Прошло всего пятнадцать минут после столкновения, а корабль начал быстро разваливаться. Третий помощник Паттерсон сделал попытку спастись на одном из ботов. Он собрал пять женщин и 10 членов экипажа. При спуске на воду бот сильно ударился о корпус и получил повреждение. С трудом он отошёл от корпуса «Брата Джонатана». Те, кто находился в нём, могли наблюдать, как судно постепенно погружалось в воду, разваливаясь под ударами волн. Спустя три часа бот достиг Кресцент-Сити. Четыре лодки спасателей попытались выйти из гавани, чтобы оказать помощь терпящим бедствие. Однако все были вынуждены вернуться. Усилившийся шторм не позволил им направиться к гибнущему пароходу.

На следующий день стало очевидно, что из 244 человек, находившихся на борту, выжили только 19.

Тела несколько дней прибивало к берегу от мыса Себастьяно в штате Орегон до Тринидад-Хед в Калифорнии, но большинство погибших так и не были найдены, уйдя в пучину. Долгие десятилетия это было крупнейшее кораблекрушение на тихоокеанском побережье Америки.

Ценности, находившиеся на борту «Брата Джонатана», также не были спасены. Попыток поднять их не предпринималось, хотя обломки судна найдены и были обследованы дайверами.

Гражданская война подходила к концу. Становилась очевидной разруха, царившая в южных штатах. Разрушенные войной города постепенно восстанавливались, но это требовало огромных средств. Золотая и серебряная наличность практически исчезли из оборота. Их заменили банкноты и товарные знаки, которые выпускали универсальные магазины и местная администрация. Разменной мелочью могло служить всё, что угодно, вплоть до купонов питейных заведений и пятицентовых билетов на трамвай.

Одним из многочисленных кораблей, которому предстояло перевезти золотые и серебряные монеты в Новый Орлеан, был деревянный 1275-тонный пароход «Рипаблик», построенный в Балтиморе в 1853 году.

Судьба этого парохода была на редкость бурной. Изначально, названный «Теннесси», он приступил к коммерческим перевозкам пассажиров и грузов в Атлантике. В 1855 году пароход совершил свой первый трансатлантический переход, затем был поставлен на линию между США и Южной Америкой. В 1856—1857 годах находился на никарагуанской линии, перевозя, вместе с другими пароходами Корнелиуса Вандербилта, старателей, стремившихся нажиться на калифорнийской «золотой лихорадке».

После закрытия никарагуанской линии пароход вновь сменил маршрут и был поставлен на линию между Нью-Йорком и Новым Орлеаном. Именно там пароход и встретил начало Гражданской войны в США, став временно одним из боевых кораблей Конфедерации южных штатов. В1862 году федеральные войска, напав на Новый Орлеан, захватили «Теннесси», превратив его в один из кораблей, осуществлявших в это время блокаду побережья южных штатов.

Быстрое и надёжное судно тут же было направлено в Мексиканский залив, где помимо своих основных обязательств оно еще и доставляло почту и различные товары для федеральных войск. «Теннесси» пришлось поучаствовать и в боевых действиях, когда федеральные войска начали решительное наступление в дельте Миссисипи, затем в битве в заливе Мобил.

После того как флот северян захватил Мобил и стоявший там броненосец южан «Теннесси», возникла необходимость в переименовании парохода. В честь победной битвы в 1864 году ему дали новое название — «Мобил». После этого с новым именем пароход продолжал свою службу, как один из кораблей эскадры береговой блокады.

К концу Гражданской войны стало совершенно очевидно, что пароход всё более и более нуждался в срочном ремонте. Постоянные штормы и повреждения, полученные в сражениях, привели к износу корпуса. В конце 1864 года «Мобил» был списан и выведен из состава ВМФ США, а в начале 1865 года выставлен на аукцион и куплен Расселом Старджисом и группой инвесторов. Пароход был восстановлен и прошёл необходимый ремонт, после чего получил новое имя — «Рипаблик». Именно под этим названием ему было суждено вписать трагическую страницу в историю мореплавания.

В мае 1865 года «Рипаблик» был поставлен на линию Нью-Йорк — Новый Орлеан. За несколько месяцев службы он перевёз немало грузов и пассажиров, в основном новобранцев для федеральных войск на юге.

18 октября 1865 года «Рипаблик» отправился в свой очередной рейс. На борту находилось 59 пассажиров, пятьсот бочек с грузом, но самое главное — 400 тысяч долларов в золотых и серебряных монетах.

Сначала плавание проходило успешно. В воскресенье 22 октября пароход миновал мыс Гаттерас — печально известное кладбище кораблей Атлантики. На следующий день у берегов Джорджии на пароход обрушился сильнейший шторм.

На всех парах судно упорно шло на юг, в самый центр урагана. Огромные волны перекатывались через палубу. В каютах и салонах пассажиры испытывали жестокую качку и страдали от морской болезни. Мебель и предметы перекатывались в помещениях.

Во вторник 24 октября машины парохода остановились. Пароход попал в полную власть урагана. Память о судьбе «Центральной Америки», погибшей в этих местах, не оставляла надежд на удачный выход из положения. Большинство людей, находившихся на борту, сознавали, что это неизбежно закончится гибелью судна. Корпус судна начал сильно течь, усиливая и без того бедственное положение. В котлах развели пары, чтобы включить насосы. Для облегчения судна за борт стали бросать груз: рулоны ткани, слитки олова, бутылки спиртного, мешки с табаком, бочки с лаком и все тяжёлые предметы.

Откачивать воду не удавалось. В 9 часов утра 25 октября насосы встали, а вода всё активнее наполняла трюмы. Теперь судьба судна становится очевидной. Мест в шлюпках, по расчётам капитана, было слишком мало, чтобы вместить всех. Команда начала работу над самодельным плотом.

В 13.30 капитан Янг отдал команду покинуть судно, и за борт спустили первые шлюпки. Однако спустить все шлюпки так и не успели. Примерно в четыре часа дня «Рипаблик» внезапно затонул. В этот момент все, кроме оставшихся на борту двадцати с лишним человек, были в лодках.

Огромные волны раскидали шлюпки в разные стороны. Плот без весел и паруса вскоре исчез из поля зрения. Ночью, в кромешной темноте, люди всеми силами удерживали свои утлые судёнышки на плаву, постоянно вычерпывая воду.

Однако шторм оказался не единственной проблемой. В шлюпках не оказалось запаса пресной воды, и на следующий день людей начала мучить жажда.

По счастливому стечению обстоятельств, 26 октября 1865 года спасательная шлюпка № 1 под командованием капитана Янга была подобрана бригом «Джон В. Ловитт». На следующий день шхуна «Вили Дилл» приняла на борт шлюпку № 2, а баркентина «Хорас Биле» спасла людей из шлюпки № 3.

Тяжелее всего пришлось шлюпке № 4. Дрейфуя в море, люди буквально умирали от жажды. Многие настолько обессилели, что с трудом поднялись на борт подобравшей их шхуны «Харпер», которая заметила их только на четвертый день после крушения.

Самой трагичной оказалась судьба тех, кто остался на плоту. Из 18 человек, находившихся на нём, спаслось только двое. Их подобрал 2 ноября у мыса Гаттерас американский военный корабль «Тиога». За восемь дней дрейфа в живых остались лишь рулевой Оливер Мартин и стюард Джеймс Нулан. Течение отнесло их на четыреста миль на север.