В записке нового начальника III отделения и шефа жандармов П. А. Шувалова указывалось, что «под внешностью общего спокойствия и порядка некоторые слои общества подвергаются разрушительным действиям вредных элементов, выпускаемых отчасти из извращенных ученых и учебных заведений», которые «проникнутые самым крайним социализмом… образуют себе приверженцев, распространяющих в народе вредные теории».

Тринадцатого мая 1866 года появился царский указ, определявший задачи «воспитания юношества в духе истин религии, уважения к правам собственности и соблюдения основных начал общественного порядка». Александр II при этом апеллировал к содействию «здравых, охранительных и добронадежных сил» общества. В мае же последовало закрытие журнала «Русское слово», а в июне — «Современника», бывших, с точки зрения властей, главными «рассадниками крамолы».

Во «всеподданнейшем» отчете о действиях III отделения и Корпуса жандармов за 1866 год подчеркивалось, что «обстоятельства дела о событиях 4 апреля представили фактические доказательства, что те разрушительные начала и пагубное направление, которые вкоренились в известной среде нашего общества, преимущественно в юношестве, не только продолжают существовать, но и приобретают все более последователей, не останавливающихся ни перед какими преградами и готовых на самые безнравственные и кровавые преступления».

Правительство, писал все тот же Голицын, «которое до сих пор мягко относилось к вопросу о нигилизме и нигилистах, теперь прибегнуло к более энергичным мерам… В 1867 г. был один только политический процесс, а с 1868-го по 1870-й — ни одного. Преследуемые внутри России нигилисты и социалисты принуждены были эмигрировать за границу, и в этот именно период началось усиленное бегство и паломничество в Цюрих и Женеву».

В сентябре 1867 года вместо ранее существовавших жандармских округов образуются губернские жандармские и жандармско-полицейские управления железных дорог (правда, последние до 1906 года не принимали участия ни в осуществлении политического розыска и надзора, ни в дознании по делам о государственных преступлениях, исполняя лишь общеполицейские функции).

Эти преобразования должны были осовременить систему политического розыска, приспособить ее к изменяющейся обстановке в стране. При этом губернским жандармским управлениям, ставшим основными розыскными органами империи по политическим делам о покушениях на государственную безопасность, вменялось в обязанность заводить и активно использовать «секретную агентуру для освещения и пресечения действий неблагонадежных лиц».

Как уточнялось в циркуляре № 17 шефа жандармов А. Л. Потапова от 14 февраля 1875 года, основной задачей жандармских управлений является наблюдение «за духом всего населения и за направлением политических идей общества», а также раскрытие и преследование любых попыток «к распространению вредных учений, клонящихся к колебанию коренных основ государственной, общественной и семейной жизни» в соответствии с законом от 19 мая 1871 года «О порядке действий чинов Корпуса жандармов по исследованию преступлений».

О масштабах деятельности III отделения как головного органа политического сыска империи свидетельствует тот факт, что только в 1869 году им было представлено императору 897 «всеподданнейших» докладов, заведено 2040 новых дел, получено 21 215 входящих и разослано 8839 исходящих документов.

В 1871 году в Петербурге возникает знаменитый кружок Н. В. Чайковского. Он просуществовал восемь лет, привлек в свои ряды тысячи участников и явился одним из главных организаторов знаменитого хождения в народ 1874–1875 годов — массовой общественно-политической кампании, охватившей, по официальным данным, тридцать семь губерний Европейской части России.

Полицейский аналитик Голицын сокрушался по этому поводу: «начался период образования и деятельности „кружков самообразования“ среди молодежи; кружки эти должны были заменить революционную организацию, и преследовать их было труднее. Кружки эти возникали повсюду, они были во всяком большом провинциальном городе».

В связи с этим правительство изыскивает новые способы борьбы с крамолой. Закон от 19 мая 1871 года вернул III отделению право производства дознания по всем государственным и политическим преступлениям, которого оно было лишено после издания судебных уставов 1864 года, а также позволил ему выносить «частные определения об отправлении неблагонадежных в ссылку или под надзор полиции в особом порядке».

Этот же закон, в связи с увеличением числа политических процессов в судах, возложил ведение дознания и следствия по государственным преступлениям на жандармские управления, минуя судебных следователей, как это было предписано судебной реформой.

С 1871 года III отделение С. Е. И. В. К. начинает ежегодно рассылать в жандармские управления «алфавитные списки» всех лиц, состоящих под негласным наблюдением политической полиции, а также тех эмигрантов, кто подлежит «задержанию в случае попытки приникнуть в Россию».

В 1872 году под негласным надзором 59 губернских жандармских управлений (не считая Петербурга и ряда уездов Петербургской губернии) состоял 1061 человек, а к январю 1878 г. эта цифра увеличилась до 2575 человек, причем сюда не входили поднадзорные в Польше, Финляндии и на Кавказе.

Если в административной ссылке на 1 января 1875 года (исключая Сибирь, Кавказ и Закавказье) находилось 15 829 человек, то к маю того же года их число возросло до 18 945 человек.

Для борьбы с «распространением крамолы», вскрытым в ходе многочисленных арестов 1874–1875 годов участников хождения в народ, в III отделении начинают создаваться так называемая библиотека «всех противу-правительственных изданий», а также «алфавит лиц, политически неблагонадежных» и фототеки «государственных преступников» (уже осужденных) и «неблагонадежных граждан» (к этой категории относились те, кто находился под гласным или негласным надзором жандармов и полиции). Губернские жандармские управления были обязаны высылать в Петербург фотографические портреты всех политически неблагонадежных подданных империи.

Начальник Московского управления генерал Слёзкин сообщал в III отделение, что в ноябре 1872 года там под тайным наблюдением находились 382 человека, причем он считал необходимым учредить секретное наблюдение еще за 250 лицами, в том числе за знаменитым адвокатом Ф. Н. Плевако по подозрению «в сочувствии к социально-демократическим идеям».

О тех, кто находился под негласным наблюдением, шеф московских жандармов писал следующее: «Преимущественная часть всех этих лиц ведет большое знакомство и старается в своих целях расширить круг его. Лица, с коими находящиеся под наблюдением знакомы и кои своим поведением обращают на себя внимание, жандармскому управлению частью уже известны. За сими последними… представляется также необходимость иметь самое строгое и бдительное наблюдение».

Для усиления борьбы с разраставшимся в стране оппозиционным движением Александр II 18 марта 1877 года образовал Особую комиссию, перед которой была поставлена задача «исследования и обнаружения причин быстрого распространения разрушительных учений в среде молодого поколения». К сожалению, материалы работы этой комиссии до историков не дошли.