Нет никаких сомнений, что назначение русского царя великим магистром было незаконным. В это время должность не была вакантной, да и для выборов не было кворума. К тому же при этом подразумевался суверенитет Мальты, а по этому поводу и французам, и англичанам было что сказать. Россия, где царила автократия, неизбежно становилась врагом революционной Франции, и, хотя она была союзницей Англии в общем желании не допустить, чтобы французы стали единоличными хозяевами Европы, у двух стран было очень мало общего. На самом деле британцы, как и их французские враги, были исполнены решимости не дать сухопутной России стать морской державой и обосноваться в Средиземном море.

Павел формально получил регалии должности в декабре 1798 года и вскоре после этого объявил, что создает второе, некатолическое приорство Российское, чтобы знать, придерживающаяся православной веры, тоже могла стать рыцарями святого Иоанна. Фон Гомпеша наконец заставили отказаться от должности. Он окончил свою жизнь бедным и опозоренным в 1805 году в Монпелье. Этот человек, возможно, был не слабее многих его предшественников, однако оказался в слишком тяжелых обстоятельствах. Автор комментария «Современный крестовый поход» заметил:

«Таким образом, de facto, но не de jure, Павел I стал 72-м главой ордена, а Санкт-Петербург – его штаб-квартирой. Русский император помог ордену пережить и враждебность революционеров, и ненасытность монархов.

Но Россия не получила Мальту. К сентябрю 1800 года британцы установили контроль над островом и не выказали намерения отдать его императору Павлу, заявившему на него претензии. Русско-британские отношения резко ухудшились. Накануне войны с Англией, однако, в ночь на 11 марта 1801 года Павел был убит».

Несмотря на то что преемник Павла Александр назначил одного из своих генералов главой ордена, русский интерес к нему, равно как и к острову Мальта, упал. Мальтийцы, поднявшие восстание против французских хозяев (они обнаружили, что революционное и атеистическое отношение неприемлемо для их консервативных чувств), позвали британцев на помощь. В результате с возобновлением военных действий между Францией и Британией в 1803 году последние стали фактическими преемниками ордена святого Иоанна на месте правителей Мальты. Это было официально подтверждено в 1814 году Парижским договором, по которому остров стал частью Британской империи. Надпись на Дворцовой площади Валетты сообщает, что новое право собственности на остров дано в 1814 году (чего не было в 1530 году, когда хозяевами стали рыцари) великой и непобедимой Британии.

В 1803 году папа Пий VII выбрал великим магистром Джованни Томази. После его смерти двумя годами позже в Катании последовал перерыв, во время которого орденом управляли лейтенанты, выбираемые рыцарями (но выбор утверждался Святым престолом). Конвент оставался в Катании 22 года и в 1826 году был переведен в Феррару, а еще через несколько лет – в Рим, где и остался. В это время, когда уцелевшие рыцари были разбросаны по всей Европе, не прекращались попытки получить от европейских стран какую-нибудь новую базу, из которой орден мог бы действовать в своем старом качестве – как щит христианства и защитник бедных и больных. Рассматривались острова в Балтийском и Эгейском морях, где он мог бы обосноваться и снова создать суверенное государство. Однако никто не горел желанием уступить даже самый незначительный остров или полуостров некогда известному, но теперь обнищавшему ордену. Теперь орден святого Иоанна, в сущности, стал тем, в чем его раньше обвиняли, – эксклюзивным клубом престарелых аристократов-католиков, продолжавших жить в прошлом.

Пока мелкие осколки ордена утверждались в странах, бывших родоначальницами восьми лангов, реальное возрождение острова началось в Риме. Здесь один из его членов завещал ордену Palazzo di Malta, который до сих пор является его домом. Война за веру ушла в прошлое, и члены ордена вернулись к своему первоначальному занятию – стали госпитальерами, как того хотел брат Жерар. Великое магистерство было восстановлено папой Львом XIII в 1879 году, и 74-м великим магистром после Раймунда де Пюи стал итальянец Джованни Баттиста Чески а Санта-Кроче.

Правда, доходы ордена были очень малы, и в его распоряжении имелась только совсем небольшая территория, над которой развевался флаг святого Иоанна – «белый крест мира на красном поле войны». Вопрос суверенитета ордена тоже неоднократно поднимался многими историками. В 1862 году итальянский министр помилования, юстиции и культов заявил, что «это в определенной степени всемирный орден… Лишенный суверенитета, которым он обладал сначала на Родосе, а потом на Мальте, он продолжает сохранять характер, который ни одна европейская держава не перестает признавать и уважать».

Некоторые историки, среди них и Келф-Коэн, утверждают, что орден лишился суверенитета после того, как покинул Родос. В любом случае не может быть сомнений, что после 1530 года орден больше не был независимым и суверенным, и Л’Иль-Адам, несмотря на все свои усилия, стал вассалом, хотя от него почти не требовали службы (ежегодная плата – один мальтийский сокол). Акт передачи Мальты определенно сделал орден вассалом Карла V как короля двух Сицилий. Если внимательно изучить документ, становится ясно, что орден, выплачивая номинальную арендную плату, по сути, стал арендатором Мальты. Родос рыцари завоевали для себя оружием и были приняты папой как его суверены. Между тем феодальные узы оказались настолько слабы, что после 1565 года великие магистры фактически имели международное признание, как суверены Мальтийских островов. Вассальная зависимость не противоречит суверенитету. Короли Неаполя и Сицилии, к примеру, являлись вассалами папы. Вопрос был окончательно решен 28 января 1961 года, когда гражданский суд Рима вынес вердикт, что орден является «ип ente sovrano internazionale…» (международным суверенным обществом).

Одна из самых интересных черт возрождения ордена в XIX веке – воссоздание ланга Англии. Некоторое количество рыцарей Оверни, Франции и Прованса в 1831 году по собственной инициативе, без согласия великого магистерства ордена, начали возвращать к жизни английскую ветвь. Орден, хотя всегда сотрудничал и находился в дружественных отношениях с английской ветвью, никогда не соглашался признать эту организацию ветвью первоначального католического ордена, основанного святым братом Жераром. Это английское приорство в 1888 году было преобразовано королевой Викторией в Британский орден рыцарства. Королева стала его суверенным главой и назначила своего сына, впоследствии короля Эдуарда VII, великим приором. Последний, большой любитель вина, женщин, игр и музыки, может показаться неподобающим великим приором, но только если не сравнивать его с некоторыми предшественниками XVIII века. С тех пор правящий монарх был главой ордена в Англии, а великим приором всегда был член королевского дома. Приорства и командерии были созданы на всех британских территориях Британского Содружества, и количество членов английской ветви ордена теперь достигло 16 000 человек.

Его историк сэр Ганнибал Скиклуна пишет: «Только орден святого Иоанна принимает христиан всех конфессий». Его цели: «поддержка и продвижение всех гуманитарных и благотворительных работ, направленных на помощь больным, нуждающимся, страдающим и находящимся в опасности, независимо от расы, класса и вероисповедания».