Воцарение Аппака, естественно, было вызовом чингизидской традиции, однако вполне вписывалось в политическую ситуацию — кризис власти Чингизидов, упадок их авторитета в глазах подданных и увеличение числа факторов легитимации власти, позволявшее представителям нечингизидских родов претендовать на ханский трон. Соответственно, происхождение от халифа Али и высокий духовный авторитет сделали возможным воцарение Аппак-ходжи — влиятельного представителя мусульманского духовенства. Вместе с тем, следует учитывать и позицию его покровителя — джунгарского Галдана Бошугту-хана, который, стремясь установить собственный контроль над Кашгарией, но при этом сам не будучи Чингизидом, не счел целесообразным возвести на кашгарский трон потомка Чингис-хана, имевшего, согласно тюрко-монгольским политическим традициям, более высокое происхождение, нежели сам хан Джунгарии. Соответственно, Аппак в его глазах Выглядел более подходящим претендентом, поскольку опирался на серьезный фактор легитимации — религиозный авторитет, но при этом, не будучи связан с Чингизидами, не мог претендовать на более высокое положение, чем сам Галдан[623].

Вместе с тем, бросив вызов чингизидской традиции, Аппак поначалу, видимо, не считал религиозный фактор легитимации, на который он опирался, достаточно серьезным противовесом происхождению от Чингис-хана. Только этим соображением можно объяснить, что вскоре после своего воцарения он добровольно сложил с себя светскую власть и возвел на трон Мухаммад-Амина — племянника свергнутого Исмаил-хана, а сам взял в жены его сестру Падшах-ханым[624]. По прошествии некоторого времени новый хан решил совершить поход против ойратов, причем победил их, захватив до тридцати тысяч пленных, в том числе и несколько влиятельных джунгарских вождей. Трудно сказать, что побудило хана, который и на троне держался не очень прочно, и контролировал даже не всю Кашгарию (в ряде владений независимо правили его родичи), выступить против могущественного Джунгарского ханства. Скорее всего, его подстрекнул к этому Аппак-ходжа[625], который надеялся что хан в результате этого мероприятия либо потерпит поражение либо вызовет гнев ойратов, тем самым еще более ослабив и без того пошатнувшийся авторитет Чингизидов в Могулистане. Когда же этого не произошло, ходжа взбунтовал своих сторонников против Мухаммад-Амина, который был вынужден бежать из Яркенда и вскоре погиб, убитый одним из собственных приближенных[626].

На освободившийся трон около 1692 г. вновь вступил Аппак-ходжа, уже более уверенно опиравшийся на религиозный фактор, чем ранее, тем более что и соперников среди Чингизидов ему не находилось, несмотря на то что несколько потомков «Золотого рода» все еще пребывали в Кашгарии и претендовали на трон. Аппак умер в марте 1694 г., уже в качестве светского властителя передав трон своему старшему сыну Яхье-ходже (до этого времени управлявшему Кашгаром в качестве наместника отца), которого еще при жизни торжественно возвел на трон с титулом «ходжа-хан», несмотря на то что наследник не имел ни капли чингизидской крови[627]. Однако Яхья-ходжа полгода спустя после воцарения был убит вместе с двумя сыновьями в результате заговора Падшах-ханым, намеревавшейся закрепить трон за своим сыном Махди — младшим сыном Аппака, имевшим всего пять лет от роду[628]. Несомненно, ханша считала, что его позиции будут достаточно прочны в силу происхождения от халифа Али по мужской линии и от Чингис-хана по женской, однако просчиталась: спустя еще полгода и сама она была убита[629].

Воспользовавшись династическим кризисом белогорских ходжей, могулистанские Чингизиды попытались взять реванш: младший брат Мухаммад-Амин-хана, Мухаммад-Мумин, более известный как Акбаш-хан, захватил Яркенд, истребил множество фанатиков — сторонников белогорских ходжей — и вступил на трон. Чтобы создать противовес влиятельным белогорцам и самому опереться на религиозный фактор, он женился на вдове Яхьи-ходжи и к тому же решил призвать в Яркенд старейшину соперничавшего с ними клана черногорских ходжей — Даниель-ходжу. Однако в последний момент хан передумал и, уже получив согласие ходжи, не позволил ему приехать. Укрепившись в Яркенде, Акбаш-хан решил подчинить своей власти и Кашгар, однако местные жители, объявив своим ханом Ахмад-ходжу (третьего уцелевшего сына Яхьи-ходжи), призвали на помощь киргизов и сами выступили на Яркенд. Акбаш-хан потерпел поражение, причем разные источники по-разному сообщают о его последующей судьбе. Шах-Махмуд Чурас в «Анис ат-талибин» сообщает, что киргизы убили его, и это стало божьим наказанием хану за то, что он не пригласил в Яркенд Даниель-ходжу, как обещал[630]. Мухаммад Садык Кашгари утверждает, что Акбаш покинул Яркенд и выехал в Индию вместе со своим племянником Махди-ходжой[631]. Как бы то ни было, Акбаш оказался последним Чагатаидом на троне Кашгарии, после которого династия, по-видимому, пресеклась[632]. В том же 1695 г. сторонники «Золотого рода» в Яркенде попытались преодолеть династический кризис, поступив точно так же, как поступали хивинцы после пресечения династии Арабшахидов: они призвали на трон казахского Чингизида — султана Ишима. Однако он, будучи «чужаком» в Могулистане, так и не сумел упрочить свое положение и должен был покинуть город под давлением сторонников ходжей[633]. В результате с 1695 г. в Яркенде укрепился Даниель-ходжа, представитель черногорцев, а в Кашгаре — его противник Ахмад-ходжа, лидер бело-горцев, который, впрочем, вскоре был пленен ойратами, которые захватили Кашгар в союзе с признавшим их покровительство Да-ниель-ходжой[634].