Но после знакомства с искусством Микеланджело, с его могучими формами, страстью и драматизмом подобная статичность композиции уже не устраивала Рафаэля и он её изменил коренным образом, решительно перейдя от фигур, застывших в горестном созерцании снятого с креста тела Христа, к их движению и введению резких контрастов. Судя по результатам радиографического анализа, в процессе работы над самой картиной Рафаэль то и дело вносил правку в размещение фигур на плоскости, чтобы добиться большей их компактности и выразительности. Поэтому он отказался от прямоугольной вытянутости по вертикали, как у Боттичелли, или по горизонтали, как у Перуджино. У него получился почти квадрат, в котором композиция обретает характер одновременности происходящего и центростремительности движения. Здесь налицо все признаки классического стиля. Но выбор формата не представляется удачным, поскольку ни одно из направлений не выглядит первостепенным и внимание зрителя раздваивается.

Впервые обратившись к трагической теме, Рафаэль не изменил своей натуре ни на йоту. Действие на картине развёртывается в знойный летний день, никак не располагающий настроиться на грустный лад. В прозрачных далях на фоне синеющих гор проступают стены и башни замка Антоньола, принадлежавшего семейству Бальоне, и дорога, ведущая из Перуджи в городок Умбертиде, а справа возвышается залитая солнцем гора Голгофа с тремя высокими крестами казни, прислонённой лестницей к одному из них, что посредине, и двумя одинокими фигурами.

Главное для художника — запечатлеть на картине движение людей, несущих на белой погребальной простыне только что снятое с креста безжизненное тело Христа с запрокинутой головой и висящими, как плети, руками. С его мертвенно-бледным телом резко контрастируют яркие одежды остальных персонажей в красных, синих, зелёных и жёлтых тонах, столь непривычных для дня похорон, что вносит некий диссонанс в композицию.

Тело несут трое мужчин, напрягшись под тяжестью. Один из них, держащий ношу в головах, неуверенно пятится спиной, осторожно нащупывая ногой ступеньки перед входом в пещеру. На него приходится основная тяжесть, что видно по напряжению самой фигуры. Чтобы уступить место двум другим лицам на картине, он повернул голову под тем же углом, что и повернута голова Христа.

Усиливая контраст между жизнью и смертью, художник придал физиономии человека, несущего безжизненное тело, черты, схожие с чертами мёртвого Христа. Оба лица обращены к небу, взывая к состраданию. Первому, несущему тело, помогает не оступиться мужчина средних лет и крепкого телосложения. Возможно, это Иосиф Аримафейский, на чьей земле находилась пещера с гробницей. По другим версиям, им мог быть неожиданно помолодевший Никодим, автор апокрифического Евангелия. Из-за его плеча выглядывает любимый ученик юный Иоанн Богослов, устремивший взгляд на бездыханное тело Учителя. Подбежавшая к ним рыдающая Магдалина удерживает свисающую руку Спасителя.

Вопреки иконографическим канонам замыкает шествие молодой атлетического сложения широкоплечий человек, с трудом держа на весу нижнюю часть тела. Он несколько откинулся назад под тяжестью ноши, чем лишний раз подчёркивается материальность переносимого тела. По замыслу это должен быть сын заказчицы Грифонетто Бальони, один из участников недавней кровавой резни, ставший её жертвой. Хотя картина была заказана в память о нём, художник, оказавшийся очевидцем той трагедии, не проявил к жертве сострадания. Отразив порывистость натуры молодого Бальони, он придал его лицу в профиль с развевающимися на ветру волосами отталкивающе надменное выражение.

Справа от основной группы, несущей тело, три женщины удерживают лишившуюся чувств Богоматерь. Одна из них с обнажёнными руками, сидящая на земле и резко повернувшая вправо торс, живо напоминает неудобную позу Девы Марии из «Святого семейства» кисти Микеланджело. Нетрудно заметить, что за исключением двух мирян, несущих тело, все остальные персонажи босые, чем подчёркивается вместе с нимбами над головами их святость.

Картина явно перегружена втиснутыми в ограниченное пространство квадрата фигурами. Их руки и ноги настолько тесно переплетены, что порождают некоторое композиционное замешательство. Например, Иосиф Аримафейский, задумавшись и непонятно на кого или на что устремив отсутствующий взор, даже не заметил, как придавил ступнёй ногу Магдалине. Непонятно, как правая рука Грифонетто дотянулась до края полотнища, чтобы удержать на весу ноги Христа. Не определено и положение правой руки Магдалины. Нельзя также не заметить, что сгрудившиеся вокруг Богоматери три светловолосые женщины и Магдалина все чуть ли не на одно лицо. Бросается также в глаза, насколько динамичны фигуры троих мужчин, несущих тело, в сравнении со статичностью группы женщин справа, чем нарушается целостность композиции, и она разваливается на две неравновеликие части.

Рафаэль чрезмерно увлёкся здесь передачей динамики и пластичности фигур, и у любого, кто смотрит на картину, невольно возникает подозрение, что трагичность сюжета несколько выпала из поля зрения художника. Кроме Магдалины и Богоматери, о нём, кажется, забыли другие персонажи картины, чьи лица хотя и выражают напряжение момента, но уж никак не скорбь. Если бы не превосходно написанное тело мёртвого Христа с непривычной розовой набедренной повязкой, то на первый взгляд не очень понятна причина, по которой все эти люди собрались на лоне природы в солнечный день. Этому впечатлению способствует также яркая палитра, усиленная предзакатными лучами. На переднем плане выделяются тщательно написанные цветочки львиного зева как символ непрерывности жизни.

Заказчица Аталанта Бальони была счастлива, что наконец её мечта сбылась и удалось достойно увековечить память сына и мужа.

— Мой Грифонетто получился у вас как живой! — воскликнула она, разглядывая картину. — Он всегда был порывистым в движении. Вы это точно передали.

От неё Рафаэлю стало известно о дальнейшей судьбе её родственницы донны Леандры Маддалены Одди. И это известие он воспринял не без волнения, так как в памяти сохранились счастливые сладостные мгновения. Распродав всё своё имущество, а вырученные средства раздав беднякам, донна Леандра приняла постриг, став насельницей одного затерявшегося в горах монастыря. Исчезла и милая хозяйка особнячка близ смотровой площадки. Как рассказали соседи, вдовушка после его отъезда вторично вышла замуж за военного врача и уехала по месту службы мужа в Милан.

Готовый алтарный образ, дополненный купольной частью и житийными клеймами, в написании которых помогал местный художник и друг Альфани, был помещён в фамильной часовне Бальони напротив другого рафаэлевского алтаря Одди и торжественно освящён в Сан-Франческо аль Прато. Перуджинцы не могли нарадоваться двум великолепным алтарям. От их присутствия и свойственного обоим яркого колорита старый храм словно помолодел и утратил мрачный облик, хотя обе картины были навеяны трагическими событиями, невольным свидетелем которых оказался сам автор.

По прошествии немногим более ста лет, 19 марта 1609 года, когда имя Рафаэля гремело во всём мире, а его творения ценились на вес золота, картина «Положение во гроб» была похищена и тайком увезена в Рим, где пополнила, как стало вскоре известно, богатую коллекцию кардинала Шипиона Боргезе, племянника папы Павла V. Когда пропажа была обнаружена, в городе разразился громкий скандал. Однако вернуть украденную картину не помогли ни петиции, ни протесты, и горожанам пришлось довольствоваться копией, выполненной по распоряжению папы римского живописцем Кавалером д’Арпино. По его посредственной копии можно судить, как за одно лишь столетие итальянская палитра утратила свою сочность и яркость колорита.