Османы же без колебаний приняли огнестрельное оружие. Они оправились от сокрушительного поражения, нанесенного в 1402 году Тамерланом, и превратились в крупнейшую силу региона, которая уничтожила Византийскую империю и в 1453 году захватила Константинополь. Вскоре они начали наступление на границы государства мамлюков, но только с 1481 года давление стало по-настоящему серьезным, после того как султан Каитбей принял опального наследника престола, бежавшего из Константинополя, что привело к серии конфликтов в течение следующего десятилетия. Мир был восстановлен в 1491 году, когда мамлюки дошли до анатолийского местечка Кайсери, но победа обошлась им довольно дорого: новые рекруты, набранные для войны, сделались серьезной внутренней проблемой султаната.

В отличие от трудностей, преследовавших султанат мамлюков, Оттоманская империя купалась в богатстве, территория государства раскинулась от Кавказа до Балкан. Египетский хронист Ибн Ийяс отмечал: когда османский посол прибыл в Каир в 1514 году, «он привез с собой роскошные дары — двадцать пять тюков со шкурами рысей, соболей и горностаев, бархат из Бурсы, цветные ткани из Самарканда, серебряные вазы, не говоря уже о двадцати пяти мамлюках потрясающей красоты».

В том же году воинственный османский правитель Селим Беспощадный (правил в Египте в 1517–1520), религиозный фанатик, помешанный на уничтожении «еретических форм» ислама, разбил шиитское войско Сефевидов при Халдиране (Анатолия). Аль-Гаури, разделявший нелюбовь Селима к шиитам, сперва поддерживал с ним отношения, но под тем предлогом, что египтяне не помогли ему в войне с персами, османский правитель напал на Египет. Решающая битва состоялась при Мардж-Дабике, к северу от Алеппо, в августе 1516 года. По численности османская армия превосходила противника почти втрое; артиллерийским и ружейным огнем она разнесла войско мамлюков в пух и прах (маленький отряд египетских аркебузиров остался на берегах Красного моря), мамлюкский наместник Алеппо Хаирбек совершил предательство — заключил тайное соглашение с врагами, и в критический момент его отряды покинули поле боя; египетская армия была наголову разбита, Аль-Гаури погиб в сражении, говорили, что его хватил апоплексический удар. Тело султана так и не нашли, и сложилась легенда, что его унесли духи.

Когда Сирия оказалась в руках оттоманов, племянника Аль-Гаури, Туманбея II (1516–1517), в Каире провозгласили султаном. Мамлюки не могли найти лучшего лидера: смелый, решительный и справедливый, Туман-бей быстро организовал сопротивление, собрал резервы и восполнил поредевшее войско самыми отвратительными отбросами каирского общества. Несмотря на все его усилия подготовить столицу к обороне и снабдить солдат огнестрельным оружием, пестрая армия не могла противостоять османам. Когда противники сошлись под городом 23 января 1517 года, ряды египтян были смяты за несколько минут, а затем захватчики в течение трех дней грабили Каир. Османские солдаты буйствовали на улицах, убивая всех мамлюков, которых удавалось отыскать.

Туманбей бежал и еще дважды пытался сражаться с османами, но всякий раз терпел поражение. В конце концов его предал спасенный им бедуин, и султана повесили, как заурядного преступника, на воротах Баб аль-Зувейла, которые вели на большое мамлюкское кладбище, Город Мертвых. При повешении веревка дважды рвалась, но Туманбей до последнего мгновения сохранял достоинство.

Переход к османскому правлению получился весьма драматичным. Селим Беспощадный захватил в плен сотни мамлюков и казнил, а головы насадил на пики. Османские отряды разъезжали по узким улицам Каира. Наиболее одаренных ученых, предпринимателей, чиновников и художников вывезли в Константинополь. Новые законы разгневали народ, который счел, что они противоречат самой природе ислама. Была введена новая монетная система, стоившая египтянам трети достатка. Мечети и дворцы лишились мраморной облицовки и драгоценностей, которые погрузили на османские корабли, причем грузчиками и гребцами были египтяне. Еще более тяжелый психологический удар нанесен превращением Египта в одну из тридцати двух провинций Оттоманской империи, а трон аббасидского халифа перенесли из Каира к Константинополь, так что город перестал быть духовным центром суннитского мира.

Но мамлюки все еще оставались у власти. Предатель Хаирбек, сам мамлюк, стал пашой (наместником провинции) — оттоманы тем самым признали, что им нужен мамлюк, чтобы эффективно управлять Египтом. Незадолго до отъезда Селима из страны все уцелевшие мамлюки были помилованы. Выйдя из укрытий, черкесы смогли поступить на службу в кавалерию, которая наряду с шестью османскими подразделениями размещалась в провинции. Им мало доверяли, что не удивительно, а во главе мамлюкской кавалерии поставили османов, солдатам же приказали носить оттоманскую одежду, бриться, как было принято у новых хозяев страны, перенять оттоманские обычаи; власти рассчитывали интегрировать черкесов в свою систему, чтобы снизить риск бунта и снять напряжение. Постепенно отношение смягчилось не в последнюю очередь после участия мамлюков в осаде Родоса (1522): сын и преемник Селима, знаменитый султан Сулейман Великолепный (1520–1566) выразил недоумение, что его отец убивал и понапрасну лишался столь исключительных воинов.

После смерти Хаирбека в 1522 году быстро стало очевидно, что члены старой мамлюкской элиты по-прежнему притязают на управление Египтом. Восстание в мае 1523 года основывалось на недооценке решимости молодого султана Сулеймана и силы растущей империи, а потому было быстро подавлено. Второе восстание произошло несколько месяцев спустя, его возглавил черкасский наместник Ахмед-паша, и оно было подготовлено гораздо лучше. Шантажом, конфискациями и продвижением своих людей Ахмед занял трон, стал чеканить собственные монеты и в течение нескольких месяцев управлял страной, прежде чем его схватили и обезглавили в марте 1524 года. Его успех вдохновил в следующем году бедуинов, но великий визирь Сулеймана Ибрагим-паша подавил мятеж и ввел новую административную систему в провинции, издав эдикт «Канун-наме».

Эдикт «Канун-наме» определил положение Египта как богатейшей и важнейшей провинции империи, это был особый случай, когда использовались элементы мамлюкской системы в соединении с османским порядком имперского управления. В течение следующих шестидесяти лет формула отлично работала. Высшая власть находилась в руках паши, налоги собирали местные гарнизоны, гражданские чиновники и региональные подразделения армии, значительная часть средств направлялась в Константинополь наряду с местной продукцией. Зерно, сахар, чечевица и рис доставлялись из Египта и распространялись по всей империи, но самым прибыльным экспортным товаром с XVI века стал кофе, который занял нишу, освободившуюся после исчезновения посреднической торговли пряностями. Бобы выращивали в Йемене и поставляли через Каир европейским купцам, пытаясь удовлетворить постоянно растущий спрос. Вокруг столицы появились караван-сараи, там размещались путешествующие купцы, а городской порт Булак заполнили торговые суда.