С началом артиллерийской подготовки в городе и крепости погас свет, прервалась телефонная связь. Средних командиров в батальонах насчитывались единицы. Командиры, сумевшие пробраться к своим подразделениям, вывести их не смогли. Все выходы из бастионного кольца находились под таким плотным огнем, что 98-й противотанковый дивизион при попытке прорваться из крепости был уничтожен почти целиком. Советская артиллерия, находившаяся в открытых парках, была разбита на месте. Взрывами и пожарами было разрушено большинство складов с неприкосновенными запасами дивизий. Таким образом, большое количество личного состава 6-й и 42-й стрелковых дивизий остались в местах постоянной дислокации не потому, что имели задачу оборонять крепость, а потому, что не смогли из нее выбраться. Так, из находившихся в крепости на момент нападения пяти батальонов 6-й дивизии (благо, большая часть подразделений была выведена в летние лагеря для участия в учениях, которые планировались на 22 июня) в районе сосредоточения удалось собрать менее двух батальонов бойцов 84, 333, 125-го стрелковых полков и девять орудий 131-го артполка.

В Бресте в Южном городке дислоцировалась и 22-я танковая дивизия. Положение дивизии совершенно не соответствовало решению каких-либо оборонительных задач, впрочем, наступательных тоже. Южный городок находился на ровной местности в 2,5 км от границы и был буквально набит боевой техникой. По тревоге танковая дивизия выходила в район Жабинки (то есть от границы на 25 км к востоку), при этом ей предстояло переправиться через реку Мухавец, пересечь Варшавское шоссе и две железнодорожные линии. Такой маневр и в мирное время представлял определенные трудности в исполнении. А в условиях внезапного нападения? Учитывали ли вообще советские планы прикрытия такую возможность? От ударов авиации и артиллерии, расстреливавшей военный городок чуть ли не прямой наводкой, дивизия потеряла сразу много личного состава, большую часть танков, артиллерии, автомашин и автоцистерн. Загорелись, а затем взорвались артиллерийский склад и склад горюче-смазочных материалов. Здесь же понес потери 204-й гаубичный артполк.

Командир 22-й танковой генерал-майор В.П. Пуганов с началом артиллерийского налета объявил боевую тревогу и приказал частям изготовиться для следования в назначенный по плану прикрытия район Жабинки. Командиры частей, как только артобстрел стал стихать, начали собирать людей, танки и автомашины. Для обеспечения сбора дивизии к реке Буг были высланы дежурные средства. Контратаковав противника в районе деревень Вулька и Волынка, батальоны 44-го танкового полка развернулись в боевой порядок на шоссе и при поддержке пеших танкистов 22-го мотострелкового полка прикрывали выход дивизии в район сбора. С 6 до 8 часов части 22-й танковой дивизии беспорядочно переправлялись через Мухавец, стремясь возможно быстрее выйти Варшавским шоссе и грунтовыми дорогами к Жабинке. Часть дивизии, оставшаяся без автомашин и танков, выходила пешком на Радваничи, вместе с ней следовали семьи офицерского состава. Значительная часть артиллерии дивизии и основных запасов была оставлена ввиду отсутствия автотранспорта. За это время погибли заместители комдива по политической и технической части, тяжело ранены начальник штаба и командир 44-го танкового полка.

Почти полностью были уничтожены немцами части, собранные по приказу округа на артиллерийском полигоне для проведения запланированных учений. Здесь находились два батальона 84-го стрелкового полка 6-й дивизии, подразделения 459-го стрелкового и 472-го артполков 42-й дивизии, танковая, артиллерийская и другая техника, а также 455-й полк корпусной артиллерии, выведенный для проведения стрельб. Начало артподготовки противника этими войсками было воспринято как неожиданное начало учений с боевой стрельбой, а то, что снаряды начали рваться в их расположении, отнесли к чьей-то халатности. Дело в том, что перед войной в Красной Армии практиковали применение на учениях боевых снарядов, отрабатывая наступление пехоты вслед за огневым валом. Чтобы обратить внимание на «ошибку», с полигона стали подавать световые и звуковые сигналы. И только понеся значительные боевые потери, командиры и войска поняли, что началась война.

204-й гаубичный полк сумел вывести из своего городка 33 орудия, но не смог переправиться через Мухавец, так как оба моста были забиты переправляющейся 22-й танковой дивизией. В ожидании возможности переправиться полк нес потери от ударов авиации и, потеряв надежду, ушел на Радваничи. Таким образом, ни 84-й стрелковый, ни 204-й гаубичный полки, отвечавшие за оборону Бреста, не смогли в ней участвовать. Учитывая, что третий батальон 84-го полка остался в крепости, у его командира для защиты города осталась лишь полковая школа, остатки полковой артиллерии и других подразделений. Большое количество личного состава 6-й и 42-й дивизий остались в Брестской крепости, не успев из нее выйти.

Из Северного городка удалось выбраться 447-му корпусному артполку с 19 орудиями (из штатных 36) и двум дивизионам 17-го гаубичного полка. С уходом из Бреста 22-й танковой дивизии город остался беззащитным. К 7 часам утра части 45-й и 34-й пехотных дивизий 12-го германского корпуса заняли Брест.

Около 4 тысяч бойцов и командиров 6-й и 42-й стрелковых дивизий, запертые в ловушке Брестской крепости, вместе с пограничниками 9-й заставы и конвоирами 132-го батальона НКВД, составили «бессмертный гарнизон».

Первый эшелон 4-й советской армии фактически был уже разгромлен, хотя ее командование этого не осознает. Во время бомбежек и обстрелов советские штабы потеряли почти все средства связи, под развалинами остались все документы, уцелел лишь узел связи штаба армии, расположенный в подвале в городе Кобрин. Нет знания обстановки, никаких данных о противнике и представления о собственных потерях. Генерал Сандалов вспоминает: «…командиры корпусов и дивизий, не имея постоянной связи с частями, не знали в первые часы войны истинных потерь и предполагали, что в районы сбора по тревоге части выйдут достаточно боеспособными, и противник не рискнет вторгнуться большими силами и направит на нашу территорию лишь отдельные банды».

Поэтому, например, командир 28-го стрелкового корпуса генерал-майор B.C. Попов считал, что ничего серьезного не произошло, и в 5.30 приказал командиру 6-й стрелковой дивизии «коротким контрударом выбить противника из Бреста», хотя выполнить эту задачу было не по силам не только уже небоеспособной 6-й дивизии, половина которой оказалась запертой в цитадели, но и всему корпусу. Но характерен стиль мышления советского генерала, а вернее, всего советского генералитета образца лета 1941 года.

Командование 4-й армии в первые два часа войны никаких самостоятельных решений не приняло. Убедившись, что действительно началась война, и получив из округа приказ «действовать по-боевому», оно пыталось проводить в жизнь довоенные схемы, которые не соответствовали реальности. К 10 утра в полосе армии создалась тяжелая обстановка, но осознать и оценить ее по-настоящему никто не смог. Только к полудню в адрес командования поступило несколько донесений о боевых действиях войск. После этого генерал Коробков отдал первые распоряжения: 28-му стрелковому корпусу не допустить дальнейшего продвижения противника на Жабинку; 14-му механизированному в составе 22-й и 30-й танковых дивизий сосредоточиться в районе Видомля, Жабинка, атаковать противника в Брестском направлении и восстановить положение.