После возвращения в Москву Шереметев был по-прежнему близок к Михаилу Романову и пользовался большим уважением среди бояр, однако Филарет его недолюбливал, замечая, насколько высоко влияние на юного царя Шереметева, который фактически правил государством от его имени.

Между тем, царю необходимо было жениться и оставить наследника, и мать Михаила устроила смотрины. Были устроены смотрины, однако царица-инокиня Марфа заранее выбрала сыну девушку из знатной боярской семьи, близкой к семье ее родственников Салтыковых. Михаил, однако, спутал ее планы: обходя ряды красавиц, молодой царь остановился перед боярышней Марией Хлоповой. Марфа была в ярости, и под предлогом болезни выслала девушку из Москвы в Нижний Новгород. В октябре туда отправился Шереметев, чтобы лично узнать о самочувствии царской невесты. Не ограничиваясь расспросами, он сам наблюдал за здоровьем Хлоповой: 16 октября, вслед за врачебным освидетельствованием, Шереметев отправил в Москву подробное донесение обо всем, что было сделано, и «оговоры» Хлоповой выяснились как нельзя лучше. Вследствие этого, Салтыковы – двоюродные братья царя – были высланы из столицы на дальние вотчины: на них пало подозрение в том, что именно они отравили Марию. Разгневанная Марфа Ивановна поклялась, что не будет видеться с сыном, если царицей будет Хлопова. И в ноябре было решено, что государь «Марью Хлопову взять за себя не изволили», а Шереметеву было велено возвращаться в Москву.

Там Марфа уже нашла царю новую невесту – княжну Марию Владимировну Долгорукую из древнего рода потомков черниговских князей.

На свадьбе царя Михаила с княжной Марьей Владимировной Шереметев был «у постели» царя вместе с отцом царицы, Владимиром Долгоруковым, а жена Шереметева, боярыня Марья Петровна, с женой Владимира Тимофеевича, Марьей Васильевной, были у царицыной постели. Долгоруков, однако, не был так уж дружелюбно настроен к Шереметеву и пытался убедить царя отдалить его от себя. Незадолго до свадьбы у Шереметева и Долгорукова вышла ссора – Шереметев не одобрял женитьбы царя на княжне, поскольку хотел найти ему невесту сам и тем самым упрочить свое влияние.

Царь, впрочем, словам Долгорукова особого значения не предал и, отправляясь на четвертый день после свадьбы в Троицкий монастырь, оставил Шереметева своим наместником в Москве. В это время произошел ужасный пожар: сгорели Китай-город и Кремль. Шереметев понес такие большие убытки во время этого пожара, что, несмотря на свое богатство, не обошелся без частных займов для возобновления обгоревших хором. С этими долгами при жизни расплатиться он так и не успел.

А через несколько дней после свадьбы молодая царица заболела и через пять месяцев умерла.

Это Божья кара за то, как обошлись с Хлоповой, – шептались при дворе.

Царь Михаил, которому шел уже тридцатый год, остался бездетным вдовцом. Ему необходимо было жениться вновь, и снова были устроены смотрины, на которые съехались шестьдесят красивейших девушек государства. Но царю приглянулась не боярыня, а Евдокия Стрешнева, одна из прислужниц, дочь можайского дворянина и сенная девушка двора Шереметева. На этот раз царь сумел настоять на своем, но, опасаясь, как бы враги вновь не отравили его невесту, он до последнего не вводил девушку в Кремлевские палаты. Молодых обвенчал сам патриарх Филарет, отец жениха, и, разумеется, Шереметев присутствовал и на этом венчании, а позже вместе с тремя своими двоюродными племянниками – Василием, Борисом и Иваном – участвовал в торжественном шествии в Чудов монастырь, где происходило крещение царевича Алексея Михайловича – шел у повозки с опущенными шторами, в которой везли новорожденного царевича.

Шереметев, пользуясь огромным доверием царя, и впредь во время отсутствия Михаила «ведал» Москву. Он вел обширную переписку с воеводами городов, разбирал их отчеты, принимал гонцов, а позже еще и начальствовал над Печатным приказом – после пожара 1625 года во все концы государства были разосланы писцы для нового описания и межевания земель и составления новых писцовых книг взамен сгоревших. Возникало множество тяжб, нередко кончавшихся новыми крепостями или полюбовными сделками, а потому обязанности начальника Приказа печатных дел усложнились.

Но в 1632 году Шереметев отошел от дел – после долгой и тяжелой болезни умер его единственный сын от второго брака Алексей. По этой же причине он не принимал участия в новом военном конфликте с Польшей.

Моя бесконечная беда не позволяет мне думать о государственных делах, – говорил он.

По долгу службы он участвовал в разных придворных торжествах, но мысли его постоянно обращались к месту погребения его сына Алексея, рядом с которым он желал быть похороненным.

Однако именно Шереметев вел с Польшей переговоры о мире. Несмотря на весь его опыт, он оказался в затруднительном положении – требования поляков были совершенно невыполнимыми. Лишь несколько месяцев спустя был подписан окончательный мирный договор, по которому Владислав отказался от дальнейших притязаний на московский престол. Шереметев заключил даже негласное соглашение с Польшей, что «если Владислав умрет, не оставив потомства, то они изберут себе в короли русского царя».

Царь Михаил Федорович был очень доволен этим договором и выслал стольника Василия Бутурлина для почетной встречи Шереметева в селе Кубинском, а также наградил его богатыми подарками и стал именовать Шереметева «ближним боярином». Еще несколько лет спустя, за которые влияние Шереметева на Михаила Романова все усиливалось, он стал «тайнейшим и начальнейшим боярином в царстве». В апреле 1642 года царь указал Шереметеву сидеть в Приказе Большой казны – одном из важнейших учреждений, которое всегда поручалось ближнему боярину. Кроме того, Шереметев, будучи начальником Аптекарского приказа, всегда наблюдал за лечением царя, здоровье которого в последние годы сильно пошатнулось. Также Шереметев, входя в курс нового для Руси лечебного дела, ежедневно совещался с придворными докторами и, полагая, что покупать лекарственные растения за границей – в Англии, Германии, Болгарии – невыгодно, добился того, что лечебные травы стали собирать местные травники и доставлять их в аптекарский приказ.

Общаясь по долгу службы со многими иностранцами, Шереметев стал задумываться о том, как можно привлечь их на государственную службу. Благодаря его ходатайству, немцам было разрешено отправлять богослужение по их вере и отведен в Москве земельный участок для постройки церкви.

Но даже высокое положение, почет, которым он был окружен, и даже некоторая опаска, с которой к нему относились другие бояре, не занимали Шереметева. Он, будучи уже весьма пожилым человеком, собирался принять монашество и делал большие пожертвования монастырям.

Но кончина царя Михаила Федоровича несколько отодвинула отход Шереметева от дел. Царь скончался практически на руках у своего ближайшего соратника, который, по обыкновению наблюдая за состоянием здоровья государя, сам приносил ему прописанные докторами лекарства и постоянно находился возле него.

На престол взошел Алексей Михайлович, но Шереметев на коронации не присутствовал – он и сам был уже довольно серьезно болен и отстранился от дел, ссылаясь на старость и недомогание. Вместо него на церемонии присутствовал один из его племянников – Василий Петрович, нижегородский воевода, который, как и его дядя, пользовался доверием Романовых.