Однако царя Федора Ивановича очень возмутило вмешательство в его семейные дела. Все противники царицы были сурово наказаны. Вместе с ними пострадали и их родственники, в том числе и В. И. Шуйский. На несколько лет вместе с братьями, Дмитрием и Иваном, он был отправлен в Галич под надзор приставов.

Позднее стремящийся к власти В. И. Шуйский представил эту кратковременную ссылку результатом злобных происков Б. Ф. Годунова. Себя же назвал невинной жертвой властолюбца.

В 1589 г. после смерти Ивана Петровича и Александра Ивановича все Шуйские вновь были возвращены ко двору. В мае 1591 г. Василию Ивановичу была поручена важная миссия — возглавить следственную комиссию, которой поручили расследовать причины гибели в Угличе царевича Дмитрия. С этим заданием князь Василий справился быстро и хорошо. Было допрошено более 150 человек и установлено, что царевич зарезался сам во время приступа эпилепсии. Результаты расследования были объявлены на заседании Боярской думы уже 2 июня и стали широко известны. Но потом сам Шуйский предпочел их пересмотреть в угоду политической конъюнктуре.

В конце 1591 г. В. И. Шуйский был отправлен первым воеводой Новгорода Великого. В условиях обострения отношений со Швецией после похода царя Федора на Нарву это было очень важное задание. Вернуться в Москву князь смог только после подписания Тявзинского мирного договора в 1595 г. С этого времени его опять стали приглашать на официальные приемы и торжества в царском дворце. Разрядные росписи показывают, что он вновь второй после Ф. И. Мстиславского. Годуновы занимали положение ниже него.

После прихода к власти Б. Ф. Годунова в 1598 г. Шуйские сохранили свое высокое положение при дворе. Причина была, видимо, не только в их знатности, но и в том, что Дмитрий Иванович был женат на сестре царицы Марии Григорьевны, урожденной Скуратовой-Бельской. Правда, в 1600 г. Василия Ивановича вновь отправляют на почетное воеводство в Новгород Великий. Его место в полках занимает князь М. П. Катырев-Ростовский, особо любимый царем Борисом.

Но в Новгороде В. И. Шуйский пробыл недолго. Очень скоро он понадобился Б. Ф. Годунову для разоблачения самозванца, который выдавал себя в Польше за спасшегося царевича Дмитрия Ивановича. По заданию царя князь часто публично выступал на московских площадях с речами о том, что настоящий сын Ивана Грозного давно погиб в Угличе и похоронен в местном соборе.

В январе 1605 г. Василию Ивановичу пришлось оказать еще более ощутимую услугу Годунову. В битве при Добрыничах он полностью разгромил войско самозванца и заставил того бежать в Путивль. Правда, преследовать Лжедмитрия князь почему-то не стал. Какими соображениями он руководствовался, неизвестно.

После смерти царя Бориса 13 апреля В. И. Шуйский был вызван в Москву. Там он должен был принять участие в венчании на царство Федора Борисовича. Но церемония не состоялась, поскольку находившееся под Кромами царское войско присягнуло Лжедмитрию. После этого москвичи подняли восстание против Годуновых и свергли их с престола.

В этой акции Шуйский не принимал участия, но и ничего не сделал для спасения наследника царя Бориса. Он не поехал на поклон к самозванцу в Тулу, поскольку хорошо знал истину. В этой «мутной ситуации» князь решил поймать «свою рыбку» — организовать заговор против лжецаревича и свергнуть его. Но первая попытка оказалась неудачной. После нее князь чуть было не лишился головы. Смертельная опасность не остановила храброго князя. Он просто решил действовать осмотрительнее и осторожнее. В итоге 17 мая его ждал полный успех — ненавистный самозванец погиб. Путь к престолу был открыт, следовало лишь доказать права на него. (Морозова Л. Е. Василий Иванович Шуйский // ВИ. М., 2000. № 10. С. 72–79.)

По стремительности взлета на царский трон В. И. Шуйского вряд ли можно было сравнить с каким-либо другим государем. Даже законные наследники, соблюдая приличия, венчались на царство через некоторое время после ухода из жизни их предшественников. Б. Ф. Годунов и вовсе опасался «надеть шапку Мономаха» и полгода откладывал коронацию под разными предлогами. Василий же слишком торопился, боясь появления более достойных претендентов. Но представители знати дружно поддержали его кандидатуру, видимо, опасаясь гнева простых людей, которые могли спросить их: «Почему на троне оказался лжец, обманщик и польский ставленник Гришка Отрепьев?» Бояре лишь потребовали, чтобы новый царь подписал Ограничительную запись в пользу Боярской думы. Отныне он не имел права кого-либо казнить или наказывать без согласия членов Думы. Вот текст этой записи:

«Божиею милостию мы великий государь царь и великий князь Василей Иванович всеа Руси, щедротами и человеколюбием славимаго Бога, и за молением всего Освященного собора, и по челобитию и прошению всего православного христианства, учинилися есмя на отчине прародителей наших, на Российском государстве царем и великим князем, его же дарова Бог прародителю нашему Рюрику, иже от Римского кесаря, и потом многие леты и до прародителя нашего великого князя Александра Ярославича Невского на сем Росииском государстве быша прародители мои… И ныне мы, великий государь, будучи на престоле Российскаго государства, хотим того, чтобы православное христианство было нашим царьским добропастным правительством и в тишине, и в покои, и во благоденствии. И повеле есмя яз, царь и великий князь Василей Иванович всеа Руси, целовати крест на том, что мне, великому государю, всякого человека, не осудя истинным судом з боляры своими, смерти не предати, и вотчин, и дворов, и животов у братии их, и у жен, и у детей не отъимати, будут которые с ними в мысли не были; также и у гостей, и у торговых людей, и у черных людей, хотя которой по суду и по сыску дойдет и до смертные вины, и после их у жен их и у детей дворов и лавок, и животов не отъимати, будут с ними они в той вине неповинны; да и доводов ложных мне, великому государю, не слушати, а сыскивати всякими сыски накрепко и ставити с очей на очи, чтобы в том православное християнство без вины не гибло; а кто на кого солжет, и, сыскав, того казнити, смотря по вине его: что было возвел неподелно, тем сам и осудится. На том на всем, что в сей записи написано, и яз, царь и великий князь Василей Иванович всеа Руси, целую крест всем православным христианам, что мне, жалуя, судити истинным праведным судом, и без вины ни на кого опалы своея не класти, и недругом никому никого в неправде не подавати, и от всякого насильства оберегати». (РИБ. Т. 13. Стб. 71–72.)

Следует отметить, что некоторые современники осудили Шуйского за это. Они полагали, что царь должен быть самодержцем и обладать всей полнотой власти. Поэтому у нового государя появилось еще одно прозвище — «боярский царь».

Анонимный автор «Истории в память сущим» так написал о приходе Шуйского к власти: «По убиении же розстригине в четвертый день малыми некоими от царьских палат излюблен бысть царем Василий Иванович Шуйский и возведен бысть во царьский дом, и никим же от вельмож не пререкован, ни от прочего народа умолен; и устройся Россия вся в двоемыслие: ови убо любяще, ови же ненавидяще его». (Сказание Авраамия Палицына. С. 266.)