На борту находилось четыре кислородных прибора КПА-3бис. Запас кислорода хранился в восьми 12-л баллонах (по два на прибор). Его хватало на 8 ч полета на высоте 8000 м. Баллоны размещались в хвостовой части фюзеляжа. Там же, между 26-м и 27-м шпангоутами, на полу находилось гнездо для установки фотоаппарата АФА-Б.

В состав противопожарного оборудования входили два баллона с углекислым газом, установленные под полом пилота впереди штурвальной колонки, два баллона с четыреххлористым углеродом в мотоотсеках крыла, распылители, стоявшие на противопожарных перегородках, и трубопроводы.

На борту самолета также имелись ракетница и термометр наружного воздуха.

Бомбовое вооружение размещалось как на внутренней, так и внешней подвеске. В бомбоотсеке располагались шесть кассетных держателей: в передней и задней его частях — по два КД-2-240 (для бомб калибра до 100 кг), а в средней — два КД-3-240 (от 250 до 500 кг). На КД-2-240 можно было также подвешивать ампульные кассеты АБК-240 (по две на каждый). Кроме этого, бомбы можно было подвесить на двух внешних балках Дер-19-20 (для бомб до 1000 кг). Нормальная бомбовая нагрузка в бомбовом отсеке не превышала 1000 кг и допускалась в следующих вариантах: 10хФАБ-100 или 4хФАБ-250 или 2хФАБ-500. Максимум, что можно было разместить внутри фюзеляжа: 12хФАБ-100, или 4хФАБ-250, или 4хФАБ-500. Подвеска бомб на внутренние кассетные держатели осуществлялась ручной лебедкой БЛ-4, находившейся в кабине стрелка-радиста.

Снаружи допускалась подвеска двух бомб калибра от 100 до 1000 кг или двух выливных химических приборов ВАП-500У или УХАП-500. Максимальная же бомбовая нагрузка доходила до четырех тонн!

Бомбометание осуществлялось днем с помощью прицела ОПБ-2М с электрообогревом, а ночью — НКПБ-3. Для сброса бомб имелись электросбрасыватель ЭСБР-5 и аварийный механический АСШ-340. Последний устанавливался между штурманом и пилотом, так что они в любой момент могли им воспользоваться.

Оборонительное вооружение Ер-2 состояло из трех пулеметов. В носовой части фюзеляжа находилась установка типа ДБ-3Ф, на которой в шаровом шарнире крепился 7,62-мм пулемет ШКАС. Питание последнего осуществлялось разборной лентой из ящика на 1000 патронов. Стреляные гильзы и звенья собирались в мешке, присоединенном к пулемету.

В нижнем люке находилась выдвижная установка МВ-2 со вторым пулеметом ШКАС. В походном положении она была спрятана в фюзеляже, в боевом же опускалась вниз (предварительно следовало открыть люк). Стрелок вел огонь с колена, прицеливаясь через перископический прицел ОП-2Л. Выступающая в поток часть установки прикрывалась обтекателем, боковые створки которого изготовлялись из плексигласа. Штырь-ограничитель не давал направить ствол на хвостовое колесо. Питание пулемета осуществлялось лентой из коробки на 1000 патронов.

Сверху на фюзеляже размещалась экранированная турель ТАТ-БТ с 12,7-мм пулеметом БТ. Она имела убирающийся аэродинамический компенсатор. Питание пулемета — из сменных магазинов, каждый с лентой на 40 патронов. В боекомплект входили пять магазинов, четыре из которых укладывались в ниши по бортам фюзеляжа.

Прототип бомбардировщика (ДБ-240) был серебристым. При этом, судя по фотографиям, в отличие от других серийных машин (СБ, ДБ-3), сохранял естественный цвет дюралюминиевой обшивки.

