Во главе правительства при юном царе опять становится Федор Шереметев, хотя главой боярской Думы при этом по-прежнему являлся Федор Мстиславский. И следующие шесть лет Шереметев фактически управлял государством от имени Михаила Романова. Он пытался сделать все, чтобы восстановить в государстве порядок, от которого после многолетней смуты, войн и восстаний практически ничего не осталось. От имени юного царя, из-за распутицы на несколько месяцев задержавшегося по пути в Москву в Ярославле, Шереметев вел с практически лежавшей в руинах столицей деятельную переписку. Он давал указания найти и приготовить для царя и его матери хоть какие-то покои, которые еще не были бы разрушены, и требовал, чтобы «на Москве и по городам, и по дорогам убивств и грабежей и никакого насильства не было» (тут, впрочем, его успокоили – убийства и воровство карались теперь очень сурово).

11 июля 1613 года произошло торжественное венчание на царство Михаила Федоровича. Шереметев как заведующий Казенным двором участвовал в шествии царя в собор, а после получил в награду за «Московское осадное сиденье» из поместья в вотчину село Курово в Рязанском уезде и огородное место в Москве за Петровскими воротами – раньше это место принадлежало Дмитрию Годунову, а затем Скопину-Шуйскому. Шереметев же обустроил там нечто вроде загородного дома.

Поляки же такими переменами в государстве были весьма недовольны. Они упрекали бояр в том, что те, изменив королевичу Владиславу, позвали на царство Романова. К тому моменту всем было очевидно, что польский король Сигизмунд и не собирался отдавать своего сына, чтобы тот управлял Московским государством, а хотел присоединить русские территории к Польше. И бояре ответили полякам так: «Сигизмунд сына своего на Московское государство во время, когда просили, не дал, а хотел сам Московским государством завладети». «И вам де, панам рады, – писали бояре, – ныне и впредь того, чтобы королевичу Владиславу быти на Московском государстве и поминати не пригоже, то дело уже бывшее!».

Шереметев же в августе 1615 года отправился в Ржев – по донесениям, туда двигалось шестнадцатитысячное войско шведского короля Густава Адольфа. Но тут опять сыграла репутация Шереметева – узнав, что русское войско, в котором было меньше пяти тысяч человек, подходит к Ржеву, Густав Адольф предпочел уйти из-под Москвы.

Однако войску Шереметева все же пришлось сражаться – в то время на русские земли совершал набеги отряд литовцев под предводительством Александра Лисовского. Не ожидая после бегства шведов нападения, Шереметев несколько недель вынужден был отбиваться, и его войско понесло большие потери. О своем бедственном положении он сообщил в Москву, но там у него хватало недоброжелателей, юный царь же вообще был не в курсе дел, а потому помощь не торопилась. И даже когда царь, узнав об осаде Ржева, отправил Шереметеву в помощь войско Михаила Барятинского, тот предпочел отсидеться вдали, и Шереметев собственными средствами вынужден был оборонять город – и, в конце концов, справился с этим делом. Барятинский был строго наказан за ослушание и за то, что упустил Лисовского, когда тот отступал. Шереметев же по приказу Михаила Романова распустил ратных людей по домам, а сам отправился в Москву, где оставалась его беременная жена Ирина. Со дня на день он ждал появления наследника, однако радость обернулась трагедией: жена Шереметева скончалась при родах, а на следующий день умер и его новорожденный сын.

После этого на некоторое время Шереметев отошел от государственных дел. Лишь через несколько месяцев он возобновил службу. Сначала его назначили начальником Разбойного приказа – вначале это была временная комиссия, учрежденная для уничтожения разбоев, которые тогда усилились. Но так как разбои не прекращались, то временная комиссия обратилась в постоянную, и таким образом явилась Разбойная изба, или Разбойный приказ.

Затем Шереметеву были поручены переговоры с английским послом Джоном Мериком, который пытался договориться о торговых делах. Переговоры затянулись – русские, в обмен на открытые торговые пути, хотели заключения с Англией союза против Польши. Однако пока шли переговоры, поляки решили послать в Москву комиссара с предложением о трехмесячном перемирии. Предложение это было принято, и 5 марта 1618 года царь Михаил Федорович отправил на переговоры с поляками Шереметева, боярина Даниилу Мезецкого, окольничего Артемия Измайлова и дьяка Петра Третьякова. Но переговоры так и не состоялись – правительство Польши нашло деньги для продолжения войны с Москвой, и необходимость в заключении перемирия отпала. Правда, Польша незадолго до того начала войну с Турцией, и московские дела отошли на второй план. Однако Москва готовилась к новой осаде: было определено, кому оставаться во время осады в городе, и в число этих тридцати людей попал и Шереметев. Осада не удалась – польское нападение было отбито, и после этого вновь зашла речь о перемирии.

В течение октября уполномоченные с польской и с московской стороны три раза съезжались за Тверскими воротами, но переговоры каждый раз заходили в тупик. Поляки продолжали укорять за измену Владиславу, Шереметев предлагал оставить бесполезные разговоры, а вместо этого договориться о заключении перемирия на двадцать лет, с условием, что Польша уступит Москве Смоленск, Рославль, Дорогобуж, Вязьму, Козельск и Белую, а кроме того, требовал возвращения пленников, в первую очередь – отца царя Михаила Федоровича, митрополита Филарета, который находился в плену у поляков уже девять лет. Наконец предварительное соглашение было достигнуто, и Шереметев поехал в деревню Деулино для заключения мира. Там дело снова застопорилось, а затем чуть не дошло до вооруженного столкновения с поляками.

Шереметев полагал, что заключить мир так и не удастся, но два дня спустя сами поляки позвали москвичей на съезд, который состоялся 1 декабря 1618 года, и где было заключено перемирие на 14 лет и 6 месяцев.

В Москве состоялся торжественный обед в честь успешного завершения дела, а после обеда послы, и в первую очередь Шереметев, получили награды за посольскую службу. В жалованной грамоте было написано, что Шереметев доставил «земле нашей и всему государству – тишину и покой и унятие крови». За эту важную услугу государству он получил четыре награды: соболью шубу, золоченый кубок с крышкой, сто рублей и вотчину с крестьянами.

Осталось лишь вернуть пленных, которые до сих пор находились в Польше, взамен отдав находившихся в Москве поляков. Но тут вновь начались сложности при переговорах. Поляки утверждали, что с их соотечественниками жестоко обращались в Москве, и требовали выкупа.

А в противном случае, – говорили они, – вернемся обратно, митрополита Филарета с собой увезем, да вновь пойдем войной на государство Московское.

Новых статей, мимо наказа государя и совета бояр, принять не можем, – отвечал им Шереметев, – угроз же никаких не боимся, ратных людей у нас самих довольно и поближе вашего.

Видя твердость митрополита Филарета и царских послов, польские уполномоченные согласились, наконец, на размен пленных, который и произошел 1 июня. Пока послы с освобожденными пленными оставались в Вязьме, царь неоднократно присылал бояр спрашивать о здоровье своего отца и Шереметева. Шереметев же сопровождал Филарета и в его торжественном шествии в столицу, куда они прибыли 14 июня 1618 года.