В 1770 году Карл III изъял из компетенции инквизиции дела, которые, на его взгляд, не должны были входить в сферу ее деятельности. Затем, в 1775 году, был принят закон, установивший безусловное равенство инквизиционных и королевских судов; этим же законом инквизиционным трибуналам запрещалось вмешиваться в светское делопроизводство и налагать любые наказания на королевских судей.

Всеми этими реформами Испания была обязана не столько Карлу, лишенному каких-либо особых талантов, а его выдающимся министрам. Президент королевского совета Кастилии граф Аранда мечтал о еще более решительной борьбе с инквизицией — в частности, он предлагал лишить ее права конфискации имущества арестованных. Инквизиция, разумеется, боролась против этого и преуспела: в 1773 году Аранда был отстранен от внутренней политики и отправлен послом в Париж. Позже инквизиция в попытках отомстить Аранде четыре раза начинала против него следствие, но так и не смогла привлечь его к трибуналу.

14 декабря 1788 года умер Карл III, и с ним прекратились реформы. Новый монарх, его сын Карл IV, был безвольным, беспечным и невежественным человеком. «Ему недоставало многих душевных качеств, которые так привлекали сердца к его покойному отцу. Его воспитанием до того пренебрегали, что нельзя даже надеяться, чтобы с течением времени он приобрел большие познания. Лишенный талантов, обучения и характера, он вечно будет жить в зависимости от других», — доносил русской императрице Екатерине II посланник при мадридском дворе Степан Зиновьев. Он целиком был во власти своей жены Марии-Луизы Пармской — капризной, легкомысленной и избалованной женщины, не лишенной, впрочем, воли и ума. Ненавидя тестя, она ненавидела также и его систему управления; со вступлением Карла IV на престол все должно было, по плану Марии-Луизы, измениться: в отставку были отправлены почти все виднейшие деятели прошлого правления, остался лишь один Флоридабланка, о котором писал все тот же Зиновьев: «Королева охотно отделалась бы от него, но, кажется, ее останавливает опасение, что такой человек, как граф Флоридабланка, пожалуй, найдет средство отомстить ей». В 1792 году, когда фаворитом королевы открыто уже сделался Мануэл Годой, Флоридабланке пришлось уйти, а Годой до конца правления Карла IV (с небольшим перерывом в 1798—1800 годах) стал во главе Испании. Это был типичный авантюрист — красивый, веселый, искусный музыкант, он без труда добился любви Марии-Луизы, всячески в то же время льстя королю, единственному испанцу, не знавшему, что Годой находится в любовной связи с королевой. При этом Годой был вернейшим поклонником инквизиции. Неудивительно поэтому, что царствование Карла IV, которое фактически было правлением Марии-Луизы и Годоя, явилось временем усиления власти инквизиции; этому, впрочем, способствовала также Великая французская революция, которая навела ужас даже на таких либеральных людей, каким был граф Флоридабланка, выступивший в защиту «правого дела», то есть французского короля Людовика XVI.

В 1789 году Карл IV издал эдикт, коим революционные идеи объявлялись ересью, подлежащей ведению инквизиции: отныне всякая политическая мысль, не согласующаяся с установленными в Испании обычаями, свидетельствовала о еретических взглядах ее носителя. Так как распространительницей политико-еретических идей была Франция, то инквизиция должна была следить за тем, чтобы ни одна французская книга политического содержания, ни одна газета не были привезены из-за Пиренеев. Затем был опубликован указ о высылке из Мадрида всякого, кто не имеет определенных занятий; предлогом выставили дороговизну хлеба, но главной целью было, по выражению Зиновьева, «выслать пристойным образом довольное число находящихся в Мадриде французов, бесстыдных вралей и болтунов». В 1791 году Карл IV распорядился о том, чтобы проживавшие в Испании иностранцы немедленно присягнули испанскому королю и католической религии и отреклись от всех своих привилегий, а также от сношений со своим отечеством и от покровительства своих консулов. Тем, кто сделать этого не пожелает, указ грозил галерами и тюрьмой или изгнанием из страны и конфискацией имущества. Прибывающим в Испанию иностранцам дозволялось находиться здесь, как правило, два месяца, и то по особому разрешению и с запрещением заниматься каким-либо ремеслом или торговлей. Проведение в жизнь всех этих указов поручалось инквизиции, и таким образом она была превращена в политическое орудие.

