Днем 3 июня вся Москва встречала гроб с мощами царевича Дмитрия. Он был установлен на красивой повозке, которую везли несколько лошадей. Недалеко от городской стены она остановилась, и к ней подошли царь Василий Шуйский, Марфа Нагая с представителями духовенства и боярами. Марфа и Василий, посмотрев на мощи, тут же воскликнули: «Мы видим истинного юного Дмитрия, убиенного в Угличе. Целы даже орешки, которыми он играл перед гибелью».

Естественно, что сведущие люди усомнились в правдивости слов Шуйского и Нагой. Ведь в Угличском следственном деле было четко зафиксировано, что царевич играл «в ножички». Но эта игра не подходила к новой версии гибели Дмитрия. Согласно ей, подосланные Б. Ф. Годуновым наемные убийцы Данила Битяговский и Никита Качалов зарезали мальчика во время игры в орешки. Члены правительственной комиссии, видимо, специально положили их в гроб царевича, предварительно замочив их в крови какого-нибудь животного. (В этой связи можно вспомнить о ножах, которые по указанию Нагих были вымазаны в крови куриц и положены на тела М. Битяговского и его родственников.)

Для того чтобы новая версия гибели царевича стала общепринятой, было написано «Житие царевича Дмитрия». Первый его вариант в редакции Тулупова достаточно краток. В нем рассказано о том, что после смерти отца Ивана Грозного Дмитрий из-за происков Б. Ф. Годунова был отправлен в Углич. Потом тот же Годунов стал подсылать к нему убийц. Первая попытка отравить его ядом провалилась, поскольку сам Бог спас царевича. Но потом наемникам Д. Битяговскому и Н. Качалову удалось зарезать ребенка. Его тело, обагренное кровью, было похоронено в местном Преображенском соборе. Заключается житие фразой о том, что ныне мощи «преславно проявились», став «неоскудным источником чудес». (РИБ. Т. 13. Стб. 879–884.)

Раку с мощами царевича Дмитрия установили в Архангельском соборе. Там же Марфа Нагая стала публично каяться перед всеми присутствующими в том, «терпела вору росстриге, явному злому еретику и чернокнижцу, не объявила его долго, и много кровь христианская от того богоотступника лилася, и разорение християнской вере хотело учинитися; а деялося то от бедности: потому как убили сына ея царевича Дмитрея по Борисову велению Годунова, а ее после того держали в великой нужи, и род ея весь по далним городом розослан был, и в конечной нужи жили; и она по грехом обрадовася, от великие нестерпимые нужи вскоре не известила». (РИБ. Т. 13. Стб. 85–86.)

Царь Василий с боярами великодушно простили Марфу Нагую, поскольку она еще была им нужна для разоблачения нового самозванца.

Вскоре выяснилось, что верующим разрешалось подходить к гробнице Дмитрия только с разрешения священника. Поэтому стали распространяться слухи о том, что исцеление болящих от прикосновения к мощам нового святого было заранее подготовлено. Хромые, слепые и больные на самом деле были здоровыми людьми, которым хорошо заплатили. Иностранцы были уверены в том, что останки царевича не могли хорошо сохраниться в течение 15 лет, что вместо них из Углича было привезено тело недавно скончавшегося мальчика.

Словом, акция с открытием мощей царевича Дмитрия и провозглашением его новым святым мучеником не слишком помогла В. И. Шуйскому в разоблачении авантюры Лжедмитрия.

Позднее появились новые варианты «Жития царевича Дмитрия». В них уже не было обвинения Б. Ф. Годунова в различных преступлениях. Появление Лжедмитрия объяснялось тем, что Бог сделал его орудием наказания за многочисленные грехи и неправды не одного Бориса, а всех русских людей. При этом подчеркивалось, что «праведный гнев не на веки». Отправив Лжедмитрия прямо в ад, Спаситель послал «истинного наставника православной вере, христолюбивого, благочестивого и благоверного царя Василия Ивановича». Доказательством прощения за грехи, по утверждению автора, стало явление чудотворных мощей нового святого царевича Дмитрия. Они наглядно свидетельствовали о том, что все самозваные царевичи — лжецы и обманщики.

Новая интерпретация событий, видимо, была связана с тем, что с приходом к власти В. И. Шуйского бедствия в стране не прекратились. Уже в августе 1606 г. стало ясно, что северские города подняли восстание и готовы вновь служить «царю Дмитрию», по слухам находящемуся в Самборе. На самом деле там поселился бежавший из Москвы сторонник Лжедмитрия Михалка Молчанов. Но за прежнего самозванца он выдавал себя только перед теми людьми, кто не встречался с Григорием Отрепьевым.

В. И. Шуйскому было ясно, что ему требуется надежный помощник в лице нового патриарха, который во главе духовенства будет разоблачать новых крамольников и смутьянов, стремящихся реанимировать Лжедмитрия.

Считается, что сначала царь Василий хотел сделать новым патриархом ростовского митрополита Филарета, который в миру был двоюродным братом царя Федора Ивановича Федором Никитичем Романовым. Именно у него как у кровного родственника царя Федора было больше всего прав занять после него престол. Но Б. Ф. Годунов с родственниками не позволили ему это сделать.

В. И. Шуйский в этом отношении также проигрывал Филарету, поэтому его выбор пал на казанского митрополита Гермогена, не имевшего родственных связей со знатью. Он был хорошо известен всем, поскольку публично выступил с порицанием желания Лжедмитрия жениться на иноверке Марине Мнишек.