить и знать, что вперед никто не скажет, он или побьет, или его побьют; что с неприятеля нельзя взять расписки, что он даст себя побить, и потому нужно дерзать»{196}. На такую-то дерзость, которую А.В. Суворов называл «мужеством генерала», А.Е. Эверта и не хватало.