Горькая правда состоит в том, что Колчак ни при каких условиях не мог совершить столь желанную многими контрреволюцию, поскольку был неумелым военачальником, стоявшим во главе кучки в высшей степени коррумпированных, своекорыстных и заносчивых офицеров. Самой показательной является, вероятно, ситуация в Омске, когда Колчак предпринял главное наступление на Оренбург. Он оставил город, в котором 2000 «штабных» офицеров проводили все дни, сидя в кафе, или перекладывали бумаги в кабинетах, управляя армией, которая в лучшие дни насчитывала до 100 000 человек. По выражению Флеминга, Омск «превратился в авгиевы конюшни, а как вскоре стало очевидно, Колчак был далеко не Гераклом». Коррупция достигла масштабов эпидемии; процветала личная месть и сведение счетов, выражавшееся в убийствах и казнях. Тем не менее, веселье не утихало: «Кафе, казино и бордели были открыты день и ночь». Колчак не заботился и о своих солдатах. Когда Грейвс летом 1919 года направлялся в Омск, он нагнал состав с больными и ранеными, умиравшими прямо в вагонах, которые, похоже, были брошены на железной дороге на произвол судьбы. «Многие из этих людей были слишком больны, чтобы помочь себе, а на пять или шесть сотен раненых была всего лишь одна медсестра. Мы заглянули в первый вагон и обнаружили двух мертвых солдат и одного умирающего, товарищ которого, сам больной, поддерживал ему голову и пытался напоить». Некоторые солдаты выползли из вагонов и, обессиленные, лежали на земле. А всего в сотне метров от них, в парке, «веселая толпа», насчитывавшая не менее тысячи человек, наслаждалась концертом.

Транссибирская магистраль находилась в плохом состоянии, учитывая ее чрезмерное использование и ненадлежащее обслуживание в условиях военного времени. Мосты, депо, водонапорные башни и другие железнодорожные объекты были повреждены в результате боевых действий или саботажа. Туннели также пострадали, а подвижной состав и локомотивы выходили из строя из-за отсутствия регулярного техобслуживания. Чтобы исправить ситуацию, в январе 1919 года союзниками был создан, согласно соответствующему соглашению, объединенный Межсоюзнический железнодорожный комитет, в задачу которого входили эксплуатация и обслуживание как Транссиба, так и КВЖД. Комитет, включавший представителей всех государств, чьи войска находились в Сибири, щедро финансировался союзниками. Четыре главные державы — США, Япония, Великобритания и Франция — перечислили по 5 миллионов долларов каждая и взяли на себя основные работы по устранению ущерба, нанесенного войной и природой. Технический совет, осуществлявший руководство всеми работами, находился в Харбине, его возглавил американский инженер Джон Ф. Стивенс; разделение ответственности за каждый из участков железной дороги было закреплено документально. Американцы отвечали за отрезок протяженностью около 800 км, а чехи — за весь Западный участок Транссиба, в то время как японцы сохранили контроль над 3700 км пути, а китайцы отвечали за КВЖД под косвенным надзором японской стороны.

Все это указывало на то, что союзники собирались задержаться тут надолго, хотя их активная деятельность породила ряд вопросов. Учитывая, что война на западе закончилась, а чехи, которых они должны были «защищать», рвались домой, особенно после подписания в июне 1919 года Версальского договора, даровавшего им государственность, непонятно, что все эти оккупационные войска до сих пор делали в Сибири? И почему железная дорога находилась в руках иностранцев? У каждого из союзников было свое объяснение происходящего. Японцы, отказывавшиеся признавать власть Советов в том, что касалось военных действий, продолжали предпринимать атаки на местные партизанские отряды, которые поддерживали большевиков, в то время как американцы с каким-то даже мрачным упорством сохраняли нейтралитет, утверждая, что охрана дороги является их единственной целью. Японцы также отказывались покинуть территорию, прилегающую к Китайско-Восточной железной дороге, хотя, согласно принятому соглашению, линия входила в зону ответственности китайцев.