Постановление Комитета обороны, предписывавшее заводу № 18 построить установочную партию из 70 бомбардировщиков, вышло 25 мая 1940 года, на седьмой день после появления документа о переходе на окраску самолетов в зеленый и голубой цвета. Однако первые серийные машины покинули заводские цеха позже, в апреле 1941 года.

Будучи самолетом цельнометаллической конструкции, Ер-2 окрашивался в светло-голубой цвет снизу и в светло-зеленый — сверху и с боков. Опознавательные знаки — красные пятиконечные звезды — наносились на крыло сверху и снизу и на наружные поверхности шайб вертикального оперения. Звезды, как правило, были обычных размеров и без окантовок.

С началом войны уже окрашенные самолеты начали камуфлировать. Для этого на светло-зеленую окраску верхних и боковых поверхностей нанесли черные пятна. Одновременно закрасили звезды на верхней поверхности крыла и добавили их с боков хвостовой части фюзеляжа. В строевых частях на кили наносили хвостовые номера. Они могли располагаться спереди снизу или сверху и сзади красной звезды. Цвет их, в зависимости от эскадрильи, мог быть голубым, белым, желтым или красным, часто номера имели контрастную окантовку. На самолетах, применявшихся ночью, дополнительно черной смываемой краской окрашивались нижние поверхности самолетов.

На побывавших в ремонте машинах в дополнение к двухцветному камуфляжу иногда появлялись пятна еще одного цвета. Дело в том, что с лета 1941 года на снабжение ремонтников вместо светло-зеленой эмали стала поступать зеленая масляная. Цвет ее был темнее, а оттенок более желтый. Расположение и форма новых пятен зависели от полученных самолетом повреждений.

В декабре 1943 года на авиазаводе № 39 в Иркутске кроме 30 Ил-4 выпустили два первых Ер-2. К этому моменту бомбардировщики окрашивались уже в трехцветный камуфляж. Среди утвержденных схем окраски специального варианта для Ер-2 не было, однако это не помешало самолету получить новый трехцветный камуфляж из светло-коричневых, зеленых и черных пятен. В отличие от стандартных схем, где доля темно-серого была меньше, чем любого другого цвета, в камуфляже первых серийных «еров» завода № 39 все три цвета были «равноправны».

Иркутский завод, как расположенный вдалеке от центра, не мог не испытывать дефицита в снабжении материалами. Относилось это в полной мере и к авиационным лакам и эмалям. В подобных случаях руководство предприятия и военная приемка могли допустить выпуск самолетов в камуфляже, в котором отсутствовал темно-серый или светло-коричневый цвет. Дело облегчалось и тем, что, как говорилось выше, для Ер-2 отсутствовала официальная схема камуфляжа.

На заводе нижние поверхности многих машин окрашивались в черный цвет. Как исключение, встречались машины, окрашенные в черный цвет целиком.

Одновременно с камуфляжем изменились и опознавательные знаки — прежние оказались недостаточно заметными. Это делалось по приказу «об улучшении видимости опознавательных знаков на самолетах ВВС КА» от 3 сентября 1943 года. Теперь они получили две окантовки: белую шириной 50 мм и красную — 10 мм, хотя и раньше вокруг звезд иногда наносили белый кант. Но для Ер-2 этого оказалось недостаточно. Его силуэт оставался малознакомым бойцам советской ПВО. Чтобы избежать обстрела своими же истребителями и зенитчиками, красные звезды на «ерах» рисовали максимально больших размеров. На вертикальном оперении они занимали всю площадь шайб.

В 1945 году на Ер-2 появляется необычный камуфляж. Границы цветовых полей представляли собой ломаные прямые. Такой стиль окраски и время его появления позволяют предположить, что цветами были серо-голубой и темно-серый. Подобную расцветку предполагалось ввести на всех самолетах советских ВВС с ноября 1944 года.

В отличие от подавляющего большинства советских самолетов периода Великой Отечественной войны, фотографии Ер-2 с нарисованными на бортах личными эмблемами, дарственными надписями или обозначениями побед неизвестны.