Первая фаза борьбы была исключительно тяжелой и стоила ПАИГК огромных жертв и усилий. Португальские власти ответили на партизанские рейды патриотов жестокими репрессиями.

Только в конце июля 1962 г., накануне третьей годовщины бойни в Пижигити, тайная полиция арестовала в Бисау 2000 человек. В столице было объявлено осадное положение. Однако партия не только устояла, но и окрепла в ходе первых сражений с колонизаторами. В августе — сентябре 1962 г. в Конакри была проведена Конференция кадров ПАИГК, которая приняла решение продолжать и усиливать вооруженную борьбу, чего бы это ни стоило. В январе 1963 г. на юге страны были развернуты широкие военные действия партизан ПАИГК. Этот факт вызвал переполох в португальском генштабе. Министр обороны генерал Гомещ ди Араужу заявил: «Многочисленные и хорошо вооруженные группы… проникли на территорию Гвинеи в зоне, составляющей 15% ее территории».

В 1963 г. отряды ПАИГК во главе с Освальдо открыли новый фронт на севере. Вторая фаза началась, когда 13—14 февраля 1964 г. на юге страны в Касака был нелегально проведен I съезд партии.

Съезд констатировал потерю духа инициативы и решительности, характерных для первой фазы, и подверг суровой критике недостатки в деятельности партии. Особенно опасными были признаны тенденция отдавать предпочтение военным действиям в ущерб политическим и злоупотребление властью. Последнее обстоятельство проявлялось в том, что многие ответственные работники ПАИГК пытались заменить местных вождей, переняв у них атрибуты власти, в том числе гриотизм (то есть требование, чтобы их прославляли), слепое повиновение и раболепство рядовых бойцов и т.п. Он принял решение о реорганизации партии, вооруженных сил и гражданской администрации освобожденных районов.

В целях централизации управления и руководства военными действиями съезд решил разделить всю страну на районы и зоны. Партия приняла новую структуру. Во главе ее стоял ЦК из 25 членов. ЦК состоял из следующих отделов: политических действий; вооруженных сил; иностранных дел; политического контроля над вооруженными силами и партийным аппаратом; секретариата по вопросам обучения политработников, информации и пропаганды; безопасности; экономики и финансов; развития и координации парторганизации среди народных масс.

ЦК избирал из своей среды политбюро из 15 членов и 5 кандидатов, которые в свою очередь избирали Исполком из 7 членов: А. Кабрал (генеральный секретарь), А. Перейра, Луис Кабрал, Освальдо Виейра, Бернардо Виейра (Нино) и еще двое. Средний возраст членов Исполкома в то время был 31 год.

Эта структура в дальнейшем претерпела изменения. В 1967 г. число отделов ЦК было сокращено до пяти, причем за каждый из них стали отвечать член Исполкома и член политбюро. На съезде было принято решение выйти за рамки «чисто партизанской военной организации» и включить лучших бойцов мелких партизанских отрядов в новые регулярные военные формирования. В них добровольно записалось около 2000 бойцов.

Таким образом, в 1965 г. партизанские отряды ПАИГК были реорганизованы в ФАРП (Forças Armadas Revolucionarias Populares) — регулярную армию, действовавшую на трех фронтах: Юг, Север и Восток.

Эта армия, в отличие от прежних партизанских отрядов, локализованных в определенной местности, была мобильной и действовала по всей территории страны. В одной из бесед с английским публицистом Б. Дэвидсоном Кабрал рассказывал: «Прежде всего… мы освободили Южный и небольшую часть Северо-Центрального района страны. Потом в 1964 г. мы стали говорить нашим бойцам — партизанам на юге, что пришло время двигаться в восточную часть страны. Мы объясняли, что в противном случае, если борьба будет вестись лишь на юге и севере, португальцы смогут сконцентрировать там свои силы и уничтожить нас. Но оказалось, что наши бойцы держались иного мнения. “Мы освободили свою страну, — отвечали они нам. — Теперь пусть другие (на востоке) освобождают свою. Почему баланте должны идти помогать освобождать фула? Пусть фула сами делают свою работу”. Мы не форсировали этот вопрос, ждали, пока португальцы, как мы и предсказывали, не удвоили свои атаки на юге. Тогда мы снова привели свои аргументы. Это потребовало много времени, но зато мы смогли создать регулярную армию, не прикованную подобно партизанам к родным местам. Мы заявили бойцам: “Вы можете выбирать себе униформу, оружие, боевые припасы и т.д., но каждый пойдет туда, куда его пошлют”».

Сохранилось назначение комиссаров во все боевые подразделения. Вскоре появилась народная милиция, предназначенная для охраны гражданского населения и поддержания общественного порядка в освобожденных районах. Был создан Высший военный совет, назначены зональные и межзональные командующие. Съезд указал на необходимость уделить особое внимание работе партии с массами, организовав для этого разветвленный пропагандистский аппарат. В то же время было принято решение о расширении связи с массами путем демократизации местных органов администрации в освобожденных районах. В избрании местных комитетов ПАИГК стали участвовать все жители деревень, что позволило превратить эти органы в народные комитеты — главную опору партии в деревне. К 1967 г. такие комитеты были созданы практически во всех деревнях в освобожденных районах, составлявших около половины всей сельской зоны Гвинеи.

Народные комитеты стали ключевым элементом административной структуры освобожденных зон, обеспечившим превращение большинства крестьянства в прочную социальную базу ПАИГК. Верховный политический комиссар Севера Чико рассказывал: «В каждой деревне в освобожденной Гвинее мы позаботились о выборах комитета. Мы называем его “комитет табанки” (табанка — по-креольски “деревня”. — А.Х.). Он состоит из троих мужчин и двух женщин и выбирается на деревенском митинге. Мы объяснили, как должен быть организован такой комитет, какие вопросы он должен решать и, разумеется, цели партии. Обычно выбирали молодежь. Старикам не всегда нравилось, что молодежь занимала их место в управлении делами деревни».

Португальские колонизаторы попытались создать раскольнические организации и группы, чтобы привлечь на свою сторону часть африканского населения и тем самым торпедировать единый революционный фронт народа, возглавляемый ПАИГК.

В 1960 г. лица, тесно связанные с ПИДЕ, сколотили главным образом из числа беженцев раскольнические организации под названием Освободительное движение Гвинеи и Островов Зеленого Мыса (МЛГК). Таких организаций было три: две — в Сенегале (в Дакаре и Зигиншоре) и одна — в Гвинее (Конакри). ПАИГК вначале выступила за объединение с этими организациями и за создание единого антиколониального фронта. Ей удалось даже созвать в июле 1964 г. конференцию в Дакаре с целью объединения, на которой был создан Единый фронт освобождения Гвинеи и Островов Зеленого Мыса (ФУЛ). Но лидеры МЛГК решительно воспротивились объединению с ПАИГК и сорвали осуществление решений конференции.

В 1963 г. появился так называемый Союз населения «португальской» Гвинеи (УНГП), основанный при содействии ПИДЕ с целью ослабить национально-освободительное движение. Президентом УНГП был избран Б. Пинто Булл. Программа УНГП предусматривала достижение независимости страны без революции, путем мирной договоренности с португальским правительством. В июле 1963 г. Б. Пинто Булл вел переговоры в Лиссабоне о проведении реформ в Гвинее-Бисау Действительной целью переговоров было стремление подорвать влияние ПАИГК и посеять среди населения колонии иллюзии о возможности мирного пути завоевания независимости. После того как ПАИГК разоблачила связи УНГП с ПИДЕ и ЦРУ, эта организация была окончательно дискредитирована.