Саладин (1171–1193) на первых порах не имел собственной армии и множества сторонников, располагал ограниченными ресурсами, но его победа над последними крестоносцами из Дамиетты заслужила ему уважение и принесла добычу, которую он благоразумно использовал, чтобы приобрести влияние и войско; в 1171 году, когда умер халиф, Саладин был уже достаточно силен, чтобы положить конец династии Фатимидов и провозгласить страну суннитским государством.

По смерти Нур аль-Дина в 1174 году Саладин заявил, что отныне он — султан Египта, и добавил к своим владениям Дамаск. Полоса удач продолжилась: в том же году умер Амальрик, чей молодой и слабый, страдавший от проказы сын Балдуин IV оказался втянут в бесконечную череду заговоров и интриг. Эти интриги отвлекали крестоносцев, и Саладин смог сосредоточиться на главной цели — объединение мусульманских земель Сирии, Северной Месопотамии, Палестины, Хиджаза, Йемена и Магриба; ему удалось этого достичь благодаря дипломатии, подкрепляемой при необходимости точно рассчитанными силовыми ударами. Сначала его критиковали за частые военные стычки с братьями-мусульманами, но многократные проявления мужества, щедрости, благородства, благочестия и справедливости вызвали восхищение в народе, а сам он немало сделал для воссоединения исламского мира и обращения мусульман против «истинного врага» — христианских захватчиков.

К 1187 году Саладин собрал значительную армию в 30 000 воинов, в том числе 12 000 конных. Он выманил противника из крепости, заставил проделать долгий переход по пустыне к Рогам Хаттина неподалеку от Галилеи, где 4 июля окружил и уничтожил истощенную армию крестоносцев (а заодно захватил Истинный Крест Господень, который с тех пор никто не видел). Латинское королевство осталось совершенно беззащитным, и вскоре Саладин занял его полностью, за исключением нескольких малых крепостей и хорошо укрепленных городов, таких как Антиохия, Триполи и Тир. В октябре Иерусалим снова оказался в руках мусульман после 88 лет христианского господства, и это событие привело к началу Третьего крестового похода (1189–1192), в котором приняли участие три величайших короля Западной Европы. В знаменитой борьбе с Ричардом I Английским по прозвищу Львиное Сердце Саладин нейтрализовал значительные силы врага, ограничив их продвижение вдоль побережья, и одновременно вел себя как истинный рыцарь без страха и упрека. Мир был заключен в ноябре 1192 года, Иерусалим остался за мусульманами, но долгие и трудные сражения измотали Саладина, и через три месяца он умер от лихорадки.

Хотя не более шести из двадцати двух лет его правления прошли в Египте, Саладин именно эту страну сделал центром исламской империи. Он преобразил столицу, открыл царский квартал Фатимидов для публики, предоставил дворцы войсковым командирам, построил новую резиденцию — Цитадель (строительство началось в 1176 году) — на месте воздушного купола Ибн Тулуна: убежище от жары и городского шума на холме под сенью горы Мукаттам. Цитадель оставалась царской резиденцией и местом заседаний египетского правительства вплоть до середины XIX века. Еще Саладин начал работы над 20-километровой оборонительной стеной, окружавшей Фустат и Кахиру (в его время — два отдельных города), судя по всему, используя в качестве строительного материала камни малых пирамид Гизы. Но вклад Саладина связан не только с военными кампаниями. Он привечал при своем дворе ученых и богословов, поощрял строительство общественных зданий, больниц и медресе (богословских школ). Его поразительный характер и выдающиеся достижения сделали Саладина одним из величайших героев средневекового Востока.

Саладин, изгнавший последних крестоносцев и провозгласивший себя султаном Египта в 1174 г.

