Марфа Нагая в своей грамоте также повторила версию бояр о том, что самозванец достиг престола с помощью «ведовства и чернокнижества». Она писала: «Он ведовством и чернокнижеством назвал себя сыном царя Ивана Васильевича, омрачением бесовским прельстил в Польше и Литве многих людей и нас самих и родственников наших устрашил смертью; я боярам, дворянам и всем людям объявила об этом прежде тайно, а теперь всем явно, что он не наш сын, царевич Димитрий, а вор, богоотступник, еретик. А как он своим ведовством и чернокнижеством приехал из Путивля в Москву, то, ведая свое воровство, по нас не посылал долгое время, а прислал к нам своих советников и велел им беречь накрепко, чтобы к нам никто не приходил и с нами об нем никто не разговаривал. А как велел нас к Москве привезти, и он на встрече был у нас один, а бояр и других никаких людей с собою пускать к нам не велел и говорил нам с великим запретом, чтобы мне его не обличать, претя нам и всему нашему роду смертным убийством, чтобы нам тем на себя и на весь род свой злой смерти не навести, и посадил меня в монастырь, и приставил ко мне также своих советников, и остерегать того велел накрепко, чтоб его воровство было не явно, а я для его угрозы объявить в народе его воровство явно не смела». (СГДД. Ч. 2. № 141.)

Получалось, что самозванец, будучи колдуном, всех обманул. Только Марфу с родственниками он не смог ввести в заблуждение, они знали истину. Поэтому Гришке пришлось досмерти запугать их.

Естественно, что такое объяснение царицы не могло удовлетворить жителей северских городов. Они понимали, что Марфа в очередной раз лжет, преследуя собственные цели — любым путем оправдать свое молчание о том, что Лжедмитрий не был ее сыном. Ведь за потворство самозванцу ей грозило суровое наказание.

Словом, отправленные из Москвы грамоты не проясняли истины и заставляли многих людей сомневаться в том, что новый царь В. И. Шуйский имеет законные права на престол.

Сведущие люди, конечно, знали, что предки В. И. Шуйского никогда не имели прав на Московское княжество, ни сын Александра Невского Андрей, ни брат Андрей Ярославин. Предки князей Шуйских владели только городом Шуя, находящимся сравнительно недалеко от Суздаля, и землями рядом с ним. В Шуе было развито скорняжное производство, поэтому царь Василий получил прозвище «шубник». Там же изготавливали сани и телеги, расписывали иконы, варили мыло. Все эти производства и промыслы приносили доходы Шуйским, поэтому они способствовали их развитию, заключая торговые сделки с московскими купцами. Владения Шуйских были и в других уездах: Московском, Бежецком, Волоцком, Звенигородском, Кашинском, Ростовском, Старицком, Тверском, Козельском, Новгородском и Псковском. За свою службу в XVI в. князья постоянно получали новые земли и к концу века считались одними из наиболее богатых людей страны. Современники отмечали, что среди князей-Рюриковичей Шуйские занимали первое место: по родовым преданиям, по энергии и незаурядным личным достоинствам. Среди них были крупные полководцы, заметные политические деятели (временщики В. В. Шуйский и его брат Иван, правившие за малолетнего Ивана Грозного), талантливые полководцы и воеводы (И. В. Скопа, А. М. Частокол, А. Б. Горбатый, И. П. Шуйский).

Вполне вероятно, что после гибели И. А. Шуйского царь потребовал, чтобы его сыновья прибыли на службу. Поэтому в апреле 1574 г. Василий оказался в царском войске. Ему была поручена роль оруженосца — нести вместе с помощниками царский лук и колчан со стрелами. В 1576 г. рындой царевича Ивана стал его следующий по возрасту брат — Андрей. В 1577 г. оба Шуйских получили настоящее боевое крещение во время похода царя на Ливонию. Он был очень успешным, поскольку удалось взять приступом 24 городка по Западной Двине.

Но затем продвижение по службе В. И. Шуйского замедлилось. Стареющий царь лишь составлял росписи полков, но их уже не водил. В сентябре 1580 г. князь Василий принял участие в последней свадьбе Ивана Грозного с Марией Нагой. Ему была поручена роль дружки жениха. В это время Б. Ф. Годунов исполнял должность дружки невесты, т. е. был ниже его по рангу. Жена В. И. Шуйского, дочь князя М. А. Репнина, была первой свахой. Присутствовали на этой свадьбе и другие Шуйские. Андрей был «стольником жениха с платьем», Дмитрию и Александру следовало мыться с царем в бане. Все это говорит о близком отношении князей к Ивану Грозному, поскольку свадьба с шестой невестой (по церковным правилам их полагалось иметь только три) считалась уже чисто семейным событием.

По данным некоторых Разрядных книг известно, что в 1581 г. В. И. Шуйский получил боярский чин и был назначен первым воеводой Большого полка, стоявшего на Оке и исполнявшего пограничные функции. В это время его брат Андрей стал воеводой Передового полка, находившегося в Калуге. В общей иерархии знати молодые братья Шуйские заняли следующие места после князей Мстиславских, состоявших с царем в родстве.

Князьям удалось сохранить достаточно высокое положение и при Федоре Ивановиче, возглавившем страну в марте 1584 г. Василий Иванович стал главой московского Судного приказа, его брат Андрей в 1585 г. получил боярство, Дмитрий — должность кравчего, Иван стал оруженосцем «у большого саадака», Александр — московским дворянином. Но в 1585 г. царь Федор решил наградить их старших родственников — доблестных защитников Пскова от войск польского короля Стефана Батория. Боярин В. Ф. Скопин-Шуйский был приближен ко двору и получил в кормление г. Каргополь, И. П. Шуйский получил боярство и часть Пскова в кормление.

В. И. Шуйский в это время был отправлен на почетное воеводство в Смоленск. Там он пробыл до 1587 г.

Росписи официальных мероприятий в первые годы царствования Федора Ивановича показывают, что князья Шуйские всячески пытались оттеснить Годуновых от трона. Но это им не всегда удавалось. Поэтому в 1587 г. они организовали выступление против царицы Ирины Годуновой и потребовали, чтобы царь с ней развелся «из-за неплодия». Руководителями этой акции являлись: И. П. Шуйский, Ал. И. Шуйский, митрополит Дионисий, крутицкий архиепископ Варлаам и несколько московских купцов.