Акт передачи рыцарям Триполи и Мальты был утвержден великим магистром и орденским капитулом 25 апреля 1530 года. Через два месяца госпитальеры вступили во владение городом и крепостью Триполи, а осенью того же года передовой отряд рыцарей высадился на скалистом побережье Мальты.

Карта Мальты XVI века.

Серебряная монета ордена госпитальеров — 4 тари, чеканенная орденом в 1557–1568 годах.

Передавая Мальту и Триполи рыцарям, Карл V стремился создать в центральном Средиземноморье мощный форпост, надеясь на то, что рыцари помогут положить конец набегам североафриканских пиратов на побережье южной Европы. Корсары знаменитых братьев Хайруддина и Аруджа Барбароссы, из года в год совершавшие набеги на города и селения побережья Южной Франции и Италии, безраздельно господствовали в центральном и западном Средиземноморье. Остановить их можно было только с помощью могущественной морской силы. Стратегическое положение Мальты, находившейся всего в 60 милях от Сицилии, 220 милях от Триполи и 200 милях от южной оконечности Туниса, предоставляло для этого неограниченные возможности. Ни один из кораблей, проходящих через «канал» (так называли в те давние времена пространство между Сицилией и Мальтой), не мог уйти от галер ордена.

Тогда Карл V, вероятно, еще не предполагал, что скалистый суровый остров мог стать жизненно важным звеном в обеспечении торговых коммуникаций западного и центрального Средиземноморья. Левант находился под властью Османской империи, и трудно было предугадать, что недалек день, когда Мальта свяжет Дамьетту, Сайду и Триполи в Ливане с Марселем и портами Атлантического побережья.

В Северной Африке госпитальеры находились чуть более двух десятилетий (1530–1551). Эти годы были отмечены не только непрекращавшимися схватками ордена с пиратами и турками, экспедициями в Средиземноморье и к берегам Леванта, но и в особенности столкновениями с местным населением. В Триполи рыцари сразу же занялись восстановлением городской стены и крепости, контролировавшей вход в порт. На юго-восточной башне триполийской крепости до сих пор можно видеть барельеф с изображением св. Георгия. Он напоминает о коренной перестройке, которой подвергли госпитальеры старую турецкую крепость. Испанский гарнизон, покинувший Триполи с приездом рыцарей, оставил им в аренду на три года крепостные орудия и амуницию. Кроме того, 19 бронзовых пушек, также размещенных в крепости, были подарены английским королем Генрихом VIII.

Испанские завоеватели в Северной Африке стремились овладеть лишь береговой линией. Жители внутренних территорий североафриканских государств — Алжира, Туниса и Триполи — были настроены враждебно по отношению к европейским пришельцам и вели против них непрекращавшуюся борьбу. В Триполитании центром подобного сопротивления захватчикам стала Тажура, небольшой городок в 30 км к востоку от Триполи. С приходом испанцев здесь нашли убежище те, кто был недоволен новым режимом. Наместник Тажуры Хайруддин стал злейшим врагом госпитальеров. Он вел против них широкую агитацию во внутренних областях страны.

В 1534–1535 годах госпитальеры участвовали в восстановлении поддерживаемого Испанией режима в Тунисе, чем навлекли на себя большую ненависть триполитанцев. Однако экспедиция в Тунис была, пожалуй, единственным успехом испанской политики в Северной Африке во второй четверти XVI века. Внимание Карла V приковали осложнившиеся европейские дела. Об обещанной госпитальерам экспедиции в Египет, откладывавшейся год от года, он вскоре забыл.

Тем не менее рыцари-госпитальеры неоднократно пытались привлечь внимание испанского короля к своим заботам. Они нуждались в оружии и финансовых средствах для строительства новых городских укреплений. Однако просьбы их оставались без ответа. Отчаявшись, госпитальеры направили в 1540 году в Мадрид байли Петера Басима с поручением убедить императора в том, что если госпитальерам не будет оказана срочная помощь, то им не останется ничего другого, как взорвать крепость и городские укрепления и блокировать вход в порт, чтобы воспрепятствовать использованию его пиратами. Карл V категорически отверг требования ордена.

Ситуация несколько изменилась, когда губернатором Триполи в 1546 году стал Жан Паризо де ля Валетт, будущий великий магистр ордена. Ля Валетт был преисполнен решимости удержать Триполи любой ценой. Он укрепил дисциплину в рядах госпитальеров, оставив в крепости лишь тех рыцарей, на кого мог полностью полагаться, наладил отношения с местными жителями. Ля Валетт реформировал систему самоуправления и возобновил работы по реконструкции городских укреплений. Одно время он даже вынашивал идею переместить штаб-квартиру ордена в Триполи, оставив на Мальте лишь небольшой гарнизон. В письме орденскому конвенту он указывал на выгодное стратегическое положение Триполи, наличие в его окрестностях плодородных земель, возделывание которых могло бы обеспечить орден хлебом и овощами и тем самым укрепить его независимость от вице-короля Сицилии, через которую шли поставки продовольствия в Триполи.

Орденский конвент благосклонно воспринял предложение ля Валетта. Великий магистр заручился согласием папы, испанского императора и короля Франции относительно перевода ордена с Мальты в Триполи. Однако осуществлению этого плана помешал непредвиденный случай. Самая быстрая галера ордена «Катаринетта», на которой великий магистр отправил в Триполи огромную по тем временам сумму в 7 тысяч эскудо, предназначавшуюся для укрепления крепости, была перехвачена корсарами знаменитого средиземноморского пирата Драгута. Экипаж ее был доставлен на тунисский остров Джерба, и в качестве выкупа ордену пришлось заплатить по 300 эскудо за каждого пленного. Нечего было и думать, чтобы вновь собрать подобную сумму. Ля Валетту не оставалось ничего, кроме возвращения в 1549 году на Мальту. Мальта была не идеальным местом. На острове практически не оставалось леса. Древесина там была настолько дорога, что продавалась на вес. В качестве топлива использовался сушеный навоз и чертополох. Мальта лежала в стороне от морских путей. Зато на острове находился центр по производству парусов, а также производились специи. Также на острове имелись небольшие поля и виноградники, но и без госпитальеров еду на остров приходилось завозить извне (госпитальеры по договору получили право беспошлинно ввозить на остров сицилианскую пшеницу). Расположенный рядом остров Гозо был более плодороден, но там отсутствовала удобная гавань, а на 5000 человек местного населения имелся только один маленький замок. Многие здания главного города Мальты Медина были брошены, а небольшой замок Сант-Анджело прикрывал вход в великолепную бухту на восточном побережье. Арсенал замка насчитывал всего три пушки и несколько мортир. Другая гавань острова — Биргу — была по качеству третьей на Средиземном море после гавани Сиракуз и Тарента. На Мальте проживало около 12 000 крестьян, разговаривавших по-арабски и управляемых норманно-итальяно-каталанской элитой. Местом своей штаб-квартиры госпитальеры выбрали Майну, а не более крупный Биргу. Первым делом новоселам пришлось основательно укрепить замок Сант-Анджело.