Следовать Саладину было сложно, особенно учитывая его пожелание разделить империю между сыновьями и родственниками. Споры из-за наследства, вспыхнувшие после смерти Саладина, угрожали сокрушить империю, пока брат Саладина Аль-Адил (также известный под именем Сафадин; 1200–1218) не покончил с распрями в битве при Билбисе и не провозгласил себя султаном. Он оказался мудрым правителем, поддерживал торговлю, охранял мир с государствами крестоносцев, привел Египет к быстрому восстановлению после двойного бедствия, случившегося в начале правления: землетрясения в 1200 году и ужасающего голода 1199–1202 годов, не менее сурового, чем тот, что обрушился на страну при жизни предыдущего поколения. Обезумевшие от голода родители поедали собственных детей. Пойманных на этом преступлении сжигали заживо, а их обугленную плоть выставляли на всеобщее обозрение на рыночных площадях. Врач, посетивший в то время Каир, записал, что более 110 000 человек умерли от истощения.

Потрясения низвели Египет ко времени Пятого крестового похода (1217–1229) до положения второстепенной страны, но он по-прежнему оставался ключом к Иерусалиму. Успешное нападение на важнейшие укрепления в устье Нила в районе Дамиетты казались отличным началом христианской кампании, завоевание облегчила и смерть Аль-Адила, вероятно вызванная шоком от стремительных потерь. Однако крестоносцы не сумели воспользоваться первоначальным преимуществом, и даже необыкновенная сила убеждения Франциска Ассизского, тщетно пытавшегося обратить нового султана Аль-Камила (1218–1238) во время приватной аудиенции, не могла спасти их от поражения. После плохо спланированного наступления на Каир по засушливой территории, почти полностью лишенной водных источников, латинян изгнали из страны в 1221 году. Угроза Египту исчезла, но Аль-Камил не слишком доверял хрупкой системе союзов с соперниками-Айюбидами и в 1229 году заключил бесславное соглашение с императором Священной Римской империи Фридрихом И; по этому соглашению он уступал Иерусалим крестоносцам в обмен на военную помощь. Мысль о том, что Святой город можно так легко отдать противнику, возмутила мусульман.

Сын султана Аль-Салих Айюб (1240–1249) был поглощен внутренними проблемами и удержанием престола в борьбе с родственниками, а потому воспользовался поддержкой многочисленных мамлюков — солдат-рабов, лично преданных ему. Он привлек также кипчаков из степей Крыма и южной Евразии, разместил их в бараках на острове Рода в Каире; позднее этих солдат стали называть бахри-мамлюками (от бахр — «река»). Шаг оказался мудрым, поскольку Египет вскоре стал целью нового, Седьмого крестового похода (1248–1254), на сей раз во главе с королем Франции Людовиком IX, который решил отомстить за захват Иерусалима в 1244 году хорезмийскими тюрками — народом, явившимся из Центральной Азии в составе монгольского войска.

Повторяя успехи Пятого крестового похода, латиняне взяли Дамиетту (1249), но их дальнейшее продвижение по Дельте затруднили болота, из-за которых невозможно было обеспечить нормальное снабжение армии, а также распространившиеся заболевания. Узнай крестоносцы, что султан только что умер, возможно, они все же решились бы на битву и одержали победу. Но кончину Аль-Салиха в течение двух месяцев держала в тайне его грозная вдова Шаджар аль-Дурр («Древо жемчуга»), пока единственный выживший наследник, Туран-шах (1249–1250) не вернулся из Месопотамии и не смог занять трон. Тем временем мамлюки сокрушили французскую армию при Мансуре; сам король попал в плен, и за него запросили выкуп в миллион динаров. Бахри-мамлюки спасли египетское государство и защитили ислам, но для Айюбидов цена оказалась слишком высокой. Туран-шах прибыл в Каир, чтобы принять корону, но так и не смог утвердиться у власти, бахри вступили в сговор с Шаджар аль-Дурр и убили наследника. Так завершилось правление арабских династий и начался долгий период турецкого владычества в Египте. Страна оказалась в руках мамлюков, которые более двухсот пятидесяти лет становились султанами, а потом еще почти триста лет выступали в качестве вассалов Османской империи.