В июле 1551 года турецкая армада, состоявшая из 115 кораблей, на борту которых находилось 10 тыс. солдат и большое количество осадных орудий, появилась у берегов Мальты. Ею командовали адмирал турецкого флота Синан-паша и Драгут. Предприняв неудачную попытку высадиться на берегах Мальты, турки разграбили остров Гозо, уведя в плен 5 тыс. его жителей.

В начале августа турецкие корабли появились в виду Триполи. Удержать плохо укрепленный город со слабым гарнизоном было невозможно. И тем не менее госпитальеры выдержали двухнедельную осаду, а затем при посредничестве французского посла в Константинополе д’Арамона договорились с Драгутом об условиях почетной капитуляции. 14 августа 1551 года сто французских рыцарей во главе с последним губернатором Триполи Валли покинули берега Северной Африки. Впоследствии Валли был обвинен в том, что он подписал акт капитуляции без согласия орденского конвента. На этом особенно настаивали испанцы, не без основания подозревавшие в двурушничестве посредничавшего при его заключении французского посла. Новым правителем Триполи турки назначили Драгута.

Военные операции госпитальеров на первом этапе их новой истории (пребывание на Мальте) были ограниченны и шли с переменным успехом. Действиям ордена активно сопротивлялась Франция, которая даже пошла на договор с Оттоманской империей. Так закончился период доминирования ордена во Франции. По возможности госпитальеры пиратствовали в Эгейском море. Орден не оставлял надежды вернуть себе Родос или, в крайнем случае, обзавестись базой на Сицилии. В 1551 году был потерян Триполи, поэтому ордену не оставалось ничего другого, как усилить оборону Мальты. Из Италии был приглашен знаменитый военный архитектор и инженер Антонио Ферромолино, разработавший систему обороны Биргу, оказавшуюся впоследствии способной выдержать мощный напор противника.

Особенно широкий размах строительство фортификаций приобрело после 1557 года, когда великим магистром был избран Жан де ля Валетт Паризо. Ля Валетту было суждено стать одним из самых выдающихся деятелей ордена госпитальеров. Еще при жизни о нем были сложены легенды: барды и менестрели воспевали его в своих балладах, а священники с церковных амвонов превозносили его качества христианина. «Француз и гасконец до кончиков ногтей, — писал о нем один из историков ордена аббат де Брантон, — он обладал привлекательной внешностью и свободно говорил на нескольких языках, включая итальянский, испанский, греческий, арабский и турецкий». В возрасте 28 лет он участвовал в защите Родоса. Султан Сулейман Великолепный впоследствии горько пожалел о своем великодушии, когда узнал, что среди госпитальеров, покинувших Родос на «Святой Анне», был и ля Валетт. Фанатичная преданность ля Валетта ордену (став рыцарем, он ни разу не посетил свое родовое поместье в Тулузе), личная отвага и справедливость создали ему непререкаемый авторитет. Некоторое время он был адмиралом орденского флота, нарушив традицию, согласно которой на этот пост избирались только итальянцы. Попав в плен во время одного из морских сражений, он целый год был рабом на турецкой галере. Согласно легенде галера, на которой находился ля Валетт, однажды сошлась в море с испанской галерой, где среди гребцов, окованных цепями, ля Валетт увидел Драгута, находившегося в испанском плену. «Такова военная профессия!» — крикнул он своему старому сопернику. «Нет, нам просто не повезло», — ответил Драгут. Ля Валетт был избран великим магистром в шестьдесят три года. Во время Великой осады ему было за семьдесят. Однако его мужество и энергия служили примером для молодых рыцарей.

Ля Валетт начал свою деятельность с приглашения на Мальту одного из выдающихся военных инженеров Европы Бартоломео Ганга. К несчастью, Ганга умер раньше, чем началось основное строительство. Его дело продолжил Бальтазаре Ланчи, разработавший планы новой столицы Мальты. В 1563 году папа наконец дал согласие на финансирование новых крепостных сооружений. Однако к этому времени опасность турецкого нападения настолько увеличилась, что разворачивать строительные работы не имело смысла.

