Эта искренняя народность имела и другую, далёкую от гуманизма сторону. До февраля 1935 года по делам, связанным с убийством Кирова, шли аресты только среди бывших оппозиционеров внутри партии. Как докладывал в партийные органы города новый начальник Ленинградского управления НКВД Леонид Заковский, «с 1 декабря по 15 февраля 1935 года всего было арестовано по контрреволюционному троцкистско-зиновьевскому подполью — 843 человека». С конца февраля общее ужесточение внутриполитического режима затронуло уже совсем иные социальные слои. В бывшей столице Российской империи в течение марта 1935 года прошла операция НКВД по выселению «бывших», или, в терминологии тех лет, «контрреволюционного элемента» — в отдалённые районы СССР выслали свыше 11 тысяч человек, из них 67 бывших князей, 44 бывших графа, 106 бывших баронов, 208 бывших владельцев заводов, 370 некогда крупных помещиков, 383 бывших генерала и полковника царской и белой армий, 511 бывших жандармов.

10 марта 1935 года на совещании секретарей райкомов ВКП(б) пограничных районов секретари Ленинградского обкома партии Андрей Жданов и Михаил Чудов поставили новую задачу — проведение «зачистки» приграничных районов Ленинфадской области и Карелии от «контрреволюционного элемента». В тот же день Жданов проинформировал об этом решении лично Сталина, обосновав его вопросами «общей безопасности» на случай военного конфликта.

15 марта 1935 года постановлением ЦИКа за успехи и заслуги в деле руководства работой Горьковского края Жданов был награждён орденом Ленина, в то время высшей наградой СССР. Это была первая, но не последняя государственная награда в биографии нашего героя.

В тот же день Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило «Мероприятия по усилению охраны границ Ленинградской области и Карельской АССР», которые предусматривали выселение всего «неблагонадёжного элемента из пограничных районов Ленинградской области и Карельской АССР в районы Казахстана и Западной Сибири». Данное переселение осуществлялось в рамках общей подготовки границ государства к потенциальной мировой войне. Точно так же в 1937 года пройдёт переселение в Среднюю Азию корейцев, ранее проживавших в советском Приморье у границ тогда японской Кореи. Но «обеспечение» границ у Ленинграда было первой акцией такого рода. И не случайно с мая 1935 года Жданов стал членом военного совета Ленинградского военного округа.

Непосредственно Жданову поступали тысячи обращений и жалоб высылаемых. В отдельных случаях высылка отменялась. Так, 15 мая 1935 года по резолюции Жданова Ленинградское управление НКВД отменило высылку 76-летнего бывшего раввина Неймотина.

У нашего героя, как секретаря ЦК, оставался немалый круг обязанностей и в масштабах всей страны. 1 февраля 1935 года пленум ЦК ВКП(б), наконец, официально утвердил его кандидатом в члены политбюро. «Двойной» круг обязанностей Жданова породил специальное постановление политбюро от 20 апреля 1935 года: «Для облегчения работы Секретариата ЦК обязать т. Жданова из трёх десятидневок одну десятидневку проводить в Москве для работы в Секретариате ЦК».

Начатая после убийства Кирова «чистка» парторганизаций Ленинграда и области продолжилась уже в масштабах страны. 13 мая 1935 года всем региональным организациям партии была разослана директива ЦК ВКП(б) о проверке партийных документов и упорядочении дела учёта, хранения и выдачи партбилетов. Формальным поводом для проведения этой акции стал тот факт, что убийца Кирова Николаев проник в здание Ленинградского горкома по партийному билету.

ЦК принимает меры, чтобы «чистка» шла не формально, не механически. Чуть более чем через месяц, 23 июня 1935 года, выходит постановление ЦК «Об ошибках Саратовского крайкома ВКП(б)». В начале июля в Саратов направили товарища Жданова. Тот факт, что его доклад, прочитанный на пленуме Саратовского крайкома ВКП(б) 5 июля 1935 года, был не только напечатан в «Правде», но и издан отдельной брошюрой буквально через неделю, свидетельствует о важности для центральной власти ждановских пояснений к партийной чистке. Кстати, покидая Саратов, Жданов оставил там «своего» человека — нового редактора местной партийной газеты В. Касперского.

Брошюра Жданова — его первая общесоюзная публикация не в газете, а отдельным изданием — называлась «Уроки политических ошибок Саратовского крайкома». Она начиналась с раздела «Грубое нарушение партийной дисциплины». Было вскрыто два «грубых нарушения», и оба были связаны с нарушением директивы ЦК от 13 мая 1935 года. Первое из них — постановление крайкома, оставлявшее право принятия окончательного решения об исключении членов партии за крайкомом, в то время как ЦК оставлял эту прерогативу за первичной парторганизацией. Вторая ошибка была связана с самовольным сокращением сроков проверки с двух месяцев, установленных ЦК, до одного. Жданов специально обратил внимание на то, что крайком «недооценил значение директивы ЦК и значение всей этой работы, приравняв её к очередной кампании». «Двухмесячный срок был дан для того, — объяснял наш герой, — чтобы обеспечить надлежащее качество работы по проверке партийных документов, чтобы эту работу не пришлось переделывать, чтобы она была проделана тщательно».

Была и другая, неявная причина для критики — чрезмерное усиление местных руководителей в ходе «партчисток». В лице Саратовского крайкома выносилось предупреждение всем местным руководителям, сосредоточившим в своих руках больше власти, чем это было позволено свыше.

В Ленинградской парторганизации за два отведённых директивой ЦК месяца было «вычищено» 7274 человека, о чём сообщил Жданов на собрании городского партактива. Хотя среди исключённых было немало зиновьевцев, основной целью чистки было исключение формальных, пассивных членов партии.

«Политическая активность», по Жданову, являлась важнейшим Качеством коммуниста. Это требование было выдвинуто им 29 марта 1935 года, когда пленум Ленинградского горкома принял постановление «О задачах партийно-организационной и политико-воспитательной работы». В «Ленинградской правде» в преамбуле к постановлению говорилось: «Это постановление является документом первостепенной политической важности для нашей партийной организации. Оно даёт нам в руки развёрнутую программу работы Ленинградской партийной организации». На следующий день полный текст постановления был напечатан в «Правде», а затем разъяснения к нему появились в «Спутнике агитатора», журнале ЦК ВКП(б), который три раза в месяц издавался для партийного и комсомольского актива, партийных агитаторов и пропагандистов.

Так ленинградские инициативы Жданова становились программой не только ленинградской, но и всех партийных организаций СССР. Важнейшей задачей партийно-организационной работы в опубликованном документе было названо «налаживание воспитательной работы с каждым отдельным коммунистом» путём повышения идейного и культурного уровня, чёткого распределения обязанностей для более активной работы, сочетания помощи и строгой проверки. Рядовой коммунист, по Жданову, — это своеобразный «агент влияния» в среде беспартийных, а личный пример каждого члена партии — одно из самых эффективных средств пропаганды и рычагов для реализации нужных правительству мероприятий, будь то движение ударников или выполнение планов.

К середине 1930-х годов былая борьба за лидерство в партии сменилась не менее упорной борьбой сталинской группировки по созданию партийного аппарата и настройке его бесперебойного функционирования. Именно этим и занимался секретарь ЦК Жданов.