Подвойский сразу двинулся по стране. В приказе наркомата о его первой командировке значилось:

«Член коллегии Народного комиссариата по военным делам и член Высшего военного совета тов. Н.И. Подвойский командируется для производства инспектирования во всех местностях Российской Советской Федеративной Республики всех воинских частей и органов управления Рабоче-Крестьянской Красной Армии — для выяснения постановки дела организации, формирования, всеобщего обучения, боевой подготовки, всех видов снабжения, а также степени соответствия руководящих органов управления и должностных лиц армии в выполнении ими возложенных на них задач.

Тов. Н.И. Подвойскому предоставляется право самостоятельного разрешения всех вопросов, связанных с инспектированием армии, и издания относящихся сюда приказов и постановлений за своею личною подписью».

Если это было необходимо, Подвойский без колебаний пользовался данными ему широкими правами.

Первую остановку главный военный инспектор совершил в Курске, где власть была в руках анархистов, разогнавших местный Совет. Познакомившись с обстановкой, Николай Ильич издал суровый приказ:

«За неподчинение Советской власти, за антисемитизм, пьянство, ночные налеты приказываю у отряда военных моряков отобрать оружие и военное имущество, принадлежащее РСФСР, и предать всех суду революционного трибунала».

Объезжая Россию, Подвойский распространял воззвания. Одно из них, написанное 29 июля 1918 года в городе Борисоглебске, сохранилось, Подвойский подписывался так: «Народный комиссар по военным делам, член Высшего военного совета». Вот текст воззвания:

«Руководимые наймитами немцев, генералами Красновым и Дудаковым, банды казаков восстали против русских рабочих, крестьян и трудовых казаков.

Цель Краснова — посадить царя и вернуть помещикам землю. В местностях, куда приходят эти банды, царят произвол, насилие, грабежи и убийства. Никому, особенно иногороднему населению, не дается казаками пощады. Сжигаются дома и села, отнимается хлеб, все мужское население мобилизуется и сгоняется на фронт, на верную гибель.

Население тех мест, куда приближаются банды разбойников, бежит в панике. Волна беженцев расстраивает железные дороги и уничтожает запасы продовольствия. Все это, безусловно, отразится на вас, граждане Борисоглебска и Борисоглебского уезда, и принесет вам непоправимый ущерб.

Крестьяне! Казаки отнимут у вас тот урожай, который вы сейчас собираете.

Все должны стать, как один, на защиту Республики!

Все под ружье!

Не отдавайте бандам Краснова урожая!

Не теряя ни минуты, обучайтесь военному делу с утра до ночи!

Напряжение всех сил даст нам победу.

Товарищи саперы, кавалеристы, пулеметчики, артиллеристы, все бывшие унтер-офицерские чины, идите охотниками и помогите Республике создать и обучить полки.

Вы сейчас особенно нужны для обороны.

Придите со своими познаниями на помощь власти рабочих и крестьян.

Да здравствует Социалистическая Республика!»

Подвойский, находившийся на Южном фронте, оказался вовлеченным в царицынский конфликт, который положил начало вражде между Троцким и Сталиным. Первоначально Николай Ильич уверял, что это он рекомендовал бывшего генерала Павла Павловича Сытина на должность командующего фронтом, и очень хвалил его за распорядительность. Но после общения с находившимся в Царицыне Сталиным, который убирал бывших офицеров со всех постов и не хотел подчиняться Троцкому и Реввоенсовету Республики, изменил свою точку зрения и, вернувшись в Москву, написал на имя Троцкого свои соображения по поводу конфликта.

Подвойский рекомендовал Троцкому:

«1) должно отозвать от командования Сытина, 2) в отступление от принятой Реввоенсоветом Республики инструкции потребовать выставления реввоенсоветом Южфронта кандидата на должность командующего на условиях подчинения первого всем решениям коллегии, предоставив, таким образом, командование армиями Южного фронта самому Реввоенсовету в лице тт. Сталина, Минина и Ворошилова и возложив на весь Реввоенсовет всю тяжесть ответственности за операции на этом фронте».

Подвойский перешел в лагерь Сталина, что впоследствии спасло ему жизнь, но окончательно поссорился с Троцким.

Председатель Реввоенсовета и без того недолюбливал своего предшественника, считая его неумелым организатором, склонным к гигантомании.

Троцкий писал о Подвойском:

«Лицом к лицу с любой практической задачей он органически стремится вырваться за рамки ее, расширить план, вовлечь всех и все, дать максимум там, где достаточно и минимума. На гиперболичности плана можно без труда найти отпечаток его духа».

Подвойский постоянно пытался увеличить подведомственный ему аппарат в центре и на местах, что раздражало Троцкого — в условиях войны люди нужны были на фронте, а не в тыловых комиссариатах и комиссиях.

Троцкий не доверял и информации о ходе призыва, поступавшей от Подвойского, который отвечал за мобилизацию. В его докладах Красная армия росла не по дням, а по часам, в то время как штабные работники располагали куда меньшими цифрами.

Подвойский постоянно жаловался на Троцкого:

«За последнее время к Высшей военной инспекции обнаружилось самое непозволительное отношение со стороны председателя Реввоенсовета, его заместителя и Реввоенсовета в целом, а вслед за сим такое же отношение позволяют себе выражать и руководители некоторых центральных учреждений».

Пытаясь выйти из подчинения Троцкого и мечтая о полной самостоятельности, Подвойский задумал вывести Высшую военную инспекцию из состава Реввоенсовета и превратить ее в общегосударственный контрольный орган, который подчинялся бы только ВЦИК. Это поставило бы Подвойского на один уровень с Троцким.

Для начала Николай Ильич провел инспекцию наркомата путей сообщения и наркомата продовольствия по вопросам снабжения Красной армии, что весьма не понравилось другим наркомам и удивило Троцкого со Свердловым.

Подвойский направил Ленину «Записку о превращении ВВИ в Верховную Инспекцию при Совете Рабоче-Крестьянской Обороны».

Но Ленина эта идея не вдохновила, да и Подвойского он не видел в столь ответственной роли. Наркомат государственного контроля будет создан, но во главе встанет не Подвойский, а сам Сталин.

Видя маневры излишне активного Подвойского, Троцкий решил командировать его подальше от Москвы.

2 января 1919 года председатель Реввоенсовета, который на своем поезде постоянно перемещался по фронтам, прислал Ленину и Свердлову телеграмму:

«Ввиду необходимости обеспечить единство военной организации члены украинского правительства ходатайствуют о назначении тов. Подвойского украинским комиссаром по военным делам. Прошу в этом смысле решения ЦК партии…»

Ленин и Свердлов согласились. Причем самого Николая Ильича никто заранее не поставил в известность.