Но надо сказать, что и сама инквизиция, замечая, что в народе укрепляется отрицательное отношение к гонениям за веру, пыталась — в надежде сохранить свое влияние — приспособиться к требованиям времени. Роль политической полиции при мадридском дворе была, быть может, унизительна, но она спасала инквизицию от вынужденного безделья и создавала иллюзию ее необходимости. Характеризуя деятельность инквизиции в царствование Карла IV, депутат кортесов Канмани говорил: «Вот уже несколько лет, как инквизиция стала служить не святому делу, она сделалась государственной инквизицией, дворцовой и светской. Из деятельного учреждения она превратилась в пассивное, созерцательное; из страшного в трусливое; ее былое участие в жизни Испании превратилось в боязливую заботу о своем существовании. Чем другим, в самом деле, можно объяснить, что она ничего не предпринимала, когда происходили скандалы в безнравственном королевском дворце, откуда были изгнаны религия и честность? Представители святого трибунала дрожали от страха при виде отвратительного фаворита и в толпе других льстецов и карьеристов искали у него милости. Почему инквизиция не проявляла своего могущества и своей апостольской строгости, когда Годой святотатствовал и оскорблял религиозные чувства народа?»

Раболепствуя перед сильными, вымещая злобу на слабых, инквизиция принимала участие в многочисленных интригах царствования Карла IV и строила козни против того самого Годоя, милостивого внимания которого она, на первый взгляд, так добивалась. С ведома инквизиции три монаха донесли на первого министра инквизиции же, обвинив его в том, что он в течение восьми лет не молится, не исповедуется и грешит против нравственности, находясь в любовной связи сразу с несколькими женщинами. Севильский архиепископ Деспуиг и авильский епископ Мускис, державшие в руках главные нити заговора, всячески убеждали великого инквизитора Лоренсану начать против Годоя следствие. Но Лоренсана не решался на это без формального приказа папы Пия VI. Наконец папа под влиянием кардинала Винченти, друга Деспуига, написал великому инквизитору, что ему не следует оставаться равнодушным к скандальному поведению Годоя. Но письмо папы с припиской кардинала Винченти было перехвачено Наполеоном и отослано Годою, дружбой которого Наполеон в то время интересовался. Годой своеобразно отомстил заговорщикам: когда французы заняли папские земли, он отправил Лоренсану, Деспуига и Мускиса к Пию, дабы они выразили ему соболезнования в связи с поведением Франции. Годой, впрочем, не представлял никакой опасности для инквизиции, и она не особенно горевала по поводу этой неудачи, довольная уже тем, что первый министр не стал мстить более серьезным образом.

Совершенно иначе обстояло дело с Гаспаром Мельчором де Ховельяносом, членом королевского совета и одним из наиболее образованных людей своего времени. Знаменитый писатель и поэт, он в то же время приобрел славу одного из лучших испанских экономистов. В 1795 году он обратился к великому инквизитору Лоренсане с просьбой разрешить ему выписать из-за границы необходимые книги по минералогии и физике. Лоренсана ответил, что иностранные книги испортили немало профессоров и студентов, а потому он не может исполнить желание Ховельяноса. Мало того, одно уже ходатайство сделало Ховельяноса подозрительным, и инквизитор Лопес Гиль получил поручение следить за тем, какие именно книги читает Ховельянос. Однажды Гиль даже пробрался к нему в дом, когда Ховельянос отсутствовал, и тот, вернувшись, застал у себя непрошеного гостя с книгой запрещенного английского философа Джона Локка в руках. Последовал донос, и вскоре Ховельянос был арестован. Правда, почти сразу его выпустили, а в 1797 году и вовсе Карл IV назначил его министром юстиции. Инквизиция, в это время уже весьма осторожная в обращении с сильными мира сего, готова была оставить его в покое, но Ховельянос сам пошел в атаку, предложив проект реорганизации инквизиции на началах, выработанных еще Арандой. Согласно этому проекту, должности инквизиторов следовало ликвидировать, а суды в отношении ереси и всех других духовных преступлений передать в ведение епископов. Инквизиция перепугалась и обратилась за помощью к Годою, которого недавно хотела погубить. Годой и сам был недоволен усиливавшимся влиянием Ховельяноса на Карла IV и охотно вступил в союз с инквизицией: совместными стараниями Ховельянос был объявлен атеистом, в августе 1798 года удален с министерского поста и сослан в Хихон. Но и здесь инквизиция не оставила его в покое. Королю донесли, будто Ховельянос хочет уничтожить в Испании католическую веру и монархическую власть. После этого бывшего министра арестовали и заключили «на неопределенное время» в картезианский монастырь на острове Майорке, а затем перевели в крепость Пальмы, главного города острова, где он пробыл семь лет. Вышел Ховельянос на свободу только в 1808 году, когда лишился трона Карл IV и одновременно с ним пал Годой.