«Доброе правление» обеспечило стабильность и процветание, однако исчезновение царского двора привело к упадку производства предметов роскоши и произведений искусства, некому было строить величественные мечети и мавзолеи, как это было при мамлюках. Впрочем, наместники и богатые жители Каира продолжали украшать столицу, вкладывая средства в новые мечети, школы, бани и фонтаны. Порт Суэц также способствовал возобновлению коммерции, даже при том что план османских властей прорыть канал через перешеек провалился.

Помимо экономической важности, Египет представлял собой ценную базу для заморских военных кампаний оттоманов. Он стал стартовой площадкой для неудачной экспедиции 1538 года, нацеленной на подрыв господства португальцев в Индийском океане. После поражения османы сосредоточились на охране торговых путей по Красному морю и священных городов Мекки и Медины от атак португальцев. Гарнизоны, расквартированные в Египте, часто привлекали для ведения боевых действий в Йемене и вдоль африканского побережья Красного моря, а также для охраны паломнических дорог в Хиджаз. В результате провинция привлекала множество иностранных наемников, пополнявших десятитысячное регулярное войско, уже размещенное в стране. Политические беженцы и невероятно богатые африканские евнухи, прежде отвечавшие за гарем султана в Константинополе, также чувствовали, что в Египте можно обрести новую, лучшую жизнь.

К 1580-м годам поток дешевого серебра из Нового Света серьезно подорвал экономику Османской империи. Последовавшая инфляция спровоцировала кризис в государстве, и солдаты, привыкшие к стабильной оплате, обнаружили, что вознаграждение стало составлять лишь часть прежнего дохода. С 1586 года бунты и волнения в армии подрывали спокойствие, с них начался долгий период политической нестабильности. Гнев был направлен прежде всего против наместника, которому оставалось либо укрыться в Цитадели, либо удовлетворить требования мятежников.

Насилие достигло пика в 1604 году, когда бунтовщики устроили засаду, захватили и казнили пашу, повесив его голову на воротах Баб аль-Зувейла. Но даже это умиротворило солдат ненадолго, поскольку они по-прежнему недополучали жалованье, а потому стали взимать с сельского населения нелегальные сборы (тульба). Новый наместник, обладавший военной поддержкой Мухаммед-паши, прибыл в страну навести порядок; но его попытки отменить тульбу вызвали масштабное восстание 1609 года, в ходе которого мятежники провозгласили своего султана и назначили министров. Паша расправился с бунтовщиками, многих выслал из страны, а еще большее число обезглавил, так что один из историков охарактеризовал эту акцию как «второе османское покорение Египта».

Укрепление позиций наместника при Мухаммед-паше продлилось недолго. За 187 лет османского правления в Египте сменилось несколько сотен наместников. Каждый паша оставался на своем посту очень недолго — как правило, не больше года, редко два-три года, — и многие из них пали жертвой интриг беев.

Беи были военными командирами высокого ранга, которые не принадлежали к подразделениям османских войск, расквартированным в гарнизонах; большинство по происхождению были черкесами и потомками прежних мамлюкских эмиров. Как и их предшественники, они имели возможность ввозить в страну и обучать новых мамлюков. Беи гораздо лучше знали местную жизнь и обычаи, нежели османы, которым приходилось полагаться на традиционную военную элиту для поддержания безопасности: например, против бедуинов, при охране караванов паломников, отправлявшихся в хадж, при сопровождении товаров и налогов, вывозимых в Константинополь, для управления египетскими частями, призванными защищать границы империи, дамбы и водные пути. К концу столетия эти задачи превратились в важнейшие административные функции, находившиеся в ведении особых ведомств, а беи получили исключительные права их возглавлять.

Беи также отвечали за экономику, они получали откуп, сражались за привилегию «снимать сливки» с того или иного района. Чиновники и обнищавшие гарнизонные командиры надеялись повысить свое нищенское жалованье за счет подобных прибылей. Введение системы откупов по всей империи служило признаком упадка; в Египте, несомненно, эта система ослабляла имперскую власть, однако отвечала местным интересам. Более того, конфликты между беями и прочими, кто притязал на откуп, продолжались вплоть до крушения империи. Мало-помалу представители Константинополя, не в последнюю очередь сам паша, оказывались во все большей изоляции, теряли реальную власть, их политическое выживание зависело от способности играть на противоречиях сторон.

В 1623 году беи и гарнизонные командиры отказались принять назначенного наместника провинции, а в 1631 году низложили главу региона с официального одобрения султана. Так был создан прецедент устранения неугодного паши, и беи с завидной регулярностью стали к нему обращаться, сделавшись истинными властителями Египта; пока они признавали власть султана и исправно посылали в Константинополь налоги, а войска получали все необходимое, османские правители не вмешивались во внутренние дела провинции.

Интригующие группировки стали настоящим бедствием для мамлюкских правителей, теперь та же напасть поразила беев. На протяжении столетия, начиная с 1630-х годов, Египет разрывала на части яростная вражда между беями двух основных домов — Фикарис и Хасим. Точное происхождение этих родов неизвестно, они могли унаследовать племенное соперничество из Йемена, которое перенесли на представителей оттоманской (Фикари) и не оттоманской (Хасими) группировок внутри мамлюкской военной элиты. Очевидно, эти фракции разделяли не только солдат, но также каирских ремесленников, живущих вне городов бедуинов и другие слои египетского общества.

С 1631 по 1656 год клан Фикарис занимал привилегированное положение благодаря усилиям своего бессменного лидера Ридван-бея, который пережил бунты и попытки султана и наместников его сместить. Смерть Ридвана дала шанс клану Хасим, который получил поддержку отчаявшегося центрального правительства. За резней лидеров Фикарис в 1660 году последовала два года спустя серия убийств предводителей группировки Хасим, после чего наступило временное затишье.

Командиры подразделения янычар, элиты оттоманской пехоты, представители самого многочисленного, богатого и влиятельного подразделения гарнизонных войск заполнили вакуум власти в XVII веке. Со временем янычары установили связь с иноземными торговцами кофе и прибрали к рукам часть наиболее доходных откупов провинции; они также управляли таможнями во многих египетских портах. Однако в отсутствии единого сильного лидера конфликты продолжались не только между кланами Фикарис и Хасим, но и между более высокопоставленными и рядовыми янычарами.

В 1711 году одновременно вспыхнули мятежи внутри подразделения янычар и в группировке Фикарис, конфликты быстро переросли в небольшую гражданскую войну, в которой смешались самые разнообразные интересы и противоречия. Война выплеснулась на улицы Каира, Цитадель обстреливали из артиллерии, так что ночью было светло, как днем. Хасим получил подкрепление Азабов, второго по численности гарнизонного войска, и этому клану удалось выиграть, но любая группировка, претендовавшая на власть, немедленно подвергалась атакам со стороны остальных, и лидеров убивали снова и снова. Ситуация изменилась в 1730 году, когда произошел новый взрыв вражды, и надежды клана Хасим на власть на время сбылись. Шесть лет спустя их противники из клана Фикарис попали в ловушку, организованную пашой, и лишились десяти видных эмиров. К тому времени борьба истощила обе стороны, открыв путь наверх новому участнику игры — дому Каздаглы, который вел происхождение от янычар.