В состав Никольской мануфактуры входили расположенные на территории 409 десятин (4,5 квадратного километра или, условно говоря, прямоугольник размером 2 на 2,25 километра) шесть основных фабрик (бумагопрядильная, ткацкая, красильная, набивная, отбельная и отделочная) и девять вспомогательных производств (чугунолитейный, газовый, химический заводы, слесарные и токарные мастерские, электростанция, торфоразработки). Семь контор-офисов в Москве и при фабриках осуществляли связь с поставщиками и клиентами. По данным Министерства финансов, в 1890 году Никольская мануфактура занимала по объему производства второе место среди всех российских предприятий, произведя товаров на сумму 13,3 миллиона рублей при числе рабочих 17,3 тысяч человек.

Как установила историк И. В. Поткина, Мария Федоровна перешла от единоличного к коллегиальному управлению с четким распределением обязанностей между четырьмя директорами компании. 27-летний Савва Морозов (по образованию инженер-химик, учившийся в Англии) возглавил производство и взял на себя вопросы технического оборудования и качества продукции. 29-летний старший сын Сергей (по образованию юрист), формально числясь директором, от фабричных дел часто самоустранялся — его влекла меценатская деятельность, поддержка русского искусства. Третьим директором стал зять Морозовых, муж дочери Александры — А. А. Назаров, ведавший поставками сырья, расчетами с иностранными партнерами, а также головным офисом фирмы (Московской конторой) и бумаготкацкой фабрикой. Четвертый директор, И. А. Колесников, отвечал за торговлю и документооборот.

В 1893 году Мария Федоровна как глава предприятия владела почти половиной всего пакета паев (48 %, или 2413 штук), сыновья Савва и Сергей имели по 13 %, прочие дочери и зятья — по 3–5 %.

В 1889–1890 годы была осуществлена техническая модернизация предприятий, задуманная еще Тимофеем Саввичем, но проведенная уже под руководством Марии Федоровны, в частности, переход к электрическому освещению взамен газового, был обновлен парк прядильных машин. В конце 1890‐х годов вместо старых английских паровых машин перешли на более мощные и экономичные паровые двигатели машиностроительного завода в Гёрлице (Германия) и швейцарской фирмы «Братья Зульцер», а также изготовленные на собственном механическом заводе товарищества.

Поменялась сбытовая стратегия: акцент был перенесен с оптовых сезонных продаж, которые в предыдущие десятилетия проходили на Нижегородской и других ярмарках, на круглогодичную оптовую торговлю. Торговля теперь шла через постоянные представительства фирмы в Петербурге, Нижнем Новгороде, Харькове, Ростове-на-Дону, Ирбите. Главной конторой оставалась Московская, располагавшаяся в сердце деловой Москвы — Китай-городе. Через нее реализовывали до 60 % продаж.

Продукция Никольской мануфактуры пользовалась огромным успехом по всей России, экспортировалась в Китай, Персию и ряд европейских стран. Тому способствовало высокое качество тканей, которые отличали изящный рисунок, прочный окрас. Образцы выпускаемых фирмой тканей из «Памятной книги Тимофея Саввича Морозова», дошедшей до нас в составе семейного архива Морозовых, и сегодня, спустя более ста лет, сохранили свежесть красок и особую шелковистую отделку лицевой стороны. Ассортимент был широким и включал не только набивные ситцы разных рисунков, но и гладкокрашеные плотные смешанные ткани для юбок и брюк, жаккардовые плательные ткани с вытканным рисунком (однотонные или в две нитки разных цветов), большую линейку полосатых разноцветных тканей для торговли в Средней Азии.

Объемы производства и продажи тканей, ваты, ниток, пряжи возрастали с каждым годом. За тридцать четыре года основной капитал Никольской мануфактуры повысился с 5 (1873) до 15 миллионов рублей (1907). За этим успехом стояла дальновидная стратегия хозяйки дела.

Очень часто при изучении истории жизни богачей-миллионеров журналисты и даже некоторые историки оперируют эпитетами «огромное», «грандиозное», «впечатляющее» состояние, не приводя конкретных цифр о размерах богатства и его структуре, хотя это интереснейший и очень важный вопрос.

О коммерческом таланте Марии Федоровны свидетельствует тот факт, что ко времени кончины ее состояние оценивалось почти в 30 миллионов рублей. Ее богатство было сравнимо по размеру с богатством представительниц родовой аристократии. Жизнь показала, что вера Тимофея Саввича в деловую сметку супруги оправдалась: за двадцать лет вдове удалось увеличить семейный капитал в пять раз.

Мария Федоровна любила наведываться в главный офис фирмы в Юшковом переулке (ныне Никольский переулок) Китай-города — благо жила неподалеку, в Большом Трехсвятительском переулке. Проверяла текущие финансовые документы, выслушивала отчеты о покупке сырья и сбыте готовых изделий.

Особняк в Трехсвятительском Морозова купила в 1864 году у миллионера-откупщика Василия Кокорева. Двухэтажный дом окружал (да и сейчас окружает, несмотря на расположение в самом центре Москвы) огромный сад. Здесь жили с родителями все Морозовы-«Тимофеевичи», пока не вылетали из родного гнезда, обзаводясь собственными семьями.

Любимым местом Марии Федоровны в доме был огромный зимний сад, где она читала, беседовала с посетителями. Здесь она позировала художникам, например Валентину Серову, передавшему в своей работе властный и непростой характер Морозовой.

Как женщина чрезвычайно богатая, Морозова позволяла себе некоторые причуды. Хотя именно при ней на Никольской мануфактуре было широко внедрено электричество, в собственных жилых комнатах она электричества не любила и предпочитала пользоваться свечами. Была большой аккуратисткой и бесконечно мучила слуг, заставляя протирать дорогим одеколоном дверные ручки и все предметы, к которым прикасались посторонние.

Мария Федоровна сохранила бразды правления, даже потеряв в 1905 году любимого сына Савву, погибшего при загадочных обстоятельствах во Франции. Савву нашли мертвым в отеле в Каннах, куда он уехал на лечение. Причина смерти Саввы Морозова осталась тайной. По официальной версии, он покончил с собой, однако точная причина смерти миллионера, водившего дружбу с большевиками, до сих пор остается неясной. Следствие не смогло установить, сам ли Морозов застрелился или ему «помогли», поскольку имелись свидетельства того, что по политическим и экономическим мотивам его могли убить бывшие «друзья».

О глубине переживаемого матерью горя родные догадывались лишь по неизменно черным платьям, которые она носила со дня гибели сына, и долгим молитвам, которым Мария Федоровна предавалась, уединяясь в домашней молельне. С потерей надежды и опоры в лице любимого Саввы безутешная мать все силы отдала сохранению фамильного дела.

Содержание ее духовного завещания, над которым Морозова много размышляла в последние годы жизни, свидетельствует об идеально выверенной стратегии укрепления семейного капитала. Душеприказчиками М. Ф. Морозова назначила самых близких людей из числа родственников-мужчин: сына Сергея Тимофеевича Морозова, зятя Григория Александровича Крестовникова (банкира, члена Государственного совета и председателя Московского биржевого комитета), родного брата своей невестки Ольги (жены Сергея Тимофеевича) Александра Васильевича Кривошеина — министра земледелия в правительстве Столыпина, а также внука Сергея Александровича Назарова. Все ее душеприказчики были профессиональными юристами — и в этом тоже проявилась тщательность подхода Марии Федоровны к ведению своих дел.