К этому времени имя Юсуфа стало известно следствию, и он был объявлен в международный розыск как особо опасный преступник. В Пакистане он долго находиться не мог, спецслужбы этой страны с начала войны в Афганистане тесно сотрудничали с ЦРУ. Можно было не сомневаться, что американцы легко добьются выдачи Юсуфа. Не желая испытывать судьбу, он перебрался в соседний Иран, где сразу же получил политическое убежище. Однако и в Иране Юсуфу не суждено было долго задержаться. В конце 1993 — начале 1994 года по Ирану прокатилась волна терактов, организованная суннитскими экстремистами, главным образом ветеранами войны в Афганистане. Кульминацией, положившей конец терпению иранских властей, стал взрыв в мечети имама Риза, во время которого погибли 26 молящихся и сотни получили тяжкие увечья. Учитывая бурное «революционное прошлое» Юсуфа, подозрение в организации терактов пало на него После организации взрыва в Нью-Йорке его специфическая известность в исламистских кругах затмила славу самого бин-Ладена. Он не рискнул испытать на себе «достижения иранской демократии». Отдавая себе отчет в том, что иранский суд во многом отличается от американского, то есть пытки, быстрое признание и голова с плеч. Рамзи Юсуф в первой половине 1994 года спешно покинул Иран и на короткое время перебрался вначале в Судан, а затем и на Филиппины.

Сложно сказать, встречался ли в те дни или вообще когда-нибудь Рамзи Юсуф с бин-Ладеном. Но можно со всей уверенностью утверждать, что Юсуф полностью разделял его взгляды и видел себя неотъемлемой частью созданного в то время «Братства бин-Ладена». Эта связь была двусторонней и эффективной, через различные организации (египетских исламистов и других) Юсуф постоянно получал значительные денежные средства от «шейха моджахедов».

С филиппинскими террористами Юсуфа связывали давние отношения, большинство членов местной террористической организации «Абу Сайяф», как и он сам, принимали участие в войне в Афганистане. Обосновавшись на Филиппинах, Рамзи Юсуф принялся за формирование своей собственной террористической группы. Его предыдущий американский опыт показал, что маленькие ячейки могут быть более эффективными, чем крупные организации. Теракт при наличии соответствующей подготовки и средств вполне по силам нескольким единомышленникам. Знание этих людей и эффективное управление ими (в чем Юсуф преуспел) уменьшают возможность провала из-за некомпетентности, случайности или внедрения в группу информатора. Одновременно Юсуф не прекращал сотрудничества с «Абу Сайяф» и по просьбе местных координаторов «Эль-Каэды» обучал членов этой организации методам диверсионно-террористической работы. Особую пользу местным террористам принесли знание и опыт Юсуфа в работе со взрывчатыми веществами: изготовление самодельной взрывчатки и взрывных устройств из находящихся в свободной продаже материалов — химических веществ и других средств.

В этой области Юсуф имел среди террористов репутацию непревзойденного умельца. Он представлял большую ценность (и, соответственно, опасность для цивилизованного общества), чем целая террористическая организация. Летом 1994 года в Манилу приехал личный представитель Осамы бин-Ладена. Стало известно, что Билл Клинтон собирается посетить с официальным визитом Филиппины в ноябре 1994 года. Бин-Ладен предложил осуществить покушение на американского президента. Центральная роль в осуществлении плана должна была принадлежать Юсуфу. Идея его заинтересовала, более того, Юсуф дал предварительное согласие на участие в деле. Но после детального ознакомления с информацией он отказался от задуманного. Юсуф был расчетливым реалистом. Оценив беспрецедентные меры предосторожности, предпринимаемые местными властями и американскими спецслужбами, он просчитал, что шансов на удачное проведение операции у него нет. Это характеризует Юсуфа как опытнейшего профессионала, умеющего хладнокровно соразмерять дерзость своих планов с возможностями их успешной реализации.