Уже с начала 60-х годов на остров поступали известия, что в Стамбуле заканчивается подготовка большой турецкой армии для отправки в западное Средиземноморье. В начале 1565 года на Мальту прибыл вице-король Сицилии дон Гарсиа де Толедо, отдавший приказ о срочном направлении на Мальту подкреплений. К этому времени орден под командованием ля Валетта имел в своем распоряжении форты Сент-Эльмо и Сент-Анжело и укрепленные города Биргу и Сенглеа.

Англичанин Ричард Нолль в своей «Общей истории турок», написанной несколькими десятилетиями позже вторжения турок 1565 года, цитировал слова султана Сулеймана, сказанные перед нападением на Мальту. Нолль получил текст через французов, по своей аргументации он очень напоминает формулировку претензий Венеции к ордену госпитальеров. Сулейман сказал буквально следующее: «Я хочу покарать пиратов, которые возомнили себя оплотом христианства». Обращаясь к своим солдатам, султан продолжил: «Вы сами каждый день слышите рассказы купцов, которых эти мальтийские пираты, я не могу их даже назвать солдатами, ограбили в море. Пусть же свершится Божеский и человеческий суд».

На заре 18 мая 1565 года со стен форта Сент-Эльмо рыцари-госпитальеры увидели далеко в море приближающуюся к острову огромную турецкую армаду, состоявшую из 200 кораблей. Так началась Великая осада, вписавшая, пожалуй, самую славную страницу в историю ордена. Силы противоборствующих сторон были явно неравны. На острове находилось всего около 600 рыцарей с 7 тыс. вспомогательного войска. Количество мальтийцев, сражавшихся и погибших на стороне ордена, точно неизвестно, а турок было не менее 35 тыс. Европа с волнением следила за начавшейся осадой Мальты. Королева Елизавета сказала в эти дни: «Если турки овладеют Мальтой, трудно предвидеть, какие опасности могут последовать для остальных христианских государств». Во всех церквах Англии читались молитвы за успех госпитальеров.

Первую ночь после подхода к Мальте турки провели на якорной стоянке в небольшой бухте на северо-западном побережье острова. На рассвете 19 мая турецкий флот подошел к гавани Мерсамшетт. Рыцари не могли препятствовать высадке, поскольку не располагали достаточным количеством пушек.

История Большой осады столько раз рассказывалась и пересказывалась, что в итоге в ней нелегко отличить правду от вымысла. Еще Вольтер с сарказмом говорил, что ничто на свете не известно так хорошо, как осада Мальты. Сотни хроникеров, писателей и историков Церкви славно потрудились, описывая доблесть и героизм рыцарей-госпитальеров и ничтожество сарацинов. Постепенно эти рассказы приобрели характер нравоучительной легенды и обросли всяческими чудесами и маловероятными подробностями. Потребность непредвзято взглянуть на историю Великой осады появилась сравнительно недавно. Английский исследователь Брайан Блуэ с полным основанием указывает на то, что в обширной литературе по этому вопросу практически не использованы турецкие источники. Многие детали, излагаемые апологетами ордена, представляются сомнительными. И в самом деле, так ли велика была численность турецкой армии, как принято считать? Были ли победы рыцарей столь значительны, а предводители турецкого войска так бездарны?

Основным объектом атаки турок стал форт Сент-Эльмо. Потерпев неудачу в попытке взять его штурмом, турки начали создавать артиллерийские позиции для обстрела форта. Через несколько дней туркам удалось подойти к самым стенам форта. Они решили вновь пойти на приступ. Однако нападение было плохо подготовлено, осадные лестницы оказались слишком короткими, и рыцари легко отбили атаку, поливая нападающих расплавленной смолой и забрасывая их камнями.