В мае 1981 года четвертый съезд НРПК избрал генеральным секретарем ЦК партии Пен Сована. Из восьми членов политбюро трое — Хенг Самрин, Чеа Сим и Хун Сен — были бывшими «красными кхмерами». Центральный комитет НРПК состоял из пяти ветеранов Кхмер Иссарак, десяти бывших «красных кхмеров» и двадцати новых партийцев без революционного прошлого. Помимо высшего партийного поста, майор вьетнамской армии Пен Сован получил должности заместителя председателя Народно-революционного совета (правительства) НРК, министра обороны и главнокомандующего Народно-революционной армией Кампучии.

В декабре 1981 года Пен Сована сместили со всех занимаемых постов, и вывезли во Вьетнам. Согласно официальной версии, у него обнаружилось тяжелое нервное расстройство как результат напряженной работы, постоянных головных болей, бессонницы и злоупотребления снотворными препаратами. По неофициальной версии, вьетнамцы заподозрили Пен Сована в неблагонадежности.

В дальнейшем Кампучией правил триумвират в составе: Хенг Самрин, председатель Государственного совета НРК, генеральный секретарь ЦК НРПК; Хун Сен, премьер-министр и министр иностранных дел НРК; Чеа Сим, председатель Национального собрания (парламента) НРК.

15—19 августа 1979 года Народно-революционный трибунал Пномпеня заочно приговорил Пол Пота и Йенг Сари к смертной казни за преступления геноцида против кампучийского народа. Таким образом, партийно-государственное руководство НРК подвело черту под своим прошлым, связанным с «красными кхмерами».

Народная Республика Кампучии оказалась в международной изоляции. Большинство членов ООН не признало правительство НРК и на сессиях Генеральной ассамблеи ООН голосовало за резолюции с требованием вывести вьетнамские войска из Кампучии, а также за сохранение места Кампучии в ООН за «красными кхмерами».

В оправдание своей поддержки «красным кхмерам» большинство западных стран стремилось преуменьшить последствия массовых репрессий «красных кхмеров» с целью локализовать внимание международного сообщества на негативных последствиях вьетнамского вторжения в Кампучию. В 1980-х годах западные средства массовой информации в подробностях описывали трудности жизни кхмеров под вьетнамской оккупацией.

Под влиянием антивьетнамской пропаганды большинство западных общественных благотворительных отказалось оказывать гуманитарную помощь населению Кампучии. Представители немногих международных неправительственных организаций, обосновавшихся в Пномпене после 1979 года, сотрудничали с разведывательными службами западных государств. Исключение составляли австралийские общественные организации, которые как могли помогали властям HPK, настойчиво требуя от правительства Австралии принять меры по организации международного трибунала над кликой Пол Пота и официально признать Народную Республику Кампучию.

Дипломатические отношения на уровне посольств с НРК установили Вьетнам, Лаос, СССР, Польша, ГДР, Чехословакия, Венгрия, Болгария, Куба и Индия.

В первые годы после образования НРК все сферы государственно-партийной, социально-экономической и общественно-политической деятельности в Кампучии находились под тотальным контролем вьетнамцев. Это обусловливалось как объективными, так и субъективными причинами. С одной стороны, вьетнамцы восстанавливали разрушенную «красными кхмерами» традиционную государственную структуру страны. С другой, Ханой сознательно выстраивал вьетнамский протекторат над Кампучией, навязывая НРК вьетнамский социалистический опыт в сферах государственного, экономического, политического и идеологического строительства.

Три теневые структуры определяли жизнедеятельность НРК. Высший орган («А-40») состоял из экспертов ЦК Коммунистической партии Вьетнама, готовивших рекомендации по ключевым вопросам развития НРК. Орган среднего уровня («В-68») состоял из вьетнамских советников при министерствах и ведомствах НРК. Третий орган («А-50») руководил вьетнамскими советниками, работавшими с провинциальной администрацией. В целях упорядочения работы вьетнамских советников, в 1983 году был создан координационный орган — Аппарат вьетнамских советников и специалистов в Кампучии, подотчетный Секретариату ЦК Коммунистической партии Вьетнама. Непосредственное руководство деятельностью вьетнамских советников осуществлял Руководящий комитет вьетнамских советников. Много лет его возглавлял член политбюро ЦК КПВ, командующий группой войск Вьетнамской народной армии в Кампучии, генерал-полковник Доан Кхюэ.

В Кампучии постоянно находилось не менее пяти членов ЦК КПВ. Регулярно, не реже одного раза в год, как правило, в Ханое проходили совместные заседания политбюро двух партий — КПВ и НРПК. Все решения всех государственных учреждений HPK принимались только с одобрения вьетнамских советников. Руководители групп вьетнамских советников при министерствах и ведомствах НРК имели ранг заместителей министров при соответствующих министерствах и ведомствах Вьетнама. По всей стране, на провинциальном и уездном уровнях, работало около пятисот вьетнамских советников, как правило, представителей породненных вьетнамских городов и провинций. В конце 1984 года, исходя из соображений безопасности, группы вьетнамских советников на уездном уровне упразднили.

При министерстве обороны НРК, генеральном штабе и главном политическом управлении Народно-революционной армии Кампучии находилось примерно полторы тысячи военных советников. С уровня роты и вплоть до высшего командования рядом с кампучийскими военнослужащими присутствовали и вьетнамские офицеры. Наряду с советниками при министерстве внутренних дел НРК, вьетнамские спецслужбы создали на территории Кампучии и Таиланда собственную агентурную сеть, неизвестную кхмерам.

В 1979–1985 годах вьетнамские советники направлялись в Кампучию на длительный период, без фиксированного срока командирования. Использовалась тактика вживания, максимальной адаптации к кхмерским условиям и достижения большего взаимопонимания, в том числе и посредством изучения кхмерского языка, с местными функционерами.

В середине 1980-х годов проявился феномен усталости от кампучийской проблемы. Вьетнамские советники открыто возмущались тяжелыми условиями работы в Кампучии (недружелюбное окружение, оторванность от семей, отсутствие отпусков, низкая зарплата). Рост недовольства достиг апогея осенью 1986 года, когда впервые за семь лет вьетнамского военного присутствия в Кампучии одно из подразделений вьетнамской армии, расквартированное в городе Сиемреап, отказалось выполнить приказ о выдвижении к таиландской границе.

После этого руководство Вьетнама объявило о начале переходного периода (1985— 87 гг.), в течение которого существенно расширились полномочия кампучийских чиновников в сфере принятия решений. Этот процесс проходил под наблюдением вьетнамских советников, которые по-прежнему оставались в Кампучии. Однако видоизменялись их функции — от руководящих к координирующим.

Вьетнамцы делали ставку на кхмеров, в преданности которых они не сомневались. Это были, во-первых, вьетнамские граждане кхмерской национальности, выходцы из Южного Вьетнама, во-вторых, молодые кхмеры, прошедшие длительную подготовку во Вьетнаме. Закрытые военизированные школы для молодых кхмеров были созданы во Вьетнаме в 1979–1980 годах. В эти школы набирали кхмеров-сирот четырнадцати-семнадцати лет, чьих родителей убили «красные кхмеры». После возвращения в Кампучию, начиная с 1986 года, выпускники этих школ вживлялись в государственные структуры НРК, работая секретарями Союза народно-революционной молодежи Кампучии в различных министерствах и ведомствах НРК с последующим вступлением в НРПК и дальнейшим выдвижением на руководящие посты.