Вместо покушения на президента США он предложил совершить теракт против папы римского Иоанна Павла II, чей визит в Манилу был запланирован на первую половину января 1995 года. Юсуф обоснованно считал, что убийство папы римского потрясет весь христианский мир и может спровоцировать множество конфликтов между христианской и мусульманской частями населения. Осама бин-Ладен высоко оценил «стратегический план» Рамзи Юсуфа. Обострение религиозных противоречий помогло бы создать благоприятные условия для активизации исламского радикализма.

Запланированный визит папы римского Иоанна Павла ІІ должен был стать историческим событием, филиппинская и мировая пресса детально освешала будущую программу пребывания понтифика в Маниле. Юсуф без труда установил маршрут, по которому должен был проследовать официальный кортеж. Через одного из своих сообщников Юсуф снял квартиру, выходящую окнами на улицу по пути следования папы римского. Покушение планировалось совершить выстрелом из ручного противотанкового гранатомета.

Однако Юсуф вовсе не собирался ограничиться одним терактом, он планировал целую серию преступлений, которые должны были превзойти его «нью-йоркский успех». По его замыслу, в воздухе должно быть одновременно взорвано до десятка пассажирских самолетов, принадлежащих американским авиакомпаниям. Операция получила кодовое название «Боджинка», что в переводе с сербского языка означает «бомбардировка». Юсуф рассчитывал, что такие взрывы не только нанесут колоссальный экономический ущерб американским авиакомпаниям, но основательно парализуют все авиасообщение.

Для осуществления своих планов в конце 1993 года на территории Филиппин Юсуф создал диверсионно-террористическую группу из местных исламистов. Это были проверенные люди, имевшие навыки конспирации и преданные лично своему вожаку. Засекреченность была настолько тщательной, что, после того как организацию раскрыли, ее численный состав и личности всех участников установить не удалось. Каждый террорист имел кличку, любое упоминание иных, тем более подлинных, имен не допускалось.

Минкас — настоящее имя Вали Хан Амин Шах, друг детства Юсуфа, — стал его правой рукой. Сам Юсуф выходил на контакты только при крайней необходимости, вся организационная работа лежала на Минкасе. Он, как и Рамзи Юсуф, входил в число «арабских афганцев» и воевал в составе вооруженных формирований под непосредственным командованием бин-Ладена. В отличие от Юсуфа связь Минкаса с Осамой бин-Ладеном полностью доказана. Сам «шейх моджахедов» неоднократно называл его своим близким другом. В одном из интервью, данном бин-Ладеном, он так характеризовал Минкаса:

Вали Хан Амин Шах — мусульманский молодой человек, его прозвище в Афганистане было Лев. Он был среди самых храбрых мусульманских молодых людей. Он был моим близким другом, и мы вместе сражались в одних и тех же траншеях в Афганистане.

Когда британский журналист Джон Миллер напрямую спросил его о том, работал ли задержанный в Маниле Минкас на него или нет, Осама бин-Ладен спокойно, в свойственной ему расплывчатой форме сказал: «Я не знаю, что вам сказать… Мы — все в этом, все мы работаем для Аллаха».

Прежде чем взяться за взрывы авиалайнеров, Юсуф решил провести несколько испытаний своего устройства на земле. В номере 603 отеля «Дон Джозеф», снятом на имя Минкаса, Юсуф оборудовал небольшую химическую лабораторию для производства взрывчатых веществ и самодельных бомб со встроенным часовым механизмом. Он изготовил портативное взрывное устройство малой мощности, действующее на жидком нитроглицерине. 1 декабря 1994 года Минкас пронес взрывное устройство в столичный кинотеатр «Гринбельт» и оставил его в сумке в проходе между рядами. Когда начался просмотр фильма, Минкас запустил таймер и выскользнул из зала. Спустя несколько минут произошел взрыв. Бомба была малой мощности, взрывная волна прошла под креслами зрителей, легко пострадали несколько человек, оказавшихся рядом с бомбой. Юсуф остался удовлетворен результатом и решил повторить испытания, на этот раз в воздухе.