Филипп II в отличие от других испанских королей не вмешивался в назначения членов инквизиционных трибуналов, предоставляя в этом полную свободу великому инквизитору, тогда как сменивший его на троне Филипп III, наоборот, занимался этим весьма усердно. Например, когда 21 июня 1600 года великий инквизитор Гевара представил ему доклад, в котором просил разрешения переместить инквизиторов из одного трибунала в другой так, чтобы лучшие занимали должности в наиболее выгодных и обширных округах, Филипп III ответил отказом. Мало того, в 1603 году король сам назначал инквизиторов, фискалов и даже мелких инквизиционных чиновников. Судя по всему, Филипп III хотел вернуться к методам правления Фердинанда, поскольку считал недостаточным надзор над деятельностью инквизиции со стороны проводившего свое время большей частью за границей императора Карла и занимавшегося другими делами Филиппа II. Прибыв в Толедо на аутодафе 10 мая 1615 года, Филипп потребовал к себе дело Хуана Коте, обвинявшегося в лютеранстве, и сделал в приговоре несколько изменений, прибавив двести ударов розог и увеличив число лет тюремного заключения. По существу, это было вмешательством в судопроизводство инквизиции, от чего отказывался даже Фердинанд, и толедский трибунал в большом смущении извещал об этом Супрему, прося ее высказаться по этому поводу. Супрема, впрочем, одобрила действия короля, так как в изменении наказания принимал участие и великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас. На следующий день после аутодафе Коте был, однако, извещен, что розги, по великодушному желанию Супремы, отменены.

Тут надо заметить, что Филипп III проводил свою политику вмешательства в дела инквизиции с большой непоследовательностью, и рядом с толедским инцидентом 1615 года можно указать немало случаев, когда король заявлял, что полнота власти в инквизиционных делах принадлежит исключительно великому инквизитору. С другой стороны, нередко он поступал вопреки интересам инквизиции. Так, несмотря на ее многочисленные просьбы, он отказывался изгнать маранов из Португалии и даже даровал им — разумеется, за значительные суммы, — различные привилегии, в том числе всепрощение за совершенные еретические преступления. Но при этом был неумолим по отношению к морискам, которых изгнал из Испании к великому для нее ущербу. При Филиппе III — после того, как один рыцарь военного ордена оказал вооруженное сопротивление трибуналу, — юрисдикции инквизиции были подчинены военные ордена.

Филипп IV находился едва ли не в полном подчинении у инквизиции и часто слепо повиновался ее советам; тем не менее именно в его правление в 1643 году, после конфликта между Супремой и великим инквизитором из-за одного назначения, были выработаны правила о назначении и смещении служителей инквизиции, которые усилили значение королевской власти: отныне Супрема и великий инквизитор должны были представлять королю трех кандидатов на каждую новую должность, и король мог выбрать любого из них.

После смерти Филиппа IV и непродолжительного регентства на престол вступил несамостоятельный Карл II. Он никак не вмешивался в дела инквизиция, а она, в свою очередь, игнорировала права короны. Когда в 1705 году великим инквизитором стал Видаль Марин дель Кампо, ему было предоставлено исключительное право смещения и назначения инквизиционных чинов, и это право осталось за великими инквизиторами до конца существования инквизиции.

После смерти Фердинанда возник вопрос о том, кому принадлежит право назначения великого инквизитора. Папа Адриан VI утверждал, что предоставленная Фердинанду привилегия в этом деле носила индивидуальный характер и не должна переходить на следующего испанского монарха. Карл V не уступал и настаивал на своем праве назначать великого инквизитора, пусть и с согласия папы. В конце концов ему удалось добиться своего: после долгих переговоров 10 сентября 1523 года великим инквизитором стал его кандидат Алонсо Манрике, епископ Кордовы. Император торжествовал, но победа эта не носила принципиального характера, так как Адриан не только не связал себя на будущее никакими обещаниями, но и ясно дал понять, что соглашается лишь постольку, поскольку находит Алонсо Манрике наиболее подходящим кандидатом на пост великого инквизитора. По-видимому, император с этим согласился; во всяком случае, право папы в вопросе назначения великого инквизитора никем из испанских королей вплоть до Карла III не оспаривалось.

В 1774 году сложил с себя полномочия великий инквизитор Мануэл Кинтано Бонифас. Король отправил папе просьбу о назначении на его место саламанкского епископа Фелипе Бертрана, но ухитрился написать письмо так, что в нем собственно говорилось не о согласии папы предоставить Бертрану генеральное инквизиторство, а о необходимости освободить его от епископского места в Саламанке ввиду назначения великим инквизитором. Письмо Карла в курии получили в тяжелую минуту, когда после смерти 22 сентября 1774 года Климента XIV папский престол был свободен. Избранному 15 февраля 1775 года новым папой Пию VI было не до борьбы с Карлом, и 27 февраля он исполнил желание испанского короля. Правда, послание Пия мало чем отличалось от послания в 1755 году папы Бенедикта XIV при назначении великим инквизитором Бонифаса — в нем, как и прежде, говорилось о motu proprio папы. Та же формула была использована и при назначении Пием VI в 1784 году великим инквизитором Рубина де Севальоса.

Вопрос о том, может ли король сместить великого инквизитора, юридически не был оформлен, но столкновение светской власти с Манрике ясно показывает, что фактически король мог поставить великого инквизитора в положение, мало чем отличающееся от вынужденной отставки. Алонсо Манрике считался фаворитом императорской четы. В 1529 году Карл V, отправляясь в Италию, назначил императрицу опекуншей над юной графиней Луизой де Акунья, руки которой добивались самые аристократические женихи и среди них племянник великого инквизитора граф Тревиньо. Императрица поселила опекаемую невесту в самое безопасное, как ей казалось, место — в монастырь, но Манрике именно этим и воспользовался — пользуясь своей громадной властью, он устроил там свадьбу Луизы с графом Тревиньо. Императрица в ярости удалила Манрике из королевского дворца и приказала ему жить в его севильской епархии до тех пор, пока Карл вернется из Италии. Увещевания инквизиции не смогли изменить решения императрицы, и лишь в 1533 году, когда Карл возвратился в Испанию, Манрике смог снова свободно исполнять обязанности великого инквизитора. Правда, продолжалось это недолго: через год между ним и Карлом произошел новый конфликт, и Манрике опять был отправлен в Севилью, хотя номинально оставался великим инквизитором.

Другой случай столкновения между королевской властью и великим инквизитором произошел в 1598 году, когда Филипп III, под влиянием герцога Лермы невзлюбив великого инквизитора Портокарреро, обратился к папе Клименту VIII с просьбой издать буллу, принуждающую епископов жить в своих епархиях. Как епископ Куэнки Портокарреро вынужден был подать в отставку, покинуть Мадрид и переехать в Куэнку. Из-за этой же буллы покинул свой пост и следующий за Портокарреро великий инквизитор — кардинал Ниньо де Гевара. Его преемник Хуан де Суньига, епископ Картахены, обошел буллу Климента VIII, предоставив папе управление своей епископией на время своего генерального инквизиторства; но вместе с тридцатитысячным доходом от своей епархии Суньига потерял и здоровье. Мадридский климат оказался ему вреден, и он умер в том же 1602 году, когда и был назначен.