Когда режим Колчака начал разваливаться, вопрос о присутствии иностранных войск в Сибири стал еще более щекотливым. Наибольший успех сопутствовал Колчаку весной 1919 года, когда три его армии продвинулись на 400 км. Белые заняли Пермь, но затем перед ними раскинулись безлюдные просторы, которые они не могли преодолеть, и наступление остановилось. В то же самое время маршруты снабжения оказались перерезаны, и материально-техническая база истощилась. Военные грузы, щедрым потоком прибывавшие во Владивосток, не доходили до Колчака, поскольку шедшие по Транссибу поезда были слишком легкой добычей. Партизаны и красные совершали нападения, где только можно. По словам Файджеса, «разрушение партизанами километров полотна и их постоянные нападения из засады практически прекратили поставку по Транссибу жизненно важных ресурсов армиям Колчака на протяжении большей части наступления». Даже предполагаемые союзники Колчака, два казачьих генерала Семенов и Калмыков, тратили больше сил на то, чтобы грабить поезда, чем на поддержку Белого движения. Добраться до места назначения целыми и невредимыми поездам удавалось только ценой огромных взяток, которые нужно было платить как железнодорожникам, так и бандитам. Большая часть боевой техники оказывалась в руках у большевиков, и в какой-то момент Лев Троцкий решил продемонстрировать свое чувство юмора, послав Ноксу благодарственную телеграмму. По словам Грейвса, «100 000 человек, вооруженных и снабженных британцами, присоединились 1 декабря 1919 года к антиколчаковским силам. Большевики телеграфировали генералу Ноксу, благодаря его за помощь одеждой и снаряжением советским войскам».

Троцкий, руководивший военными действиями, передвигаясь на бронепоезде, был реальным прототипом ужасного комиссара Стрельникова в «Докторе Живаго», книге, основанной на опыте, полученном Борисом Пастернаком в Сибири. За два с половиной года, начиная с лета 1918 года, Троцкий совершил не менее 36 рейсов, точная цифра общего пробега составила 105 600 км (он имел привычку записывать расстояния), из них значительную часть по Транссибу, на прекрасно оснащенном бронепоезде, который стал его штабом и символом Красной армии. Состав, называвшийся «поезд Предреввоенсовета» — Председателя Революционного военного совета (должность Троцкого) — представлял собой частично бронепоезд, частично гараж с автомобилями и частично штаб, из которого Троцкий вел Гражданскую войну. Хотя кое-что со временем менялось, в поезде имелись «секретариат, типография, телеграф, радио, электростанция, библиотека, гараж и баня». Состав был так тяжел, что шел с двумя паровозами, а потом пришлось даже разбить его на два поезда.

В своем личном вагоне Троцкий «принимал являвшихся в пути с докладами, совещался с местными военными и гражданскими властями, разбирался в телеграфных донесениях, диктовал приказы и статьи». Когда поезд останавливался, Троцкий пересаживался на автомобиль, где размещалась команда пулеметчиков, и отправлялся на линию фронта или в солдатские казармы. Он рассказывал, как его появление обеспечивало большевикам поддержку на местах и давало моральный заряд, которого хватало на несколько недель: «Работа поезда была теснейшим образом связана со строительством армии, с воспитанием ее, с управлением ею и со снабжением ее)». Поезд был складом на колесах, снабжавшим воинские подразделения, действовавшие одновременно в 16 различных зонах боевых действий. Он не только имел запас необходимых материальных ресурсов, а именно сапог, кожаных курток, медикаментов, пулеметов, биноклей, карт, часов и других подарков, но и, как писал Троцкий, «у на с всегда было в резерве несколько серьезных коммунистов, чтоб заполнять бреши, сотня-две хороших бойцов… Все носили кожаное обмундирование, которое придает тяжеловесную внушительность».